sorgsd

Variation ID : sbi33825319

Variation Detail

Variation ID	sbi33825319
Type	INDEL
Position	Chr01 7115-7119
Ref /Alleles	TGTAA/ T
MAF	T: 0.004
5' Flank	AGCAATAAAGGATTGGCTAACTCCTAAAAA
3' Flank	GCCAGGTGAGAAGTTTTCATGGACTTCTTG

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	TGTAA\|TGTAA
2	103	Improved	TGTAA\|TGTAA
3	107	Improved	TGTAA\|TGTAA
4	11	Improved	TGTAA\|TGTAA
5	110	Improved	TGTAA\|TGTAA
6	123	Landrace	TGTAA\|TGTAA
7	131	Improved	TGTAA\|TGTAA
8	132	Improved	TGTAA\|TGTAA
9	135	Improved	TGTAA\|TGTAA
10	137	Improved	TGTAA\|TGTAA
11	138	Improved	TGTAA\|TGTAA
12	14	Improved	TGTAA\|TGTAA
13	140	Improved	TGTAA\|TGTAA
14	141	Improved	TGTAA\|TGTAA
15	144	Improved	TGTAA\|TGTAA
16	150	Improved	TGTAA\|TGTAA
17	154	Improved	TGTAA\|TGTAA
18	159	Landrace	TGTAA\|TGTAA
19	16	Improved	TGTAA\|TGTAA
20	161	Landrace	TGTAA\|TGTAA
21	167	Improved	TGTAA\|TGTAA
22	168	Improved	TGTAA\|TGTAA
23	170	Improved	TGTAA\|TGTAA
24	173	Improved	TGTAA\|TGTAA
25	175	Improved	TGTAA\|TGTAA
26	176	Improved	TGTAA\|TGTAA
27	182	Landrace	TGTAA\|TGTAA
28	186	Improved	TGTAA\|TGTAA
29	190	Improved	TGTAA\|TGTAA
30	192	Improved	N\|N
31	194	Improved	TGTAA\|TGTAA
32	195	Improved	TGTAA\|TGTAA
33	197	Improved	TGTAA\|TGTAA
34	J22	Landrace	TGTAA\|TGTAA
35	J26	Landrace	TGTAA\|TGTAA
36	J5	Landrace	TGTAA\|TGTAA
37	J50	Landrace	TGTAA\|TGTAA
38	2001	Landrace	TGTAA\|TGTAA
39	2005	Improved	TGTAA\|TGTAA
40	2008	Improved	N\|N
41	2009	Landrace	TGTAA\|TGTAA
42	201	Improved	TGTAA\|TGTAA
43	2010	Landrace	TGTAA\|TGTAA
44	2016	Improved	N\|N
45	2019	Improved	TGTAA\|TGTAA
46	202	Improved	TGTAA\|TGTAA
47	2021	Improved	TGTAA\|TGTAA
48	2023	Improved	TGTAA\|TGTAA
49	2026	Improved	TGTAA\|TGTAA
50	2029	Improved	TGTAA\|TGTAA
51	2030	Landrace	TGTAA\|TGTAA
52	2031	Landrace	TGTAA\|TGTAA
53	2036	Improved	TGTAA\|TGTAA
54	2037	Improved	TGTAA\|TGTAA
55	2038	Improved	TGTAA\|TGTAA
56	2039	Improved	TGTAA\|TGTAA
57	204	Improved	TGTAA\|TGTAA
58	2042	Improved	TGTAA\|TGTAA
59	2043	Improved	TGTAA\|TGTAA
60	2048	Improved	TGTAA\|TGTAA
61	2049	Improved	TGTAA\|TGTAA
62	205	Improved	TGTAA\|TGTAA
63	2050	Improved	TGTAA\|TGTAA
64	2052	Improved	TGTAA\|TGTAA
65	2054	Improved	TGTAA\|TGTAA
66	2056	Improved	TGTAA\|TGTAA
67	2059	Improved	TGTAA\|TGTAA
68	206	Improved	TGTAA\|TGTAA
69	2064	Improved	TGTAA\|TGTAA
70	2065	Improved	TGTAA\|TGTAA
71	2067	Improved	TGTAA\|TGTAA
72	2068	Improved	TGTAA\|TGTAA
73	2069	Improved	TGTAA\|TGTAA
74	2071	Improved	TGTAA\|TGTAA
75	2074	Improved	TGTAA\|TGTAA
76	2075	Improved	TGTAA\|TGTAA
77	2076	Improved	TGTAA\|TGTAA
78	2080	Improved	TGTAA\|TGTAA
79	2081	Improved	TGTAA\|TGTAA
80	2082	Improved	TGTAA\|TGTAA
81	2086	Improved	TGTAA\|TGTAA
82	2088	Improved	TGTAA\|TGTAA
83	260	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
84	261	Improved	TGTAA\|TGTAA
85	262	Improved	TGTAA\|TGTAA
86	263	Improved	TGTAA\|TGTAA
87	286	Improved	TGTAA\|TGTAA
88	29	Improved	TGTAA\|TGTAA
89	3	Improved	TGTAA\|TGTAA
90	302546	S.propinquum	TGTAA\|TGTAA
91	31	Improved	TGTAA\|TGTAA
92	32	Improved	TGTAA\|TGTAA
93	34	Improved	TGTAA\|TGTAA
94	346	Landrace	N\|N
95	348	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
96	353	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
97	355	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
98	357	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
99	364	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
100	367	Landrace	TGTAA\|TGTAA
101	s37	S.propinquum	TGTAA\|TGTAA
102	s38	S.propinquum	TGTAA\|TGTAA
103	370	Landrace	TGTAA\|TGTAA
104	377	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
