Genomic-based surveillance reveals high ongoing transmission of multi-drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Southern Brazil.
Richard Steiner Salvato, Ana Júlia Reis, Sun Hee Schiefelbein, Michael Andrés Abril Gómez, Stéphanie Steiner Salvato, Larissa Vitória da Silva, Elis Regina Dalla Costa, Gisela Unis, Claudia Fontoura Dias, Miguel Viveiros, Isabel Portugal, Andrea von Groll, Pedro Eduardo Almeida da Silva, Afrânio Lineu Kritski, João Perdigão, Maria Lucia Rosa Rossetti
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Richard Steiner Salvato: Programa de Pós-graduação em Biologia Celular e Molecular, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil; Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria Estadual da Saúde do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil. Electronic address: richardsalvato@hotmail.com.
Ana Júlia Reis: Medical Microbiology Research Center, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-graduação em Ciências da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil.
Sun Hee Schiefelbein: Programa de Pós-graduação em Biologia Celular e Molecular Aplicada à Saúde, Universidade Luterana do Brasil, Canoas, Rio Grande do Sul, Brazil.
Michael Andrés Abril Gómez: Medical Microbiology Research Center, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-graduação em Ciências da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil.
Stéphanie Steiner Salvato: Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria Estadual da Saúde do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.
Larissa Vitória da Silva: Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Secretaria Estadual da Saúde do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.
Elis Regina Dalla Costa: Programa Acadêmico de Tuberculose, Faculdade de Medicina e complexo hospitalar HUCFF-IDT, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
Gisela Unis: Hospital Sanatório Partenon, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.
Claudia Fontoura Dias: Hospital Sanatório Partenon, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.
Miguel Viveiros: Unidade de Microbiologia Médica, Global Health and Tropical Medicine, Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Universidade Nova de Lisboa, Lisboa, Portugal.
Isabel Portugal: iMed.ULisboa - Research Institute for Medicine, Faculdade de Farmácia, Universidade de Lisboa, Lisboa, Portugal.
Andrea von Groll: Medical Microbiology Research Center, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-graduação em Ciências da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil.
Pedro Eduardo Almeida da Silva: Medical Microbiology Research Center, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-graduação em Ciências da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil.
Afrânio Lineu Kritski: Programa Acadêmico de Tuberculose, Faculdade de Medicina e complexo hospitalar HUCFF-IDT, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.
João Perdigão: iMed.ULisboa - Research Institute for Medicine, Faculdade de Farmácia, Universidade de Lisboa, Lisboa, Portugal.
Maria Lucia Rosa Rossetti: Programa de Pós-graduação em Biologia Celular e Molecular, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil; Programa de Pós-graduação em Biologia Celular e Molecular Aplicada à Saúde, Universidade Luterana do Brasil, Canoas, Rio Grande do Sul, Brazil.
Genomic-based surveillance on the occurrence of drug resistance and its transmission dynamics has emerged as a powerful tool for the control of tuberculosis (TB). A whole-genome sequencing approach, phenotypic testing and clinical-epidemiological investigation were used to undertake a retrospective population-based study on drug-resistant (DR)-TB in Rio Grande do Sul, the largest state in Southern Brazil. The analysis included 305 resistant Mycobacterium tuberculosis strains sampled statewide from 2011 to 2014, and covered 75.7% of all DR-TB cases identified in this period. Lineage 4 was found to be predominant (99.3%), with high sublineage-level diversity composed mainly of 4.3.4.2 [Latin American and Mediterranean (LAM)/RD174], 4.3.3 (LAM/RD115) and 4.1.2.1 (Haarlem/RD182) sublineages. Genomic diversity was also reflected in resistance of the variants to first-line drugs. A large number of distinct resistance-conferring mutations, including variants that have not been reported previously in any other setting worldwide, and 22 isoniazid-monoresistant strains with mutations described as disputed in the rpoB gene but causing rifampicin resistance generally missed by automated phenotypic tests as BACTEC MGIT. Using a cut-off of five single nucleotide polymorphisms, the estimated recent transmission rate was 55.1%, with 168 strains grouped into 28 genomic clusters. The most worrying fact concerns multi-drug-resistant (MDR) strains, of which 73.4% were clustered. Different resistance profiles and acquisition of novel mutations intraclusters revealed important amplification of resistance in the region. This study described the diversity of M. tuberculosis strains, the basis of drug resistance, and ongoing transmission dynamics across the largest state in Southern Brazil, stressing the urgent need for MDR-TB transmission control state-wide.
