sorgsd

Variation ID : sbi33825327

Variation Detail

Variation ID	sbi33825327
Type	INDEL
Position	Chr01 8007-8011
Ref /Alleles	TTGGA/ TCTGGA or T
MAF	TCTGGA: 0.021
5' Flank	CCTTCAATGTTGCTGACTTAACACCATTCT
3' Flank	CTATAAGATTTAGAGTCATTGAGGTCGACT

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	TTGGA\|TTGGA
2	103	Improved	TTGGA\|TTGGA
3	107	Improved	TTGGA\|TTGGA
4	11	Improved	TTGGA\|TTGGA
5	110	Improved	TTGGA\|TTGGA
6	123	Landrace	TTGGA\|TTGGA
7	131	Improved	TTGGA\|TTGGA
8	132	Improved	TTGGA\|TTGGA
9	135	Improved	TTGGA\|TTGGA
10	137	Improved	TTGGA\|TTGGA
11	138	Improved	TTGGA\|TTGGA
12	14	Improved	TTGGA\|TTGGA
13	140	Improved	TTGGA\|TTGGA
14	141	Improved	TTGGA\|TTGGA
15	144	Improved	TTGGA\|TTGGA
16	150	Improved	TTGGA\|TTGGA
17	154	Improved	TTGGA\|TTGGA
18	159	Landrace	TTGGA\|TTGGA
19	16	Improved	TTGGA\|TTGGA
20	161	Landrace	TTGGA\|TTGGA
21	167	Improved	TTGGA\|TTGGA
22	168	Improved	TTGGA\|TTGGA
23	170	Improved	TTGGA\|TTGGA
24	173	Improved	TTGGA\|TTGGA
25	175	Improved	TTGGA\|TTGGA
26	176	Improved	TTGGA\|TTGGA
27	182	Landrace	TTGGA\|TTGGA
28	186	Improved	TTGGA\|TTGGA
29	190	Improved	TTGGA\|TTGGA
30	192	Improved	TTGGA\|TTGGA
31	194	Improved	TTGGA\|TTGGA
32	195	Improved	TTGGA\|TTGGA
33	197	Improved	TTGGA\|TTGGA
34	J22	Landrace	TTGGA\|TTGGA
35	J26	Landrace	TTGGA\|TTGGA
36	J5	Landrace	TTGGA\|TTGGA
37	J50	Landrace	TTGGA\|TTGGA
38	2001	Landrace	TTGGA\|TTGGA
39	2005	Improved	TTGGA\|TTGGA
40	2008	Improved	TTGGA\|TTGGA
41	2009	Landrace	TTGGA\|TTGGA
42	201	Improved	TTGGA\|TTGGA
43	2010	Landrace	TTGGA\|TTGGA
44	2016	Improved	TTGGA\|TTGGA
45	2019	Improved	TTGGA\|TTGGA
46	202	Improved	TTGGA\|TTGGA
47	2021	Improved	TTGGA\|TTGGA
48	2023	Improved	TTGGA\|TTGGA
49	2026	Improved	TTGGA\|TTGGA
50	2029	Improved	TTGGA\|TTGGA
51	2030	Landrace	TTGGA\|TTGGA
52	2031	Landrace	TTGGA\|TTGGA
53	2036	Improved	TTGGA\|TTGGA
54	2037	Improved	TTGGA\|TTGGA
55	2038	Improved	TTGGA\|TTGGA
56	2039	Improved	TTGGA\|TTGGA
57	204	Improved	TTGGA\|TTGGA
58	2042	Improved	TTGGA\|TTGGA
59	2043	Improved	TTGGA\|TTGGA
60	2048	Improved	TTGGA\|TTGGA
61	2049	Improved	TTGGA\|TTGGA
62	205	Improved	TTGGA\|TTGGA
63	2050	Improved	TTGGA\|TTGGA
64	2052	Improved	TTGGA\|TTGGA
65	2054	Improved	TTGGA\|TTGGA
66	2056	Improved	N\|N
67	2059	Improved	TTGGA\|TTGGA
68	206	Improved	TTGGA\|TTGGA
69	2064	Improved	TTGGA\|TTGGA
70	2065	Improved	TTGGA\|TTGGA
71	2067	Improved	TTGGA\|TTGGA
72	2068	Improved	TTGGA\|TTGGA
73	2069	Improved	TTGGA\|TTGGA
74	2071	Improved	TTGGA\|TTGGA
75	2074	Improved	TTGGA\|TTGGA
76	2075	Improved	TTGGA\|TTGGA
77	2076	Improved	TTGGA\|TTGGA
78	2080	Improved	TTGGA\|TTGGA
79	2081	Improved	TTGGA\|TTGGA
80	2082	Improved	TTGGA\|TTGGA
81	2086	Improved	TTGGA\|TTGGA
82	2088	Improved	TTGGA\|TTGGA
83	260	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
84	261	Improved	TTGGA\|TTGGA
85	262	Improved	TTGGA\|TTGGA
86	263	Improved	TTGGA\|TTGGA
87	286	Improved	TTGGA\|TTGGA
88	29	Improved	TTGGA\|TTGGA
89	3	Improved	TTGGA\|TTGGA
90	302546	S.propinquum	N\|N
91	31	Improved	TTGGA\|TTGGA
92	32	Improved	TTGGA\|TTGGA
93	34	Improved	TTGGA\|TTGGA
94	346	Landrace	TTGGA\|TTGGA
95	348	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
96	353	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
97	355	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
98	357	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
99	364	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
100	367	Landrace	TTGGA\|TTGGA
101	s37	S.propinquum	TTGGA\|TTGGA
102	s38	S.propinquum	TTGGA\|TTGGA
103	370	Landrace	TTGGA\|TTGGA
104	377	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
