sorgsd

Variation ID : sbi33825302

Variation Detail

Variation ID	sbi33825302
Type	INDEL
Position	Chr01 3732-3738
Ref /Alleles	TACAGGC/ T
MAF	T: 0.012
5' Flank	AACTCAAAAAATTAAATTTCAAATTATTTC
3' Flank	GGTTTAGGAGAACTGCCTTTACTGTGAAAA

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
2	103	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
3	107	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
4	11	Improved	N\|N
5	110	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
6	123	Landrace	N\|N
7	131	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
8	132	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
9	135	Improved	N\|N
10	137	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
11	138	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
12	14	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
13	140	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
14	141	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
15	144	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
16	150	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
17	154	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
18	159	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
19	16	Improved	N\|N
20	161	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
21	167	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
22	168	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
23	170	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
24	173	Improved	N\|N
25	175	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
26	176	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
27	182	Landrace	N\|N
28	186	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
29	190	Improved	N\|N
30	192	Improved	N\|N
31	194	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
32	195	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
33	197	Improved	N\|N
34	J22	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
35	J26	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
36	J5	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
37	J50	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
38	2001	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
39	2005	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
40	2008	Improved	N\|N
41	2009	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
42	201	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
43	2010	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
44	2016	Improved	N\|N
45	2019	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
46	202	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
47	2021	Improved	N\|N
48	2023	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
49	2026	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
50	2029	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
51	2030	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
52	2031	Landrace	N\|N
53	2036	Improved	N\|N
54	2037	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
55	2038	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
56	2039	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
57	204	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
58	2042	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
59	2043	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
60	2048	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
61	2049	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
62	205	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
63	2050	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
64	2052	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
65	2054	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
66	2056	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
67	2059	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
68	206	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
69	2064	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
70	2065	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
71	2067	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
72	2068	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
73	2069	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
74	2071	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
75	2074	Improved	N\|N
76	2075	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
77	2076	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
78	2080	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
79	2081	Improved	N\|N
80	2082	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
81	2086	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
82	2088	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
83	260	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
84	261	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
85	262	Improved	N\|N
86	263	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
87	286	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
88	29	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
89	3	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
90	302546	S.propinquum	T\|T
91	31	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
92	32	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
93	34	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
94	346	Landrace	N\|N
95	348	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
96	353	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
97	355	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
98	357	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
99	364	Wild sorghum	N\|N
100	367	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
101	s37	S.propinquum	T\|T
102	s38	S.propinquum	T\|T
103	370	Landrace	N\|N
104	377	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
105	392	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
106	394	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
107	40	Improved	N\|N
108	42	Improved	N\|N
109	43	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
110	45	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
111	47	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
112	48	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
113	51	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
114	53	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
115	56	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
116	61	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
117	62	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
118	66	Landrace	N\|N
119	67	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
120	68	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
121	70	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
122	73	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
123	75	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
124	88	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
125	89	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
126	91	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
127	92	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
128	93	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
129	94	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
130	95	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
131	96	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
132	97	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
133	s1	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
134	s36	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
135	s2	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
136	s3	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
137	s32	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
138	s43	Weedy	TACAGGC\|TACAGGC
139	s40	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
140	s41	Weedy	TACAGGC\|TACAGGC
141	s39	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
142	s42	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
143	s47	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
144	s5	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
145	GW102	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
146	GW103	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
147	GW104	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
148	GW105	Landrace	N\|N
149	GW16	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
150	GW2	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
151	GW34	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
152	GW37	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
153	GW58	Landrace	N\|N
154	GW59	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
155	GW9	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
156	s4	Weedy	TACAGGC\|TACAGGC
157	s6	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
158	s7	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
159	s8	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
160	s9	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
161	J101	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
162	J103	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
163	J112	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
164	J113	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
165	J129	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
166	J130	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
167	J136	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
168	J152	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
169	J2	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
170	J20	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
171	J4	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
172	J42	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
173	J44	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
174	J49	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
175	J52	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
176	J53	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
177	J54	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
178	J57	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
179	J59	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
180	J64	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
181	J66	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
182	J67	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
183	J69	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
184	J87	Landrace	N\|N
185	J99	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
186	s45	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
187	s11	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
188	s10	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
189	s46	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
190	s12	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
191	s13	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
192	MHMD	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
193	s14	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
194	s15	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
195	s34	Weedy	TACAGGC\|TACAGGC
196	s33	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
197	s21	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
198	s16	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
199	s44	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
200	s35	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
201	s31	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
202	s17	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
203	s18	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
204	s20	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
205	s19	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
206	s22	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
207	s23	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
208	s24	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
209	s25	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
210	s26	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
211	s27	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
212	s28	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
213	s29	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
214	s30	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
215	SL25	Wild sorghum	N\|N
216	SL105	Wild sorghum	N\|N
217	SL108	Wild sorghum	N\|N
218	SL109	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
219	SL12	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
220	SL129	Wild sorghum	N\|N
221	SL130	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
222	SL135	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
223	SL136	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
224	SL137	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
225	SL138	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
226	SL140	Wild sorghum	N\|N
227	SL141	Wild sorghum	N\|N
228	SL19	Wild sorghum	N\|N
229	SL28	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
230	SL32	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
231	SL35	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
232	SL36	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
233	SL37	Wild sorghum	N\|N
234	SL39	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
235	SL41	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
236	SL43	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
237	SL47	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
238	SL49	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
239	SL51	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
240	SL53	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
241	SL62	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
242	SL83	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
243	SL97	Landrace	N\|N
244	s48	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
245	Tu13	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
246	Tu14	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
247	Tu30	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
248	Tu5	Wild sorghum	TACAGGC\|TACAGGC
249	WSC5	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
250	WSC15	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
251	WSC19	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
252	WSC30	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
253	WSC52	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
254	WSC6	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
255	WSC61	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
256	WSC71	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
257	WSC72	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
258	WSC79	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
259	WSC94	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
260	WSC99	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
261	WSC100	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
262	WSC104	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
263	WSC105	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
264	WSC12	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
265	WSC13	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
266	WSC16	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
267	WSC17	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
268	WSC18	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
269	WSC20	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
270	WSC24	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
271	WSC25	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
272	WSC29	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
273	WSC31	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
274	WSC32	Landrace	N\|N
275	WSC34	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
276	WSC38	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
277	WSC39	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
278	WSC40	Landrace	N\|N
279	WSC54	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
280	WSC56	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
281	WSC59	Landrace	N\|N
282	WSC68	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
283	WSC70	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
284	WSC73	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
285	WSC81	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
286	WSC85	Improved	TACAGGC\|TACAGGC
287	WSC91	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
288	WSC93	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC
289	WSC98	Landrace	TACAGGC\|TACAGGC

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825302	Sobic.001G000100	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000100.1	mRNA			Sobic.001G000100.1.p

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