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1. 运行参考时间：

      运行参考时间为服务器系统在空闲状态下，采用真实数据集测试出的运行时间（不包含数据上传至服务器的时间），实际递交任务的运行时间取决于系统的负荷状况、数据集的大小及数据的质量等因素。

2. 软件版本和主要参数

1. Trimmomatic (Version: 0.39)
   1. Paired-End Model: ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:4:15 LEADING:3 TRAILING:3 MINLEN:36
   2. Single-End Model: ILLUMINACLIP:TruSeq3-SE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW: 4:15 LEADING:3 TRAILING:3 MINLEN:36
2. MEGAHIT (Version: 1.2.9)
   1. Default parameters
3. QUAST (Version: 5.0.2)
   1. Default parameters
4. BLASTN (ncbi-blast-2.10.0+)
   1. -outfmt “6 qseqid qlen sseqid slen pident length qcovs qcovhsp qcovus mismatch gapopen qstart qend sstart send gaps evalue bitscore stitle” -subject_besthit -perc_identity 80 -max_hsps 5
5. BBMap (Version: Last modified February 13, 2020)
   1. kfilter=22 subfilter=15 maxindel=80
6. Samtools (Version: 1.3.1)
   1. Default parameters
7. Deeptools/bamCoverage (Version: 3.4.3)
   1. -bs 1

3. 结果文件

1. Trimmomatic.log
   1. 原始数据质量过滤统计
2. sample_all_assembly.fa
   1. 通过MEGAHIT组装得到的所有contigs序列
3. Assembly_statistics.tar.gz
   1. QUAST组装质量评估结果
4. sample_2019nCoV_blastn_6.tsv
   1. SARS-CoV-2 参考基因组 BLASTN 比对结果 (格式6-表格)
5. sample_2019nCoV.fa
   1. BLASTN鉴定得到的比对上 SARS-CoV-2 参考基因组的contigs序列
6. viral_contigs_coverage directory
   1. Viral_contigs_bowtie2_mapped.log
      1. 比对上SARS-CoV-2 contigs的reads统计
   2. Viral_contigs_coverage_statistics.tsv
      1. SARS-CoV-2 contigs覆盖度统计
   3. Viral_contigs_coverage.bw
      1. SARS-CoV-2 contigs可视化（BigWig格式）