Variation ID : sbi33825356

Variation Detail



Variation ID sbi33825356
Type INDEL
Position Chr01 10246-10250
Ref /Alleles ATTGT/ A
MAF A: 0.010
5' Flank CTGGATCGGCAGGTGGAAAAGTAATGGTTG
3' Flank CAGAAGAGTTACCGATGGGTTAAGATGCCG

Individual Alleles

id Sample Id Type Alleles
1 101 Improved ATTGT|ATTGT
2 103 Improved ATTGT|ATTGT
3 107 Improved ATTGT|ATTGT
4 11 Improved ATTGT|ATTGT
5 110 Improved ATTGT|ATTGT
6 123 Landrace ATTGT|ATTGT
7 131 Improved ATTGT|ATTGT
8 132 Improved N|N
9 135 Improved ATTGT|ATTGT
10 137 Improved ATTGT|ATTGT
11 138 Improved ATTGT|ATTGT
12 14 Improved ATTGT|ATTGT
13 140 Improved ATTGT|ATTGT
14 141 Improved ATTGT|ATTGT
15 144 Improved ATTGT|ATTGT
16 150 Improved ATTGT|ATTGT
17 154 Improved N|N
18 159 Landrace ATTGT|ATTGT
19 16 Improved ATTGT|ATTGT
20 161 Landrace ATTGT|ATTGT
21 167 Improved ATTGT|ATTGT
22 168 Improved ATTGT|ATTGT
23 170 Improved ATTGT|ATTGT
24 173 Improved N|N
25 175 Improved ATTGT|ATTGT
26 176 Improved ATTGT|ATTGT
27 182 Landrace N|N
28 186 Improved ATTGT|ATTGT
29 190 Improved ATTGT|ATTGT
30 192 Improved ATTGT|ATTGT
31 194 Improved ATTGT|ATTGT
32 195 Improved N|N
33 197 Improved ATTGT|ATTGT
34 J22 Landrace ATTGT|ATTGT
35 J26 Landrace ATTGT|ATTGT
36 J5 Landrace ATTGT|ATTGT
37 J50 Landrace ATTGT|ATTGT
38 2001 Landrace N|N
39 2005 Improved ATTGT|ATTGT
40 2008 Improved ATTGT|ATTGT
41 2009 Landrace ATTGT|ATTGT
42 201 Improved ATTGT|ATTGT
43 2010 Landrace ATTGT|ATTGT
44 2016 Improved N|N
45 2019 Improved ATTGT|ATTGT
46 202 Improved ATTGT|ATTGT
47 2021 Improved N|N
48 2023 Improved N|N
49 2026 Improved ATTGT|ATTGT
50 2029 Improved ATTGT|ATTGT
51 2030 Landrace ATTGT|ATTGT
52 2031 Landrace ATTGT|ATTGT
53 2036 Improved ATTGT|ATTGT
54 2037 Improved ATTGT|ATTGT
55 2038 Improved ATTGT|ATTGT
56 2039 Improved N|N
57 204 Improved ATTGT|ATTGT
58 2042 Improved ATTGT|ATTGT
59 2043 Improved ATTGT|ATTGT
60 2048 Improved ATTGT|ATTGT
61 2049 Improved ATTGT|ATTGT
62 205 Improved ATTGT|ATTGT
63 2050 Improved N|N
64 2052 Improved ATTGT|ATTGT
65 2054 Improved ATTGT|ATTGT
66 2056 Improved ATTGT|ATTGT
67 2059 Improved ATTGT|ATTGT
68 206 Improved ATTGT|ATTGT
69 2064 Improved N|N
70 2065 Improved ATTGT|ATTGT
71 2067 Improved N|N
72 2068 Improved ATTGT|ATTGT
73 2069 Improved ATTGT|ATTGT
74 2071 Improved ATTGT|ATTGT
75 2074 Improved ATTGT|ATTGT
76 2075 Improved ATTGT|ATTGT
77 2076 Improved ATTGT|ATTGT
78 2080 Improved N|N
79 2081 Improved ATTGT|ATTGT
80 2082 Improved ATTGT|ATTGT
81 2086 Improved N|N
82 2088 Improved ATTGT|ATTGT
83 260 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
84 261 Improved ATTGT|ATTGT
85 262 Improved ATTGT|ATTGT
86 263 Improved ATTGT|ATTGT
87 286 Improved ATTGT|ATTGT
88 29 Improved N|N
89 3 Improved N|N
90 302546 S.propinquum ATTGT|ATTGT
91 31 Improved ATTGT|ATTGT
92 32 Improved ATTGT|ATTGT
93 34 Improved N|N
94 346 Landrace ATTGT|ATTGT
95 348 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
