sorgsd

Variation ID : sbi33825316

Variation Detail

Variation ID	sbi33825316
Type	INDEL
Position	Chr01 6515-6519
Ref /Alleles	CAAGT/ C
MAF	C: 0.007
5' Flank	AAAGAAACCAAAGAGATTCAAAGGCAAGTA
3' Flank	ACTTTTAGATAAAGGTTATGTGTTGTGTTG

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	CAAGT\|CAAGT
2	103	Improved	CAAGT\|CAAGT
3	107	Improved	CAAGT\|CAAGT
4	11	Improved	CAAGT\|CAAGT
5	110	Improved	CAAGT\|CAAGT
6	123	Landrace	CAAGT\|CAAGT
7	131	Improved	CAAGT\|CAAGT
8	132	Improved	CAAGT\|CAAGT
9	135	Improved	CAAGT\|CAAGT
10	137	Improved	CAAGT\|CAAGT
11	138	Improved	CAAGT\|CAAGT
12	14	Improved	CAAGT\|CAAGT
13	140	Improved	CAAGT\|CAAGT
14	141	Improved	CAAGT\|CAAGT
15	144	Improved	CAAGT\|CAAGT
16	150	Improved	CAAGT\|CAAGT
17	154	Improved	CAAGT\|CAAGT
18	159	Landrace	CAAGT\|CAAGT
19	16	Improved	CAAGT\|CAAGT
20	161	Landrace	CAAGT\|C
21	167	Improved	CAAGT\|CAAGT
22	168	Improved	CAAGT\|CAAGT
23	170	Improved	CAAGT\|CAAGT
24	173	Improved	CAAGT\|CAAGT
25	175	Improved	CAAGT\|CAAGT
26	176	Improved	CAAGT\|CAAGT
27	182	Landrace	CAAGT\|CAAGT
28	186	Improved	CAAGT\|CAAGT
29	190	Improved	CAAGT\|CAAGT
30	192	Improved	CAAGT\|CAAGT
31	194	Improved	CAAGT\|CAAGT
32	195	Improved	CAAGT\|CAAGT
33	197	Improved	CAAGT\|CAAGT
34	J22	Landrace	CAAGT\|CAAGT
35	J26	Landrace	CAAGT\|CAAGT
36	J5	Landrace	CAAGT\|CAAGT
37	J50	Landrace	CAAGT\|CAAGT
38	2001	Landrace	CAAGT\|CAAGT
39	2005	Improved	CAAGT\|CAAGT
40	2008	Improved	CAAGT\|CAAGT
41	2009	Landrace	CAAGT\|CAAGT
42	201	Improved	CAAGT\|CAAGT
43	2010	Landrace	CAAGT\|CAAGT
44	2016	Improved	CAAGT\|CAAGT
45	2019	Improved	CAAGT\|CAAGT
46	202	Improved	CAAGT\|CAAGT
47	2021	Improved	CAAGT\|CAAGT
48	2023	Improved	CAAGT\|CAAGT
49	2026	Improved	CAAGT\|CAAGT
50	2029	Improved	CAAGT\|CAAGT
51	2030	Landrace	CAAGT\|CAAGT
52	2031	Landrace	CAAGT\|CAAGT
53	2036	Improved	CAAGT\|CAAGT
54	2037	Improved	CAAGT\|CAAGT
55	2038	Improved	CAAGT\|CAAGT
56	2039	Improved	CAAGT\|CAAGT
57	204	Improved	CAAGT\|CAAGT
58	2042	Improved	CAAGT\|CAAGT
59	2043	Improved	CAAGT\|CAAGT
60	2048	Improved	CAAGT\|CAAGT
61	2049	Improved	CAAGT\|CAAGT
62	205	Improved	CAAGT\|CAAGT
63	2050	Improved	CAAGT\|CAAGT
64	2052	Improved	CAAGT\|CAAGT
65	2054	Improved	CAAGT\|CAAGT
66	2056	Improved	CAAGT\|CAAGT
67	2059	Improved	CAAGT\|CAAGT
68	206	Improved	CAAGT\|CAAGT
69	2064	Improved	CAAGT\|CAAGT
70	2065	Improved	CAAGT\|CAAGT
71	2067	Improved	CAAGT\|CAAGT
72	2068	Improved	CAAGT\|CAAGT
73	2069	Improved	CAAGT\|CAAGT
74	2071	Improved	CAAGT\|CAAGT
75	2074	Improved	CAAGT\|CAAGT
76	2075	Improved	CAAGT\|CAAGT
77	2076	Improved	CAAGT\|CAAGT
78	2080	Improved	CAAGT\|CAAGT
79	2081	Improved	CAAGT\|CAAGT
80	2082	Improved	CAAGT\|CAAGT
81	2086	Improved	CAAGT\|CAAGT
82	2088	Improved	CAAGT\|CAAGT
83	260	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
84	261	Improved	CAAGT\|CAAGT
85	262	Improved	CAAGT\|CAAGT
86	263	Improved	CAAGT\|CAAGT
87	286	Improved	CAAGT\|CAAGT
88	29	Improved	CAAGT\|CAAGT
89	3	Improved	CAAGT\|CAAGT
90	302546	S.propinquum	CAAGT\|CAAGT
91	31	Improved	CAAGT\|CAAGT
92	32	Improved	CAAGT\|CAAGT
93	34	Improved	CAAGT\|CAAGT
94	346	Landrace	CAAGT\|CAAGT
95	348	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
96	353	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
97	355	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
98	357	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
99	364	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
100	367	Landrace	CAAGT\|CAAGT
101	s37	S.propinquum	CAAGT\|CAAGT
102	s38	S.propinquum	CAAGT\|CAAGT
103	370	Landrace	CAAGT\|CAAGT
104	377	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