105	392	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
106	394	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
107	40	Improved	TGTAA\|TGTAA
108	42	Improved	TGTAA\|TGTAA
109	43	Improved	TGTAA\|TGTAA
110	45	Improved	TGTAA\|TGTAA
111	47	Improved	TGTAA\|TGTAA
112	48	Improved	TGTAA\|TGTAA
113	51	Improved	TGTAA\|TGTAA
114	53	Improved	TGTAA\|TGTAA
115	56	Improved	TGTAA\|TGTAA
116	61	Improved	TGTAA\|TGTAA
117	62	Improved	TGTAA\|TGTAA
118	66	Landrace	TGTAA\|TGTAA
119	67	Improved	TGTAA\|TGTAA
120	68	Improved	TGTAA\|TGTAA
121	70	Improved	TGTAA\|TGTAA
122	73	Improved	TGTAA\|TGTAA
123	75	Improved	TGTAA\|TGTAA
124	88	Improved	TGTAA\|TGTAA
125	89	Improved	TGTAA\|TGTAA
126	91	Improved	TGTAA\|TGTAA
127	92	Improved	TGTAA\|TGTAA
128	93	Improved	TGTAA\|TGTAA
129	94	Improved	TGTAA\|TGTAA
130	95	Improved	TGTAA\|TGTAA
131	96	Improved	TGTAA\|TGTAA
132	97	Improved	TGTAA\|TGTAA
133	s1	Improved	TGTAA\|TGTAA
134	s36	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
135	s2	Landrace	TGTAA\|TGTAA
136	s3	Improved	TGTAA\|TGTAA
137	s32	Improved	TGTAA\|TGTAA
138	s43	Weedy	TGTAA\|TGTAA
139	s40	Landrace	TGTAA\|TGTAA
140	s41	Weedy	TGTAA\|TGTAA
141	s39	Landrace	TGTAA\|TGTAA
142	s42	Landrace	TGTAA\|TGTAA
143	s47	Improved	N\|N
144	s5	Landrace	TGTAA\|TGTAA
145	GW102	Landrace	TGTAA\|TGTAA
146	GW103	Landrace	TGTAA\|TGTAA
147	GW104	Landrace	N\|N
148	GW105	Landrace	TGTAA\|TGTAA
149	GW16	Landrace	TGTAA\|TGTAA
150	GW2	Landrace	TGTAA\|TGTAA
151	GW34	Landrace	TGTAA\|TGTAA
152	GW37	Landrace	TGTAA\|TGTAA
153	GW58	Landrace	TGTAA\|TGTAA
154	GW59	Landrace	TGTAA\|TGTAA
155	GW9	Landrace	TGTAA\|TGTAA
156	s4	Weedy	TGTAA\|TGTAA
157	s6	Improved	TGTAA\|TGTAA
158	s7	Landrace	TGTAA\|TGTAA
159	s8	Landrace	TGTAA\|TGTAA
160	s9	Landrace	TGTAA\|TGTAA
161	J101	Landrace	TGTAA\|TGTAA
162	J103	Improved	TGTAA\|TGTAA
163	J112	Landrace	TGTAA\|TGTAA
164	J113	Improved	TGTAA\|TGTAA
165	J129	Improved	TGTAA\|TGTAA
166	J130	Improved	TGTAA\|TGTAA
167	J136	Improved	N\|N
168	J152	Improved	TGTAA\|TGTAA
169	J2	Landrace	TGTAA\|TGTAA
170	J20	Landrace	TGTAA\|TGTAA
171	J4	Landrace	TGTAA\|TGTAA
172	J42	Landrace	TGTAA\|TGTAA
173	J44	Landrace	TGTAA\|TGTAA
174	J49	Landrace	TGTAA\|TGTAA
175	J52	Landrace	TGTAA\|TGTAA
176	J53	Landrace	TGTAA\|TGTAA
177	J54	Landrace	TGTAA\|TGTAA
178	J57	Landrace	TGTAA\|TGTAA
179	J59	Landrace	TGTAA\|TGTAA
180	J64	Landrace	TGTAA\|TGTAA
181	J66	Landrace	TGTAA\|TGTAA
182	J67	Landrace	TGTAA\|TGTAA
183	J69	Landrace	TGTAA\|TGTAA
184	J87	Landrace	TGTAA\|TGTAA
185	J99	Landrace	TGTAA\|TGTAA
186	s45	Landrace	TGTAA\|TGTAA
187	s11	Improved	TGTAA\|TGTAA
188	s10	Improved	TGTAA\|TGTAA
189	s46	Improved	TGTAA\|TGTAA
190	s12	Improved	TGTAA\|TGTAA
191	s13	Landrace	TGTAA\|TGTAA
192	MHMD	Landrace	TGTAA\|TGTAA
193	s14	Improved	TGTAA\|TGTAA
194	s15	Improved	TGTAA\|TGTAA
195	s34	Weedy	TGTAA\|TGTAA
196	s33	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
197	s21	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
198	s16	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
199	s44	Improved	TGTAA\|TGTAA
200	s35	Landrace	TGTAA\|TGTAA
201	s31	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
202	s17	Improved	TGTAA\|TGTAA
203	s18	Improved	TGTAA\|TGTAA
204	s20	Improved	TGTAA\|TGTAA
205	s19	Improved	TGTAA\|TGTAA
206	s22	Landrace	TGTAA\|TGTAA
207	s23	Landrace	TGTAA\|TGTAA
208	s24	Landrace	TGTAA\|TGTAA
209	s25	Landrace	TGTAA\|TGTAA
210	s26	Landrace	TGTAA\|TGTAA
211	s27	Landrace	TGTAA\|TGTAA
212	s28	Landrace	TGTAA\|TGTAA
213	s29	Landrace	TGTAA\|TGTAA
214	s30	Landrace	TGTAA\|TGTAA
215	SL25	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
