sorgsd

Variation ID : sbi33825303

Variation Detail

Variation ID	sbi33825303
Type	INDEL
Position	Chr01 3738-3744
Ref /Alleles	CGGTTTA/ C or *
MAF	C: 0.042
5' Flank	AAAAATTAAATTTCAAATTATTTCTACAGG
3' Flank	GGAGAACTGCCTTTACTGTGAAAATCTATT

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
2	103	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
3	107	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
4	11	Improved	C\|C
5	110	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
6	123	Landrace	N\|N
7	131	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
8	132	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
9	135	Improved	C\|C
10	137	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
11	138	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
12	14	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
13	140	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
14	141	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
15	144	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
16	150	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
17	154	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
18	159	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
19	16	Improved	N\|N
20	161	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
21	167	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
22	168	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
23	170	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
24	173	Improved	N\|N
25	175	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
26	176	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
27	182	Landrace	N\|N
28	186	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
29	190	Improved	N\|N
30	192	Improved	N\|N
31	194	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
32	195	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
33	197	Improved	N\|N
34	J22	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
35	J26	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
36	J5	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
37	J50	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
38	2001	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
39	2005	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
40	2008	Improved	N\|N
41	2009	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
42	201	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
43	2010	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
44	2016	Improved	N\|N
45	2019	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
46	202	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
47	2021	Improved	N\|N
48	2023	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
49	2026	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
50	2029	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
51	2030	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
52	2031	Landrace	N\|N
53	2036	Improved	N\|N
54	2037	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
55	2038	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
56	2039	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
57	204	Improved	CGGTTTA\|C
58	2042	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
59	2043	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
60	2048	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
61	2049	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
62	205	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
63	2050	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
64	2052	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
65	2054	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
66	2056	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
67	2059	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
68	206	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
69	2064	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
70	2065	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
71	2067	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
72	2068	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
73	2069	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
74	2071	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
75	2074	Improved	N\|N
76	2075	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
77	2076	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
78	2080	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
79	2081	Improved	N\|N
80	2082	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
81	2086	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
82	2088	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
83	260	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
84	261	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
85	262	Improved	N\|N
86	263	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
87	286	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
88	29	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
89	3	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
90	302546	S.propinquum	\|
91	31	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
92	32	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
93	34	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
94	346	Landrace	N\|N
95	348	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
96	353	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
97	355	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
98	357	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
99	364	Wild sorghum	N\|N
100	367	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
101	s37	S.propinquum	\|
102	s38	S.propinquum	\|
103	370	Landrace	N\|N
104	377	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
105	392	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
106	394	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
107	40	Improved	CGGTTTA\|C
108	42	Improved	N\|N
109	43	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
110	45	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
111	47	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
112	48	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
113	51	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
114	53	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
115	56	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
116	61	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
117	62	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
118	66	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
119	67	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
120	68	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
121	70	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
122	73	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
123	75	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
124	88	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
125	89	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
126	91	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
127	92	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
128	93	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
129	94	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
130	95	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
131	96	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
132	97	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
133	s1	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
134	s36	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
135	s2	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
136	s3	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
137	s32	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
138	s43	Weedy	CGGTTTA\|CGGTTTA
139	s40	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
140	s41	Weedy	CGGTTTA\|CGGTTTA
141	s39	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
142	s42	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
143	s47	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
144	s5	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
145	GW102	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
146	GW103	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
147	GW104	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
148	GW105	Landrace	C\|C
149	GW16	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
150	GW2	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
151	GW34	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
152	GW37	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
153	GW58	Landrace	C\|C
154	GW59	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
155	GW9	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
156	s4	Weedy	CGGTTTA\|CGGTTTA
157	s6	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
158	s7	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
159	s8	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
160	s9	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
161	J101	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
162	J103	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
163	J112	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
164	J113	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
165	J129	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
166	J130	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
167	J136	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
168	J152	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
169	J2	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
170	J20	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
171	J4	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
172	J42	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
173	J44	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
174	J49	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
175	J52	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
176	J53	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
177	J54	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
178	J57	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
179	J59	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
180	J64	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
181	J66	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
182	J67	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
183	J69	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
184	J87	Landrace	N\|N
185	J99	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
186	s45	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
187	s11	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
188	s10	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
189	s46	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
190	s12	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
191	s13	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
192	MHMD	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
193	s14	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
194	s15	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
195	s34	Weedy	CGGTTTA\|CGGTTTA
196	s33	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
197	s21	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
198	s16	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
199	s44	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
200	s35	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
201	s31	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
202	s17	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
203	s18	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
204	s20	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
205	s19	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
206	s22	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
207	s23	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
208	s24	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
209	s25	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
210	s26	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
211	s27	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
212	s28	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
213	s29	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
214	s30	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
215	SL25	Wild sorghum	N\|N
216	SL105	Wild sorghum	N\|N
217	SL108	Wild sorghum	C\|C
218	SL109	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
219	SL12	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
220	SL129	Wild sorghum	C\|C
221	SL130	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
222	SL135	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
223	SL136	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
224	SL137	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
225	SL138	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
226	SL140	Wild sorghum	C\|C
227	SL141	Wild sorghum	C\|C
228	SL19	Wild sorghum	N\|N
229	SL28	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
230	SL32	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
231	SL35	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
232	SL36	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
233	SL37	Wild sorghum	N\|N
234	SL39	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
235	SL41	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
236	SL43	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
237	SL47	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
238	SL49	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
239	SL51	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
240	SL53	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
241	SL62	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
242	SL83	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
243	SL97	Landrace	N\|N
244	s48	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
245	Tu13	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
246	Tu14	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
247	Tu30	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
248	Tu5	Wild sorghum	CGGTTTA\|CGGTTTA
249	WSC5	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
250	WSC15	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
251	WSC19	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
252	WSC30	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
253	WSC52	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
254	WSC6	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
255	WSC61	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
256	WSC71	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
257	WSC72	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
258	WSC79	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
259	WSC94	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
260	WSC99	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
261	WSC100	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
262	WSC104	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
263	WSC105	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
264	WSC12	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
265	WSC13	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
266	WSC16	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
267	WSC17	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
268	WSC18	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
269	WSC20	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
270	WSC24	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
271	WSC25	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
272	WSC29	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
273	WSC31	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
274	WSC32	Landrace	C\|C
275	WSC34	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
276	WSC38	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
277	WSC39	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
278	WSC40	Landrace	N\|N
279	WSC54	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
280	WSC56	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
281	WSC59	Landrace	C\|C
282	WSC68	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
283	WSC70	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
284	WSC73	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
285	WSC81	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
286	WSC85	Improved	CGGTTTA\|CGGTTTA
287	WSC91	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
288	WSC93	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA
289	WSC98	Landrace	CGGTTTA\|CGGTTTA

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825303	Sobic.001G000100	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000100.1	mRNA			Sobic.001G000100.1.p

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