sorgsd

Variation ID : sbi33825312

Variation Detail

Variation ID	sbi33825312
Type	INDEL
Position	Chr01 5683-5690
Ref /Alleles	TGTTGCTA/ T
MAF	T: 0.004
5' Flank	ATCTCCACCCTATACTCTCTCAATCTCTCT
3' Flank	AAATCGTAAAGAGGCAGATCCATTCGAAGG

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
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149	GW16	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
150	GW2	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
151	GW34	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
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155	GW9	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
156	s4	Weedy	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
157	s6	Improved	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
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192	MHMD	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
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200	s35	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
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206	s22	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
207	s23	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
208	s24	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
209	s25	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
210	s26	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
211	s27	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
212	s28	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
213	s29	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
214	s30	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
215	SL25	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
216	SL105	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
217	SL108	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
218	SL109	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
219	SL12	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
220	SL129	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
221	SL130	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
222	SL135	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
223	SL136	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
224	SL137	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
225	SL138	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
226	SL140	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
227	SL141	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
228	SL19	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
229	SL28	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
230	SL32	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
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235	SL41	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
236	SL43	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
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238	SL49	Wild sorghum	N\|N
239	SL51	Wild sorghum	T\|T
240	SL53	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
241	SL62	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
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244	s48	Improved	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
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248	Tu5	Wild sorghum	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
249	WSC5	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
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254	WSC6	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
255	WSC61	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
256	WSC71	Improved	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
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258	WSC79	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
259	WSC94	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
260	WSC99	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
261	WSC100	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA
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289	WSC98	Landrace	TGTTGCTA\|TGTTGCTA

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825312	Sobic.001G000100	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000100.1	mRNA			Sobic.001G000100.1.p

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