sorgsd

Variation ID : sbi33825269

Variation Detail

Variation ID	sbi33825269
Type	INDEL
Position	Chr01 1293-1302
Ref /Alleles	CTTAATAATA/ C
MAF	C: 0.004
5' Flank	TTTTGGGTTTTTTGGTGCATTAAAAAAGGC
3' Flank	TAGAGCTAGCACATACTCTCTCCGTCCCTG

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
2	103	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
3	107	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
4	11	Improved	N\|N
5	110	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
6	123	Landrace	N\|N
7	131	Improved	N\|N
8	132	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
9	135	Improved	N\|N
10	137	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
11	138	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
12	14	Improved	N\|N
13	140	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
14	141	Improved	N\|N
15	144	Improved	N\|N
16	150	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
17	154	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
18	159	Landrace	N\|N
19	16	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
20	161	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
21	167	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
22	168	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
23	170	Improved	N\|N
24	173	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
25	175	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
26	176	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
27	182	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
28	186	Improved	N\|N
29	190	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
30	192	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
31	194	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
32	195	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
33	197	Improved	N\|N
34	J22	Landrace	N\|N
35	J26	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
36	J5	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
37	J50	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
38	2001	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
39	2005	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
40	2008	Improved	N\|N
41	2009	Landrace	N\|N
42	201	Improved	N\|N
43	2010	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
44	2016	Improved	N\|N
45	2019	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
46	202	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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49	2026	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
50	2029	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
51	2030	Landrace	N\|N
52	2031	Landrace	N\|N
53	2036	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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55	2038	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
56	2039	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
57	204	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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59	2043	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
60	2048	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
61	2049	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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65	2054	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
66	2056	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
67	2059	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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79	2081	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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81	2086	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
82	2088	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
83	260	Wild sorghum	N\|N
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89	3	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
90	302546	S.propinquum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
91	31	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
92	32	Improved	N\|N
93	34	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
94	346	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
95	348	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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99	364	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
100	367	Landrace	N\|N
101	s37	S.propinquum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
102	s38	S.propinquum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
103	370	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
104	377	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
105	392	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
106	394	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
107	40	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
108	42	Improved	N\|N
109	43	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
110	45	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
111	47	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
112	48	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
113	51	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
114	53	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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121	70	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
122	73	Improved	N\|N
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132	97	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
133	s1	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
134	s36	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
135	s2	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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138	s43	Weedy	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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143	s47	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
144	s5	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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148	GW105	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
149	GW16	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
150	GW2	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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152	GW37	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
153	GW58	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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155	GW9	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
156	s4	Weedy	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
157	s6	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
158	s7	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
159	s8	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
160	s9	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
161	J101	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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166	J130	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
167	J136	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
168	J152	Improved	N\|N
169	J2	Landrace	N\|N
170	J20	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
171	J4	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
172	J42	Landrace	N\|N
173	J44	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
174	J49	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
175	J52	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
176	J53	Landrace	N\|N
177	J54	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
178	J57	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
179	J59	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
180	J64	Landrace	N\|N
181	J66	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
182	J67	Landrace	N\|N
183	J69	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
184	J87	Landrace	N\|N
185	J99	Landrace	N\|N
186	s45	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
187	s11	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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190	s12	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
191	s13	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
192	MHMD	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
193	s14	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
194	s15	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
195	s34	Weedy	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
196	s33	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
197	s21	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
198	s16	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
199	s44	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
200	s35	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
201	s31	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
202	s17	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
203	s18	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
204	s20	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
205	s19	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
206	s22	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
207	s23	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
208	s24	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
209	s25	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
210	s26	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
211	s27	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
212	s28	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
213	s29	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
214	s30	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
215	SL25	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
216	SL105	Wild sorghum	N\|N
217	SL108	Wild sorghum	N\|N
218	SL109	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
219	SL12	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
220	SL129	Wild sorghum	N\|N
221	SL130	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
222	SL135	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
223	SL136	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
224	SL137	Wild sorghum	N\|N
225	SL138	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
226	SL140	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
227	SL141	Wild sorghum	N\|N
228	SL19	Wild sorghum	C\|C
229	SL28	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
230	SL32	Wild sorghum	N\|N
231	SL35	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
232	SL36	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
233	SL37	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
234	SL39	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
235	SL41	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
236	SL43	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
237	SL47	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
238	SL49	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
239	SL51	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
240	SL53	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
241	SL62	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
242	SL83	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
243	SL97	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
244	s48	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
245	Tu13	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
246	Tu14	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
247	Tu30	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
248	Tu5	Wild sorghum	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
249	WSC5	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
250	WSC15	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
251	WSC19	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
252	WSC30	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
253	WSC52	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
254	WSC6	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
255	WSC61	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
256	WSC71	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
257	WSC72	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
258	WSC79	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
259	WSC94	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
260	WSC99	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
261	WSC100	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
262	WSC104	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
263	WSC105	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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267	WSC17	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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269	WSC20	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
270	WSC24	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
271	WSC25	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
272	WSC29	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
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280	WSC56	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
281	WSC59	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
282	WSC68	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
283	WSC70	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
284	WSC73	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
285	WSC81	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
286	WSC85	Improved	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
287	WSC91	Landrace	N\|N
288	WSC93	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA
289	WSC98	Landrace	CTTAATAATA\|CTTAATAATA

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825269	Sobic.001G000100	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000100.1	mRNA			Sobic.001G000100.1.p

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