216	SL105	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
217	SL108	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
218	SL109	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
219	SL12	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
220	SL129	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
221	SL130	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
222	SL135	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
223	SL136	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
224	SL137	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
225	SL138	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
226	SL140	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
227	SL141	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
228	SL19	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
229	SL28	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
230	SL32	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
231	SL35	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
232	SL36	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
233	SL37	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
234	SL39	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
235	SL41	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
236	SL43	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
237	SL47	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
238	SL49	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
239	SL51	Wild sorghum	N\|N
240	SL53	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
241	SL62	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
242	SL83	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
243	SL97	Landrace	T\|T
244	s48	Improved	TGTAA\|TGTAA
245	Tu13	Wild sorghum	N\|N
246	Tu14	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
247	Tu30	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
248	Tu5	Wild sorghum	TGTAA\|TGTAA
249	WSC5	Landrace	TGTAA\|TGTAA
250	WSC15	Landrace	TGTAA\|TGTAA
251	WSC19	Landrace	TGTAA\|TGTAA
252	WSC30	Landrace	TGTAA\|TGTAA
253	WSC52	Landrace	TGTAA\|TGTAA
254	WSC6	Landrace	TGTAA\|TGTAA
255	WSC61	Landrace	TGTAA\|TGTAA
256	WSC71	Improved	TGTAA\|TGTAA
257	WSC72	Landrace	TGTAA\|TGTAA
258	WSC79	Landrace	TGTAA\|TGTAA
259	WSC94	Landrace	TGTAA\|TGTAA
260	WSC99	Landrace	TGTAA\|TGTAA
261	WSC100	Landrace	TGTAA\|TGTAA
262	WSC104	Landrace	TGTAA\|TGTAA
263	WSC105	Landrace	TGTAA\|TGTAA
264	WSC12	Landrace	TGTAA\|TGTAA
265	WSC13	Landrace	TGTAA\|TGTAA
266	WSC16	Landrace	TGTAA\|TGTAA
267	WSC17	Landrace	TGTAA\|TGTAA
268	WSC18	Landrace	TGTAA\|TGTAA
269	WSC20	Landrace	TGTAA\|TGTAA
270	WSC24	Landrace	TGTAA\|TGTAA
271	WSC25	Landrace	TGTAA\|TGTAA
272	WSC29	Landrace	TGTAA\|TGTAA
273	WSC31	Landrace	TGTAA\|TGTAA
274	WSC32	Landrace	TGTAA\|TGTAA
275	WSC34	Landrace	TGTAA\|TGTAA
276	WSC38	Landrace	TGTAA\|TGTAA
277	WSC39	Improved	TGTAA\|TGTAA
278	WSC40	Landrace	TGTAA\|TGTAA
279	WSC54	Landrace	TGTAA\|TGTAA
280	WSC56	Landrace	TGTAA\|TGTAA
281	WSC59	Landrace	TGTAA\|TGTAA
282	WSC68	Landrace	TGTAA\|TGTAA
283	WSC70	Landrace	TGTAA\|TGTAA
284	WSC73	Landrace	TGTAA\|TGTAA
285	WSC81	Landrace	TGTAA\|TGTAA
286	WSC85	Improved	TGTAA\|TGTAA
287	WSC91	Landrace	TGTAA\|TGTAA
288	WSC93	Landrace	TGTAA\|TGTAA
289	WSC98	Landrace	TGTAA\|TGTAA

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825319	Sobic.001G000100	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000100.1	mRNA			Sobic.001G000100.1.p
sbi33825319	Sobic.001G000200	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000200.1	mRNA			Sobic.001G000200.1.p

Genome Browser