Variation ID : sbi33825286

Variation Detail



Variation ID sbi33825286
Type INDEL
Position Chr01 2809-2811
Ref /Alleles ATG/ A
MAF A: 0.008
5' Flank GGCCTGCCGGTATGCCCACCTTTTTTTTTC
3' Flank TAGTTTTTTTGTCGGTTCGGAATTTGATTA

Individual Alleles

id Sample Id Type Alleles
1 101 Improved ATG|ATG
2 103 Improved ATG|ATG
3 107 Improved N|N
4 11 Improved ATG|ATG
5 110 Improved ATG|ATG
6 123 Landrace ATG|ATG
7 131 Improved ATG|ATG
8 132 Improved N|N
9 135 Improved ATG|ATG
10 137 Improved ATG|ATG
11 138 Improved ATG|ATG
12 14 Improved N|N
13 140 Improved ATG|ATG
14 141 Improved ATG|ATG
15 144 Improved ATG|ATG
16 150 Improved ATG|ATG
17 154 Improved N|N
18 159 Landrace N|N
19 16 Improved ATG|ATG
20 161 Landrace ATG|ATG
21 167 Improved ATG|ATG
22 168 Improved ATG|ATG
23 170 Improved ATG|ATG
24 173 Improved N|N
25 175 Improved ATG|ATG
26 176 Improved ATG|ATG
27 182 Landrace ATG|ATG
28 186 Improved ATG|ATG
29 190 Improved ATG|ATG
30 192 Improved ATG|ATG
31 194 Improved ATG|ATG
32 195 Improved ATG|ATG
33 197 Improved ATG|ATG
34 J22 Landrace ATG|ATG
35 J26 Landrace ATG|ATG
36 J5 Landrace ATG|ATG
37 J50 Landrace ATG|ATG
38 2001 Landrace ATG|ATG
39 2005 Improved ATG|ATG
40 2008 Improved N|N
41 2009 Landrace ATG|ATG
42 201 Improved ATG|ATG
43 2010 Landrace ATG|ATG
44 2016 Improved N|N
45 2019 Improved ATG|ATG
46 202 Improved ATG|ATG
47 2021 Improved ATG|ATG
48 2023 Improved ATG|ATG
49 2026 Improved ATG|ATG
50 2029 Improved ATG|ATG
51 2030 Landrace ATG|ATG
52 2031 Landrace N|N
53 2036 Improved ATG|ATG
54 2037 Improved ATG|ATG
55 2038 Improved ATG|ATG
56 2039 Improved ATG|ATG
57 204 Improved ATG|ATG
58 2042 Improved N|N
59 2043 Improved ATG|ATG
60 2048 Improved N|N
61 2049 Improved ATG|ATG
62 205 Improved ATG|ATG
63 2050 Improved ATG|ATG
64 2052 Improved ATG|ATG
65 2054 Improved ATG|ATG
66 2056 Improved ATG|ATG
67 2059 Improved ATG|ATG
68 206 Improved ATG|ATG
69 2064 Improved ATG|ATG
70 2065 Improved ATG|ATG
71 2067 Improved ATG|ATG
72 2068 Improved ATG|ATG
73 2069 Improved ATG|ATG
74 2071 Improved ATG|ATG
75 2074 Improved ATG|ATG
76 2075 Improved ATG|ATG
77 2076 Improved ATG|ATG
78 2080 Improved ATG|ATG
79 2081 Improved ATG|ATG
80 2082 Improved N|N
81 2086 Improved ATG|ATG
82 2088 Improved ATG|ATG
83 260 Wild sorghum N|N
84 261 Improved ATG|ATG
85 262 Improved ATG|ATG
86 263 Improved N|N
87 286 Improved ATG|ATG
88 29 Improved N|N
89 3 Improved ATG|ATG
90 302546 S.propinquum N|N
91 31 Improved ATG|ATG
92 32 Improved ATG|ATG
93 34 Improved ATG|ATG
94 346 Landrace ATG|ATG
95 348 Wild sorghum ATG|ATG
96 353 Wild sorghum ATG|ATG
97 355 Wild sorghum ATG|ATG
98 357 Wild sorghum ATG|ATG
