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使用最大似然法构建系统发育树。该工具可将用户提交的序列使用IQ-TREE或RAxML构建系统发育树。
默认工作流程为：① 输入序列：新冠病毒基因组序列；② 修剪方法：以新冠参考病毒基因组为基准去除5’和3’ UTR区域（refseq）；③ 替代模型：IQ-TREE使用ModelFinder自动选择（ RAxML使用GTRGAMMA ）；④ 不使用bootstrap评估。可自定义参数包括：输入序列类型、修剪模式（refseq、TrimAl、无操作）、建树软件（IQ-TREE和RAxML），替代模型、bootstrap（IQ-TREE可以选择UFBoot - Ultrafast Bootstrap Approximation）。