105	392	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
106	394	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
107	40	Improved	CAAGT\|CAAGT
108	42	Improved	CAAGT\|CAAGT
109	43	Improved	CAAGT\|CAAGT
110	45	Improved	CAAGT\|CAAGT
111	47	Improved	CAAGT\|CAAGT
112	48	Improved	CAAGT\|CAAGT
113	51	Improved	CAAGT\|CAAGT
114	53	Improved	CAAGT\|CAAGT
115	56	Improved	CAAGT\|CAAGT
116	61	Improved	CAAGT\|CAAGT
117	62	Improved	CAAGT\|CAAGT
118	66	Landrace	CAAGT\|CAAGT
119	67	Improved	CAAGT\|CAAGT
120	68	Improved	CAAGT\|CAAGT
121	70	Improved	CAAGT\|CAAGT
122	73	Improved	CAAGT\|CAAGT
123	75	Improved	CAAGT\|CAAGT
124	88	Improved	CAAGT\|CAAGT
125	89	Improved	CAAGT\|CAAGT
126	91	Improved	CAAGT\|CAAGT
127	92	Improved	CAAGT\|CAAGT
128	93	Improved	CAAGT\|CAAGT
129	94	Improved	CAAGT\|CAAGT
130	95	Improved	CAAGT\|CAAGT
131	96	Improved	CAAGT\|CAAGT
132	97	Improved	CAAGT\|CAAGT
133	s1	Improved	CAAGT\|CAAGT
134	s36	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
135	s2	Landrace	CAAGT\|CAAGT
136	s3	Improved	CAAGT\|CAAGT
137	s32	Improved	CAAGT\|CAAGT
138	s43	Weedy	CAAGT\|CAAGT
139	s40	Landrace	CAAGT\|CAAGT
140	s41	Weedy	CAAGT\|CAAGT
141	s39	Landrace	CAAGT\|CAAGT
142	s42	Landrace	CAAGT\|CAAGT
143	s47	Improved	CAAGT\|CAAGT
144	s5	Landrace	CAAGT\|CAAGT
145	GW102	Landrace	CAAGT\|CAAGT
146	GW103	Landrace	CAAGT\|CAAGT
147	GW104	Landrace	CAAGT\|CAAGT
148	GW105	Landrace	CAAGT\|CAAGT
149	GW16	Landrace	N\|N
150	GW2	Landrace	CAAGT\|CAAGT
151	GW34	Landrace	CAAGT\|CAAGT
152	GW37	Landrace	CAAGT\|CAAGT
153	GW58	Landrace	CAAGT\|CAAGT
154	GW59	Landrace	CAAGT\|CAAGT
155	GW9	Landrace	CAAGT\|CAAGT
156	s4	Weedy	CAAGT\|CAAGT
157	s6	Improved	CAAGT\|CAAGT
158	s7	Landrace	CAAGT\|CAAGT
159	s8	Landrace	CAAGT\|CAAGT
160	s9	Landrace	CAAGT\|CAAGT
161	J101	Landrace	CAAGT\|CAAGT
162	J103	Improved	CAAGT\|CAAGT
163	J112	Landrace	CAAGT\|CAAGT
164	J113	Improved	CAAGT\|CAAGT
165	J129	Improved	CAAGT\|CAAGT
166	J130	Improved	CAAGT\|CAAGT
167	J136	Improved	CAAGT\|CAAGT
168	J152	Improved	CAAGT\|CAAGT
169	J2	Landrace	CAAGT\|CAAGT
170	J20	Landrace	CAAGT\|CAAGT
171	J4	Landrace	CAAGT\|CAAGT
172	J42	Landrace	CAAGT\|CAAGT
173	J44	Landrace	CAAGT\|CAAGT
174	J49	Landrace	CAAGT\|CAAGT
175	J52	Landrace	CAAGT\|CAAGT
176	J53	Landrace	CAAGT\|CAAGT
177	J54	Landrace	CAAGT\|CAAGT
178	J57	Landrace	CAAGT\|CAAGT
179	J59	Landrace	CAAGT\|CAAGT
180	J64	Landrace	CAAGT\|CAAGT
181	J66	Landrace	CAAGT\|CAAGT
182	J67	Landrace	N\|N
183	J69	Landrace	CAAGT\|CAAGT
184	J87	Landrace	CAAGT\|CAAGT
185	J99	Landrace	CAAGT\|CAAGT
186	s45	Landrace	CAAGT\|CAAGT
187	s11	Improved	CAAGT\|CAAGT
188	s10	Improved	CAAGT\|CAAGT
189	s46	Improved	CAAGT\|CAAGT
190	s12	Improved	CAAGT\|CAAGT
191	s13	Landrace	CAAGT\|CAAGT
192	MHMD	Landrace	CAAGT\|CAAGT
193	s14	Improved	CAAGT\|CAAGT
194	s15	Improved	CAAGT\|CAAGT
195	s34	Weedy	CAAGT\|CAAGT
196	s33	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
197	s21	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
198	s16	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
199	s44	Improved	CAAGT\|CAAGT
200	s35	Landrace	CAAGT\|CAAGT
201	s31	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
202	s17	Improved	CAAGT\|CAAGT
203	s18	Improved	CAAGT\|CAAGT
204	s20	Improved	CAAGT\|CAAGT
205	s19	Improved	CAAGT\|CAAGT
206	s22	Landrace	CAAGT\|CAAGT
207	s23	Landrace	CAAGT\|CAAGT
208	s24	Landrace	CAAGT\|CAAGT
209	s25	Landrace	CAAGT\|CAAGT
210	s26	Landrace	CAAGT\|CAAGT
211	s27	Landrace	CAAGT\|CAAGT
212	s28	Landrace	CAAGT\|CAAGT
213	s29	Landrace	CAAGT\|CAAGT
214	s30	Landrace	CAAGT\|CAAGT
