在线工具 - 2019新型冠状病毒信息库

单体型分析

该工具使用“基于最小树形图的单体型网络构建方法”(McAN)构建单体型网络。需要上传SARS-CoV-2序列变异文件 (采用GF或VCF格式) 和对应的元信息文件，或者从我们的2019新型冠状病毒信息库(RCoV19)选择已有样本。你可以从我们的信息库中通过设置起止采样时间，采样国家或地区来过滤已有样本，或者以随机方式选择样本。基于构建好的单体型网络，采用Newman方法对单体型划分团簇。注意变异文件中3’端非编码区和5’端非编码区的突变将被自动删除。

选择文件格式

变异文件格式

VCF文件格式

上传变异文件

上传元信息文件

开始采样时间

结束采样时间

国家

缺失日期类型

随机取样个数(推荐0 < N < 10000)

最小突变率（为了选择高突变率位点）

邮箱

邮件主题

运行

提示：目前队列运行的任务有个，排队任务有个。

1. 输入文件格式说明

a) 构建单倍型网络图和计算谱系信息，需要上传元信息文件和变异信息文件；
b) 在变异信息文件中，每行需要包含病毒名称，Accession编号，变异信息（GF格式）三列，以tab键分割；
c) 在元信息文件中，每行信息需要包含Accession编号，采样时间（yyyy-MM-dd或者yyyy-MM）,采样国家或地区三列，以tab键分割。

2. 变异文件示例

Name	Accession	Mutations
hCoV-19/human/USA/TX-DSHS-000508/2020	EPI_ISL_2264424	490(SNP:T->A);3177(SNP:C->T);6040(SNP:C->T);6843(SNP:C->T);8782(SNP:C->T);8950(SNP:C->T);12478(SNP:G->A);18736(SNP:T->C);24034(SNP:C->T);26729(SNP:T->C);26801(SNP:C->T);28077(SNP:G->C);28144(SNP:T->C);28896(SNP:C->G);29451(SNP:C->T);29700(SNP:A->G)
hCoV-19/human/USA/TX-DSHS-000511/2020	EPI_ISL_2264432	3003(SNP:A->T);8782(SNP:C->T);10811(SNP:C->T);10813(SNP:T->A);17747(SNP:C->T);17858(SNP:A->G);18060(SNP:C->T);24694(SNP:A->T);28144(SNP:T->C)
hCoV-19/human/USA/TX-DSHS-000513/2020	EPI_ISL_2264434	3003(SNP:A->T);8782(SNP:C->T);10811(SNP:C->T);10813(SNP:T->A);17747(SNP:C->T);17858(SNP:A->G);18060(SNP:C->T);24694(SNP:A->T);28144(SNP:T->C)
hCoV-19/human/USA/TX-DSHS-000515/2020	EPI_ISL_2264437	241(SNP:C->T);3037(SNP:C->T);8664(SNP:C->T);14408(SNP:C->T);15026(SNP:C->T);15264(SNP:T->C);23403(SNP:A->G);27575(SNP:C->T)
hCoV-19/human/USA/TX-DSHS-000502/2020	EPI_ISL_2264410	241(SNP:C->T);1059(SNP:C->T);3037(SNP:C->T);3068(SNP:G->A);9169(SNP:C->T);14408(SNP:C->T);23403(SNP:A->G);25563(SNP:G->T)

3. 元信息示例

Accession	Sampling Date	Sampling Location
EPI_ISL_2249479	2020-04-13	United States
EPI_ISL_2254726	2020-04-24	Slovakia
EPI_ISL_2270090	2020-05-11	Switzerland
EPI_ISL_2274027	2020-05-14	Haiti
EPI_ISL_2278820	2020-04-27	Sweden