99 364 Wild sorghum ATG|ATG
100 367 Landrace ATG|ATG
101 s37 S.propinquum N|N
102 s38 S.propinquum N|N
103 370 Landrace N|N
104 377 Wild sorghum ATG|ATG
105 392 Wild sorghum ATG|ATG
106 394 Wild sorghum ATG|ATG
107 40 Improved ATG|ATG
108 42 Improved ATG|ATG
109 43 Improved ATG|ATG
110 45 Improved ATG|ATG
111 47 Improved ATG|ATG
112 48 Improved ATG|ATG
113 51 Improved ATG|ATG
114 53 Improved ATG|ATG
115 56 Improved ATG|ATG
116 61 Improved ATG|ATG
117 62 Improved ATG|ATG
118 66 Landrace N|N
119 67 Improved ATG|ATG
120 68 Improved ATG|ATG
121 70 Improved ATG|ATG
122 73 Improved ATG|ATG
123 75 Improved ATG|ATG
124 88 Improved ATG|ATG
125 89 Improved ATG|ATG
126 91 Improved ATG|ATG
127 92 Improved ATG|ATG
128 93 Improved ATG|ATG
129 94 Improved ATG|ATG
130 95 Improved ATG|ATG
131 96 Improved ATG|ATG
132 97 Improved ATG|ATG
133 s1 Improved ATG|ATG
134 s36 Wild sorghum ATG|ATG
135 s2 Landrace ATG|ATG
136 s3 Improved ATG|ATG
137 s32 Improved ATG|ATG
138 s43 Weedy ATG|ATG
139 s40 Landrace N|N
140 s41 Weedy ATG|ATG
141 s39 Landrace ATG|ATG
142 s42 Landrace ATG|ATG
143 s47 Improved ATG|ATG
144 s5 Landrace ATG|ATG
145 GW102 Landrace ATG|ATG
146 GW103 Landrace ATG|ATG
147 GW104 Landrace N|N
148 GW105 Landrace ATG|ATG
149 GW16 Landrace ATG|ATG
150 GW2 Landrace ATG|ATG
151 GW34 Landrace ATG|ATG
152 GW37 Landrace ATG|ATG
153 GW58 Landrace ATG|ATG
154 GW59 Landrace ATG|ATG
155 GW9 Landrace ATG|ATG
156 s4 Weedy ATG|ATG
157 s6 Improved ATG|ATG
158 s7 Landrace ATG|ATG
159 s8 Landrace ATG|ATG
160 s9 Landrace ATG|ATG
161 J101 Landrace ATG|ATG
162 J103 Improved ATG|ATG
163 J112 Landrace ATG|ATG
164 J113 Improved N|N
165 J129 Improved ATG|ATG
166 J130 Improved ATG|ATG
167 J136 Improved ATG|ATG
168 J152 Improved ATG|ATG
169 J2 Landrace ATG|ATG
170 J20 Landrace ATG|ATG
171 J4 Landrace ATG|ATG
172 J42 Landrace ATG|ATG
173 J44 Landrace ATG|ATG
174 J49 Landrace ATG|ATG
175 J52 Landrace ATG|ATG
176 J53 Landrace ATG|ATG
177 J54 Landrace ATG|ATG
178 J57 Landrace ATG|ATG
179 J59 Landrace ATG|ATG
180 J64 Landrace N|N
181 J66 Landrace ATG|ATG
182 J67 Landrace ATG|ATG
183 J69 Landrace ATG|ATG
184 J87 Landrace N|N
185 J99 Landrace ATG|ATG
186 s45 Landrace ATG|ATG
187 s11 Improved ATG|ATG
188 s10 Improved ATG|ATG
189 s46 Improved ATG|ATG
190 s12 Improved ATG|ATG
191 s13 Landrace ATG|ATG
192 MHMD Landrace ATG|ATG
193 s14 Improved ATG|ATG
194 s15 Improved ATG|ATG
195 s34 Weedy ATG|ATG
196 s33 Wild sorghum A|A
197 s21 Wild sorghum ATG|ATG
198 s16 Wild sorghum ATG|ATG
199 s44 Improved ATG|ATG
200 s35 Landrace ATG|ATG
201 s31 Wild sorghum ATG|ATG
202 s17 Improved ATG|ATG
203 s18 Improved ATG|ATG
204 s20 Improved ATG|ATG