105	392	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
106	394	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
107	40	Improved	TTGGA\|TTGGA
108	42	Improved	TTGGA\|TTGGA
109	43	Improved	TTGGA\|TTGGA
110	45	Improved	TTGGA\|TTGGA
111	47	Improved	TTGGA\|TTGGA
112	48	Improved	TTGGA\|TTGGA
113	51	Improved	TTGGA\|TTGGA
114	53	Improved	TTGGA\|TTGGA
115	56	Improved	TTGGA\|TTGGA
116	61	Improved	TTGGA\|TTGGA
117	62	Improved	TTGGA\|TTGGA
118	66	Landrace	TTGGA\|TTGGA
119	67	Improved	TTGGA\|TTGGA
120	68	Improved	TTGGA\|TTGGA
121	70	Improved	TTGGA\|TTGGA
122	73	Improved	TTGGA\|TTGGA
123	75	Improved	TTGGA\|TTGGA
124	88	Improved	TTGGA\|TTGGA
125	89	Improved	TTGGA\|TTGGA
126	91	Improved	TTGGA\|TTGGA
127	92	Improved	TTGGA\|TTGGA
128	93	Improved	TTGGA\|TTGGA
129	94	Improved	TTGGA\|TTGGA
130	95	Improved	TTGGA\|TTGGA
131	96	Improved	TTGGA\|TTGGA
132	97	Improved	TTGGA\|TTGGA
133	s1	Improved	TTGGA\|TTGGA
134	s36	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
135	s2	Landrace	TTGGA\|TCTGGA
136	s3	Improved	TTGGA\|TTGGA
137	s32	Improved	TTGGA\|TTGGA
138	s43	Weedy	TTGGA\|TCTGGA
139	s40	Landrace	TTGGA\|TTGGA
140	s41	Weedy	TTGGA\|TTGGA
141	s39	Landrace	TTGGA\|TTGGA
142	s42	Landrace	TTGGA\|TTGGA
143	s47	Improved	TTGGA\|TTGGA
144	s5	Landrace	TTGGA\|TTGGA
145	GW102	Landrace	TTGGA\|TTGGA
146	GW103	Landrace	TTGGA\|TTGGA
147	GW104	Landrace	TTGGA\|TTGGA
148	GW105	Landrace	TTGGA\|TTGGA
149	GW16	Landrace	N\|N
150	GW2	Landrace	TTGGA\|TTGGA
151	GW34	Landrace	N\|N
152	GW37	Landrace	TTGGA\|TTGGA
153	GW58	Landrace	TTGGA\|TTGGA
154	GW59	Landrace	TTGGA\|TTGGA
155	GW9	Landrace	TTGGA\|TTGGA
156	s4	Weedy	TTGGA\|TCTGGA
157	s6	Improved	TTGGA\|T
158	s7	Landrace	TTGGA\|TTGGA
159	s8	Landrace	TTGGA\|TTGGA
160	s9	Landrace	TTGGA\|TTGGA
161	J101	Landrace	TTGGA\|TTGGA
162	J103	Improved	TTGGA\|TTGGA
163	J112	Landrace	TTGGA\|TTGGA
164	J113	Improved	TTGGA\|TTGGA
165	J129	Improved	TTGGA\|TTGGA
166	J130	Improved	TTGGA\|TTGGA
167	J136	Improved	TTGGA\|TTGGA
168	J152	Improved	TTGGA\|TTGGA
169	J2	Landrace	TTGGA\|TTGGA
170	J20	Landrace	TTGGA\|TTGGA
171	J4	Landrace	TTGGA\|TTGGA
172	J42	Landrace	TTGGA\|TTGGA
173	J44	Landrace	TTGGA\|TTGGA
174	J49	Landrace	TTGGA\|TTGGA
175	J52	Landrace	TTGGA\|TTGGA
176	J53	Landrace	TTGGA\|TTGGA
177	J54	Landrace	TTGGA\|TTGGA
178	J57	Landrace	TTGGA\|TTGGA
179	J59	Landrace	TTGGA\|TTGGA
180	J64	Landrace	TTGGA\|TTGGA
181	J66	Landrace	TTGGA\|TTGGA
182	J67	Landrace	TTGGA\|TTGGA
183	J69	Landrace	TTGGA\|TTGGA
184	J87	Landrace	TTGGA\|TTGGA
185	J99	Landrace	TTGGA\|TTGGA
186	s45	Landrace	TTGGA\|TTGGA
187	s11	Improved	TTGGA\|TCTGGA
188	s10	Improved	TTGGA\|TTGGA
189	s46	Improved	TTGGA\|TTGGA
190	s12	Improved	TTGGA\|TTGGA
191	s13	Landrace	TTGGA\|TTGGA
192	MHMD	Landrace	TTGGA\|TTGGA
193	s14	Improved	TTGGA\|TCTGGA
194	s15	Improved	TTGGA\|TCTGGA
195	s34	Weedy	TTGGA\|TCTGGA
196	s33	Wild sorghum	TTGGA\|TCTGGA
197	s21	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
198	s16	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
199	s44	Improved	TTGGA\|TTGGA
200	s35	Landrace	TTGGA\|TTGGA
201	s31	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
202	s17	Improved	TTGGA\|TTGGA
203	s18	Improved	TTGGA\|TTGGA
204	s20	Improved	TTGGA\|TTGGA
205	s19	Improved	TTGGA\|TTGGA
206	s22	Landrace	TTGGA\|TTGGA
207	s23	Landrace	TTGGA\|TTGGA
208	s24	Landrace	TTGGA\|TTGGA
209	s25	Landrace	TTGGA\|TCTGGA
210	s26	Landrace	TTGGA\|TTGGA
211	s27	Landrace	TTGGA\|TCTGGA
212	s28	Landrace	TTGGA\|TCTGGA
213	s29	Landrace	TTGGA\|TCTGGA
214	s30	Landrace	TTGGA\|TTGGA
215	SL25	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
216	SL105	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
