NGDC Oct 9, 2023
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心合作开发的空间转录组综合资源存储库（CROST）正式上线，该研究成果以“CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics”为题在国际学术期刊Nucleic Acid Research 在线发表。
空间转录组测序技术的发展彻底改变了我们对复杂组织的理解，推动生命和健康科学进入空间组学时代。空间转录组数据的激增急需一个用户友好的数据库系统，以便于轻松访问数据，并进行可视化和个性化分析。为此，鲍一明研究团队和方向东研究团队开发了CROST资源库，为研究人员提供了一个较为完善的空间转录组资源系统。
CROST应用标准化处理流程整合了182个高质量的空间转录组数据集，涵盖8个不同物种、35种组织类型和56种疾病的1033个子数据集。针对单个样本提供了全面的生物信息分析，包括空间变异基因（SVG）分析、细胞类型注释、空间相关性、空间共定位、通讯分析和功能注释等。CROST通过集成空间转录组、经典转录组、表观基因组和基因组的数据全面阐明了肿瘤相关SVG，是用户（尤其是临床医生）快速评估特定癌症类型中基因表达水平、甲基化水平、拷贝数变异以及预后的宝贵工具。此外，数据库提供了一个用于可视化、空间通讯、空间共定位和细胞类型相关性的交互式环境。CROST还开发了一个专为空间转录组分析而设计的一站式分析平台，旨在帮助用户即使不具备任何编程技能也可进行空间转录组分析。
作为空间转录组的综合资源存储库，CROST在整合来自不同物种、组织和疾病的空间转录组数据方面发挥着关键作用，通过其全面的空间转录组分析能力，CROST将为研究人员提供对组织结构、器官发育和疾病发生的深层次理解，促进研究人员揭示空间基因表达模式的复杂性，增进对生物系统的认识，从而推动空间转录组学领域的重大突破。
北京基因组研究所（国家生物信息中心）博士研究生王国梁、吴松和福州大学副教授熊壮为本文共同第一作者，北京基因组研究所（国家生物信息中心）渠鸿竹副研究员、方向东研究员和鲍一明研究员为共同通讯作者。该研究得到国家重点研发计划、国家自然科学基金项目、IUBS 开放生物多样性和健康大数据计划等项目资助。