205 s19 Improved ATG|ATG
206 s22 Landrace ATG|ATG
207 s23 Landrace ATG|ATG
208 s24 Landrace ATG|ATG
209 s25 Landrace ATG|ATG
210 s26 Landrace ATG|ATG
211 s27 Landrace ATG|ATG
212 s28 Landrace ATG|ATG
213 s29 Landrace ATG|ATG
214 s30 Landrace ATG|ATG
215 SL25 Wild sorghum ATG|ATG
216 SL105 Wild sorghum N|N
217 SL108 Wild sorghum ATG|ATG
218 SL109 Wild sorghum ATG|ATG
219 SL12 Wild sorghum ATG|ATG
220 SL129 Wild sorghum ATG|ATG
221 SL130 Wild sorghum ATG|ATG
222 SL135 Wild sorghum N|N
223 SL136 Wild sorghum ATG|ATG
224 SL137 Wild sorghum ATG|ATG
225 SL138 Wild sorghum ATG|ATG
226 SL140 Wild sorghum ATG|ATG
227 SL141 Wild sorghum ATG|ATG
228 SL19 Wild sorghum ATG|ATG
229 SL28 Wild sorghum ATG|ATG
230 SL32 Wild sorghum ATG|ATG
231 SL35 Wild sorghum N|N
232 SL36 Wild sorghum N|N
233 SL37 Wild sorghum ATG|ATG
234 SL39 Wild sorghum ATG|ATG
235 SL41 Wild sorghum ATG|ATG
236 SL43 Wild sorghum N|N
237 SL47 Wild sorghum ATG|ATG
238 SL49 Wild sorghum N|N
239 SL51 Wild sorghum ATG|ATG
240 SL53 Wild sorghum ATG|ATG
241 SL62 Wild sorghum ATG|ATG
242 SL83 Wild sorghum ATG|ATG
243 SL97 Landrace ATG|ATG
244 s48 Improved ATG|ATG
245 Tu13 Wild sorghum ATG|ATG
246 Tu14 Wild sorghum A|A
247 Tu30 Wild sorghum ATG|ATG
248 Tu5 Wild sorghum ATG|ATG
249 WSC5 Landrace ATG|ATG
250 WSC15 Landrace ATG|ATG
251 WSC19 Landrace ATG|ATG
252 WSC30 Landrace N|N
253 WSC52 Landrace N|N
254 WSC6 Landrace ATG|ATG
255 WSC61 Landrace ATG|ATG
256 WSC71 Improved ATG|ATG
257 WSC72 Landrace ATG|ATG
258 WSC79 Landrace ATG|ATG
259 WSC94 Landrace ATG|ATG
260 WSC99 Landrace ATG|ATG
261 WSC100 Landrace N|N
262 WSC104 Landrace ATG|ATG
263 WSC105 Landrace ATG|ATG
264 WSC12 Landrace ATG|ATG
265 WSC13 Landrace ATG|ATG
266 WSC16 Landrace ATG|ATG
267 WSC17 Landrace ATG|ATG
268 WSC18 Landrace N|N
269 WSC20 Landrace ATG|ATG
270 WSC24 Landrace ATG|ATG
271 WSC25 Landrace N|N
272 WSC29 Landrace ATG|ATG
273 WSC31 Landrace N|N
274 WSC32 Landrace ATG|ATG
275 WSC34 Landrace N|N
276 WSC38 Landrace N|N
277 WSC39 Improved ATG|ATG
278 WSC40 Landrace N|N
279 WSC54 Landrace ATG|ATG
280 WSC56 Landrace ATG|ATG
281 WSC59 Landrace ATG|ATG
282 WSC68 Landrace ATG|ATG
283 WSC70 Landrace ATG|ATG
284 WSC73 Landrace ATG|ATG
285 WSC81 Landrace ATG|ATG
286 WSC85 Improved ATG|ATG
287 WSC91 Landrace ATG|ATG
288 WSC93 Landrace ATG|ATG
289 WSC98 Landrace ATG|ATG

Alleles Distribution

Gene Annotation



Variation ID Gene Consequence Transcript Type cDNA Source/target codon Protein Name protein pos source/target Amino acid
sbi33825286 Sobic.001G000100 downstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000100.1 mRNA Sobic.001G000100.1.p

Genome Browser