在线工具 - 2019新型冠状病毒信息库

变异鉴定

变异检测（Fastq-to-Variants）可将NGS二代测序原始数据与新冠病毒基因组进行序列比对，检测样本中含有的新冠病毒序列，分析测序数据对新冠病毒基因组的覆盖度、测序深度、错误率等信息，检测SNP/indel变异位点并进行功能注释。

上传参照基因组

默认使用如下序列 NC_045512

上传一条FASTA参照序列

上传fastq格式文件

测序类型：

单向

双向

上传单端文件

样品名称：

样品名称

*此流程目前仅支持illumina测序数据，后续计划部署三代测序数据分析流程(PacBio /Nanopore)；建议上传gzip压缩文件以减少上传时间。

或者填写GSA中的相关CRR编号

CRR Accession

*SARS-CoV-2的CRR数据列表在GSA如下链接中： https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/browse/run/?tag=Coronaviridae

邮箱

邮件主题

运行

提示：目前队列运行的任务有个，排队任务有个；预计处理时间参考下面表格结果

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1. 运行参考时间：

运行参考时间为服务器系统在空闲状态下，采用真实数据集测试出的运行时间（不包含数据上传至服务器的时间），实际递交任务的运行时间取决于系统的负荷状况、数据集的大小及数据的质量等因素。

	Data1	Data2	Data3	Data4	Data5
测序量	118Mb	1.0Gb	1.5Gb	2.2Gb	8.0Gb
计算时间*	0m37s	0m55s	1m10s	1m36s	3m42s
数据编号	SRR11247077	SRR11092064	SRR11092057	SRR11092058	SRR10971381

*按使用24 CPU核

病毒基因组在线变异鉴定工具，可对用户提交的病毒基因组序列进行在线变异鉴定。该工具支持以SARS-CoV-2作为参照基因组序列(NC_045512)，同时支持用户提交参照基因组序列（fasta格式）。以SARS-CoV-2作为参照基因组序列时，工具会对变异信息进行更具体的注释。另外，该工具不仅支持病毒全基因组序列的变异鉴定，同时还支持基因组片段序列的变异鉴定分析。
该工具要求输入fasta格式的病毒序列文件，支持一次提交多条序列计算，但是要求全部序列以fasta格式存放在同一个文件中。

上传参照基因组

默认使用如下序列 NC_045512

上传一条FASTA参照序列

上传文件

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运行

提示：目前队列运行的任务有个，排队任务有个；预计处理时间参考下面表格结果

>BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-01/2019 EPI_ISL_402119 ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGA TCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAG TGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAAC TCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGC ACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTG ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGA TCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAG TGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAAC TCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGC ACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTG

1）NC - 病毒序列进行变异分析时要求限制未知碱基（N）的最大个数，默认值是15。序列文件中未知碱基（N）的个数超过该参数设定值时，不对该序列文件进行变异分析；
2）SC - 病毒序列进行变异分析时要求限制简并碱基的最大个数，默认值是50。序列文件中简并碱基的个数超过该参数设定值时，不对该序列文件进行变异分析。