基因组序列
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| 病毒株名 | hCoV-19/Italy/TE-IZSGC-TE5476/2020 |
| 序列号 | EPI_ISL_420565 |
| 宿主 | Homo sapiens |
| 数据来源 | GISAID |
| 采样日期 | 2020-03-19 |
| 采样地点 | Italy / Abruzzo / Teramo |
| 相关ID | |
| 谱系 | B.1.1 (Version: 4.0.6) |
| 序列完整度 | Complete |
| 质量评估 | 3/11/0/24/Yes |
| 样本提供单位 | Ospedale Civile Giuseppe Mazzini |
| 数据递交单位 | Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Abruzzo e Molise G.Caporale |
| 发布时间 | 2021-08-03 20:42:03 |
| 年龄 | 61 |
| 性别 | M |
| 职业 | NA |
| 发作日期 | NA |
| 入院日期 | NA |
| 旅行史/接触史 | NA |
| 严重程度 | NA |
| 病患状态 | NA |
| 临床症状及潜伏天数 | NA |
| 临床检测 | Conventional nested RT-PCR |
| 基础病史 | NA |
| 其他病原菌感染 | NA |
| 合并症 | NA |
| 临床用药和处理 | NA |
| 生理生化指标追踪 | NA |
| 出院日期 | NA |
| 相关文献 | A "One-Health" approach for diagnosis and molecular characterization of SARS-CoV-2 in Italy. [PMID: 32313828] |
| 参考序列 | 2019-nCoV (MN908947.3) |
| 病毒株名 | hCoV-19/Italy/TE-IZSGC-TE5476/2020 (EPI_ISL_420565) |
| SNP数目 | 24 |
| Insertion数目 | 0 |
| Deletion数目 | 2 |
| Indel数目 | 0 |
| 相似度 | 99.91 |
| 质量评估分级 | C |
| 注释统计 | 26(synonymous_variant:2; intergenic_variant:8; missense_variant:4; upstream_gene_variant:1; coding_sequence_variant:11) |
| 文件下载 (GFF3) |
| 变异位点 | 参考碱基 | 碱基变化 | 基因位置密码子 | 蛋白质氨基酸变化 |
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