Rapid detection of Mycobacterium tuberculosis DNA and genetic markers for Isoniazid resistance in Ziehl-Neelsen stained slides.
Graziele Lima Bello, Franciele Costa Leite Morais, Sheile Pinheiro de Jesus, Jonas Michel Wolf, Mirela Gehlen, Isabela Neves de Almeida, Lida Jouca de Assis Figueiredo, Tainá Dos Santos Soares, Regina Bones Barcellos, Elis Regina Dalla Costa, Silvana Spíndola de Miranda, Maria Lucia Rosa Rossetti
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Graziele Lima Bello: Universidade Luterana do Brasil, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular Aplicada à Saúde, Canoas, RS, Brasil. ORCID
Franciele Costa Leite Morais: Universidade Luterana do Brasil, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular Aplicada à Saúde, Canoas, RS, Brasil.
Sheile Pinheiro de Jesus: Universidade Luterana do Brasil, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular Aplicada à Saúde, Canoas, RS, Brasil.
Jonas Michel Wolf: Universidade Luterana do Brasil, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular Aplicada à Saúde, Canoas, RS, Brasil.
Mirela Gehlen: Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Programa de Pós-Graduação em Pneumologia, Porto Alegre, RS, Brasil.
Isabela Neves de Almeida: Universidade Federal de Minas Gerais, Faculdade de Medicina, Laboratório de Pesquisa em Micobactérias, Belo Horizonte, MG, Brasil.
Lida Jouca de Assis Figueiredo: Universidade Federal de Minas Gerais, Faculdade de Medicina, Laboratório de Pesquisa em Micobactérias, Belo Horizonte, MG, Brasil.
Tainá Dos Santos Soares: Universidade Luterana do Brasil, Graduação em Biomedicina, Canoas, RS, Brasil.
Regina Bones Barcellos: Secretaria do Estado do Rio Grande do Sul, Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Porto Alegre, RS, Brasil.
Elis Regina Dalla Costa: Universidade Federal do Rio de Janeiro, Programa de Pós-Graduação em Clínica Médica, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Silvana Spíndola de Miranda: Universidade Federal de Minas Gerais, Faculdade de Medicina, Laboratório de Pesquisa em Micobactérias, Belo Horizonte, MG, Brasil.
Maria Lucia Rosa Rossetti: Universidade Luterana do Brasil, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular Aplicada à Saúde, Canoas, RS, Brasil.
BACKGROUND: Early diagnosis of tuberculosis (TB) and identification of strains of Mycobacterium tuberculosis resistant to anti-TB drugs are considered the main factors for disease control. OBJECTIVES: To standardise a real-time polymerase chain reaction (qPCR) assay technique and apply it to identify mutations involved in M. tuberculosis resistance to Isoniazid (INH) directly in Ziehl-Neelsen (ZN) stained slides. METHODS: Were analysed 55 independent DNA samples extracted from clinical isolates of M. tuberculosis by sequencing. For application in TB diagnosis resistance, 59 ZN-stained slides were used. The sensitivity, specificity and Kappa index, with a 95% confidence interval (CI95%), were determined. FINDINGS: The agreement between the tests was, for the katG target, the Kappa index of 0.89 (CI95%: 0.7-1.0). The sensitivity and specificity were 97.6% (CI95%: 87.7-99.9) and 91.7% (CI95%: 61.5-99.5), respectively. For inhA, the Kappa index was 0.92 (CI95%: 0.8-1.0), the sensitivity and specificity were 94.4% (CI95%: 72.7-99.8) and 97.3% (CI95%: 85.8-99.9), respectively. The use of ZN-stained slides for drug-resistant TB detection showed significant results when compared to other standard tests for drug resistance. MAIN CONCLUSIONS: qPCR genotyping proved to be an efficient method to detect genes that confer M. tuberculosis resistance to INH. Thus, qPCR genotyping may be an alternative instead of sequencing.
