NGDC Nov 9, 2022
随着单细胞技术的迅速发展和应用，越来越多的细胞类型和细胞多态性被发现。准确的细胞分类对于描绘细胞类型多样性、追踪细胞谱系、表征肿瘤微环境以及阐明发育和疾病复杂机制至关重要。
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心正式发布了细胞分类库Cell Taxonomy，旨在提供多物种的细胞特征刻画和细胞标志物（cell marker）评估，为细胞类型注释和单细胞相关研究提供了重要数据资源。该研究成果以“Cell Taxonomy: a curated repository of cell types with multifaceted characterization”为题在国际学术期刊 Nucleic Acids Research 在线发表。
Cell Taxonomy基于4,299篇文献审编、15个相关数据资源整合和单细胞测序数据分析（约350万个细胞），目前共收录3,143种细胞类型和26,613个细胞标志物（cell marker），涵盖34个物种、387种组织和257种生理/病理状态。Cell Taxonomy从多方面系统表征细胞类型特征，包括细胞标志物和细胞群（cell cluster）质量评估、细胞类型跨物种比较、细胞组分刻画和细胞相似性定量。为更好的帮助用户注释和比较细胞类型，Cell Taxonomy开发了在线工具Cell Type Predictor和Cell Type Comparator。
中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）助理研究员降帅、博士研究生钱启衡和博士研究生朱彤彤为本文共同第一作者，章张研究员和肖景发研究员为共同通讯作者。本工作得到了中科院战略性先导科技专项、国家自然科学基金和国家重点研发计划等项目资助。