NGDC Oct 10, 2023
生物医学影像在科学研究和临床应用中均发挥着重要作用，生物医学影像数据中包含大量的隐私信息，如何构建生物医学影像数据管理平台，既保障数据隐私信息的安全，又能促进全球数据的共享，是当前生物医学影像数据使用中存在的问题。国际上，欧美等国在生物医学影像数据归档管理与共享应用方面走在世界前列，建成多项具有代表性的共享系统，向全球提供公共服务。然而，我国在该领域尚处在起步阶段，并缺乏公共的医学影像数据服务平台。
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）与中国人民解放军总医院第七医学中心合作开发的“开放生物医学影像存档库（OBIA）”正式上线运行，向国内外科研人员提供医学影像数据递交、归档、发布与共享的公共服务。研究成果以“OBIA: An Open Biomedical Imaging Archive”为题在国际学术期刊Genomics Proteomics & Bioinformatics 在线发表。
OBIA是一个集中存储、去识别的生物医学影像归档库。OBIA使用五个数据对象（Collection、Individual、Study、Series和Image）组织图像数据，与BioProject和GSA-Human无缝集成，有助于整合图像和基因组数据，以支持多组学分析。为保障影像数据中隐私信息的安全，OBIA制定了统一的去识别和质量控制流程，并设置了开放访问和受控访问两种不同类型的数据访问策略。此外，OBIA提供了友好直观的网络界面，用户可以很方便的实现对数据的提交，浏览，检索，申请和下载。
截止到2023年9月，OBIA收录的影像数据包含子宫内膜癌、卵巢癌和宫颈癌三大妇科肿瘤，来自4,136项研究的937个个体，包括24,701个系列和1,938,309幅影像，涵盖了9种模态和30个解剖部位。代表性的影像模态包括计算机断层扫描（CT）、磁共振（MR）和数字射线摄影（DX）；解剖部位包括腹部、乳房、胸部、头部、肝脏和盆腔等。此外，还收集了相关的临床元数据，如人口统计数据、病史、家族史、诊断、病理类型和治疗方法等。OBIA作为一个生物医学影像数据管理平台，向全球提供开放访问以促进科学研究的发展。
中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）博士生金恩慧、中国人民解放军医学院博士生赵东莉、中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）硕士生吴港澳为该文共同第一作者，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）孙艳玲博士、中国人民解放军总医院妇产医院部张哲博士、中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）赵文明正高级工程师、中国人民解放军总医院妇产医院部孟元光教授为该文共同通讯作者。该研究得到了中国科学院战略先导专项、中国科学院基因组数据中心运维计划和中国科学院关键技术人才计划等项目支持。