215	SL25	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
216	SL105	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
217	SL108	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
218	SL109	Wild sorghum	CAAGT\|C
219	SL12	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
220	SL129	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
221	SL130	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
222	SL135	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
223	SL136	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
224	SL137	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
225	SL138	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
226	SL140	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
227	SL141	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
228	SL19	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
229	SL28	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
230	SL32	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
231	SL35	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
232	SL36	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
233	SL37	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
234	SL39	Wild sorghum	CAAGT\|C
235	SL41	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
236	SL43	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
237	SL47	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
238	SL49	Wild sorghum	CAAGT\|C
239	SL51	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
240	SL53	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
241	SL62	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
242	SL83	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
243	SL97	Landrace	N\|N
244	s48	Improved	CAAGT\|CAAGT
245	Tu13	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
246	Tu14	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
247	Tu30	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
248	Tu5	Wild sorghum	CAAGT\|CAAGT
249	WSC5	Landrace	CAAGT\|CAAGT
250	WSC15	Landrace	CAAGT\|CAAGT
251	WSC19	Landrace	CAAGT\|CAAGT
252	WSC30	Landrace	CAAGT\|CAAGT
253	WSC52	Landrace	CAAGT\|CAAGT
254	WSC6	Landrace	CAAGT\|CAAGT
255	WSC61	Landrace	CAAGT\|CAAGT
256	WSC71	Improved	N\|N
257	WSC72	Landrace	CAAGT\|CAAGT
258	WSC79	Landrace	CAAGT\|CAAGT
259	WSC94	Landrace	CAAGT\|CAAGT
260	WSC99	Landrace	CAAGT\|CAAGT
261	WSC100	Landrace	CAAGT\|CAAGT
262	WSC104	Landrace	CAAGT\|CAAGT
263	WSC105	Landrace	CAAGT\|CAAGT
264	WSC12	Landrace	CAAGT\|CAAGT
265	WSC13	Landrace	CAAGT\|CAAGT
266	WSC16	Landrace	CAAGT\|CAAGT
267	WSC17	Landrace	CAAGT\|CAAGT
268	WSC18	Landrace	CAAGT\|CAAGT
269	WSC20	Landrace	CAAGT\|CAAGT
270	WSC24	Landrace	CAAGT\|CAAGT
271	WSC25	Landrace	CAAGT\|CAAGT
272	WSC29	Landrace	CAAGT\|CAAGT
273	WSC31	Landrace	CAAGT\|CAAGT
274	WSC32	Landrace	CAAGT\|CAAGT
275	WSC34	Landrace	CAAGT\|CAAGT
276	WSC38	Landrace	N\|N
277	WSC39	Improved	CAAGT\|CAAGT
278	WSC40	Landrace	CAAGT\|CAAGT
279	WSC54	Landrace	CAAGT\|CAAGT
280	WSC56	Landrace	CAAGT\|CAAGT
281	WSC59	Landrace	CAAGT\|CAAGT
282	WSC68	Landrace	CAAGT\|CAAGT
283	WSC70	Landrace	CAAGT\|CAAGT
284	WSC73	Landrace	CAAGT\|CAAGT
285	WSC81	Landrace	CAAGT\|CAAGT
286	WSC85	Improved	CAAGT\|CAAGT
287	WSC91	Landrace	CAAGT\|CAAGT
288	WSC93	Landrace	CAAGT\|CAAGT
289	WSC98	Landrace	CAAGT\|CAAGT

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825316	Sobic.001G000100	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000100.1	mRNA			Sobic.001G000100.1.p
sbi33825316	Sobic.001G000200	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000200.1	mRNA			Sobic.001G000200.1.p

Genome Browser