217	SL108	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
218	SL109	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
219	SL12	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
220	SL129	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
221	SL130	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
222	SL135	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
223	SL136	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
224	SL137	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
225	SL138	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
226	SL140	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
227	SL141	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
228	SL19	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
229	SL28	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
230	SL32	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
231	SL35	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
232	SL36	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
233	SL37	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
234	SL39	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
235	SL41	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
236	SL43	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
237	SL47	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
238	SL49	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
239	SL51	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
240	SL53	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
241	SL62	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
242	SL83	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
243	SL97	Landrace	TTGGA\|TTGGA
244	s48	Improved	TTGGA\|TTGGA
245	Tu13	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
246	Tu14	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
247	Tu30	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
248	Tu5	Wild sorghum	TTGGA\|TTGGA
249	WSC5	Landrace	TTGGA\|TTGGA
250	WSC15	Landrace	N\|N
251	WSC19	Landrace	TTGGA\|TTGGA
252	WSC30	Landrace	TTGGA\|TTGGA
253	WSC52	Landrace	TTGGA\|TTGGA
254	WSC6	Landrace	TTGGA\|TTGGA
255	WSC61	Landrace	TTGGA\|TTGGA
256	WSC71	Improved	TTGGA\|TTGGA
257	WSC72	Landrace	TTGGA\|TTGGA
258	WSC79	Landrace	TTGGA\|TTGGA
259	WSC94	Landrace	TTGGA\|TTGGA
260	WSC99	Landrace	TTGGA\|TTGGA
261	WSC100	Landrace	TTGGA\|TTGGA
262	WSC104	Landrace	TTGGA\|TTGGA
263	WSC105	Landrace	TTGGA\|TTGGA
264	WSC12	Landrace	TTGGA\|TTGGA
265	WSC13	Landrace	TTGGA\|TTGGA
266	WSC16	Landrace	TTGGA\|TTGGA
267	WSC17	Landrace	TTGGA\|TTGGA
268	WSC18	Landrace	TTGGA\|TTGGA
269	WSC20	Landrace	TTGGA\|TTGGA
270	WSC24	Landrace	TTGGA\|TTGGA
271	WSC25	Landrace	TTGGA\|TTGGA
272	WSC29	Landrace	TTGGA\|TTGGA
273	WSC31	Landrace	TTGGA\|TTGGA
274	WSC32	Landrace	TTGGA\|TTGGA
275	WSC34	Landrace	TTGGA\|TTGGA
276	WSC38	Landrace	TTGGA\|TTGGA
277	WSC39	Improved	TTGGA\|TTGGA
278	WSC40	Landrace	TTGGA\|TTGGA
279	WSC54	Landrace	TTGGA\|TTGGA
280	WSC56	Landrace	TTGGA\|TTGGA
281	WSC59	Landrace	TTGGA\|TTGGA
282	WSC68	Landrace	TTGGA\|TTGGA
283	WSC70	Landrace	N\|N
284	WSC73	Landrace	TTGGA\|TTGGA
285	WSC81	Landrace	TTGGA\|TTGGA
286	WSC85	Improved	TTGGA\|TTGGA
287	WSC91	Landrace	TTGGA\|TTGGA
288	WSC93	Landrace	TTGGA\|TTGGA
289	WSC98	Landrace	TTGGA\|TTGGA

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825327	Sobic.001G000200	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000200.1	mRNA			Sobic.001G000200.1.p
sbi33825327	Sobic.001G000200	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000200.1	mRNA			Sobic.001G000200.1.p

Genome Browser