96 353 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
97 355 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
98 357 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
99 364 Wild sorghum N|N
100 367 Landrace ATTGT|ATTGT
101 s37 S.propinquum ATTGT|ATTGT
102 s38 S.propinquum ATTGT|ATTGT
103 370 Landrace ATTGT|ATTGT
104 377 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
105 392 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
106 394 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
107 40 Improved ATTGT|ATTGT
108 42 Improved ATTGT|ATTGT
109 43 Improved ATTGT|ATTGT
110 45 Improved ATTGT|ATTGT
111 47 Improved ATTGT|ATTGT
112 48 Improved ATTGT|ATTGT
113 51 Improved ATTGT|ATTGT
114 53 Improved ATTGT|ATTGT
115 56 Improved ATTGT|ATTGT
116 61 Improved ATTGT|ATTGT
117 62 Improved ATTGT|ATTGT
118 66 Landrace ATTGT|ATTGT
119 67 Improved ATTGT|ATTGT
120 68 Improved ATTGT|ATTGT
121 70 Improved N|N
122 73 Improved ATTGT|ATTGT
123 75 Improved ATTGT|ATTGT
124 88 Improved ATTGT|ATTGT
125 89 Improved ATTGT|ATTGT
126 91 Improved ATTGT|ATTGT
127 92 Improved ATTGT|ATTGT
128 93 Improved ATTGT|ATTGT
129 94 Improved ATTGT|ATTGT
130 95 Improved ATTGT|ATTGT
131 96 Improved ATTGT|ATTGT
132 97 Improved ATTGT|ATTGT
133 s1 Improved ATTGT|ATTGT
134 s36 Wild sorghum N|N
135 s2 Landrace ATTGT|ATTGT
136 s3 Improved ATTGT|ATTGT
137 s32 Improved ATTGT|ATTGT
138 s43 Weedy ATTGT|ATTGT
139 s40 Landrace ATTGT|ATTGT
140 s41 Weedy ATTGT|ATTGT
141 s39 Landrace ATTGT|ATTGT
142 s42 Landrace ATTGT|ATTGT
143 s47 Improved ATTGT|ATTGT
144 s5 Landrace ATTGT|ATTGT
145 GW102 Landrace ATTGT|ATTGT
146 GW103 Landrace ATTGT|ATTGT
147 GW104 Landrace ATTGT|ATTGT
148 GW105 Landrace ATTGT|ATTGT
149 GW16 Landrace N|N
150 GW2 Landrace ATTGT|ATTGT
151 GW34 Landrace ATTGT|ATTGT
152 GW37 Landrace ATTGT|ATTGT
153 GW58 Landrace ATTGT|ATTGT
154 GW59 Landrace ATTGT|ATTGT
155 GW9 Landrace ATTGT|ATTGT
156 s4 Weedy ATTGT|ATTGT
157 s6 Improved ATTGT|ATTGT
158 s7 Landrace ATTGT|ATTGT
159 s8 Landrace ATTGT|ATTGT
160 s9 Landrace ATTGT|ATTGT
161 J101 Landrace N|N
162 J103 Improved ATTGT|ATTGT
163 J112 Landrace ATTGT|ATTGT
164 J113 Improved ATTGT|ATTGT
165 J129 Improved ATTGT|ATTGT
166 J130 Improved ATTGT|ATTGT
167 J136 Improved ATTGT|ATTGT
168 J152 Improved ATTGT|ATTGT
169 J2 Landrace ATTGT|ATTGT
170 J20 Landrace N|N
171 J4 Landrace ATTGT|ATTGT
172 J42 Landrace ATTGT|ATTGT
173 J44 Landrace ATTGT|ATTGT
174 J49 Landrace ATTGT|ATTGT
175 J52 Landrace ATTGT|ATTGT
176 J53 Landrace N|N
177 J54 Landrace ATTGT|ATTGT
178 J57 Landrace ATTGT|ATTGT
179 J59 Landrace ATTGT|ATTGT
180 J64 Landrace ATTGT|ATTGT
181 J66 Landrace ATTGT|ATTGT
182 J67 Landrace ATTGT|ATTGT
183 J69 Landrace ATTGT|ATTGT
184 J87 Landrace N|N
185 J99 Landrace ATTGT|ATTGT
186 s45 Landrace ATTGT|ATTGT
187 s11 Improved ATTGT|ATTGT
188 s10 Improved ATTGT|ATTGT
189 s46 Improved ATTGT|ATTGT
190 s12 Improved ATTGT|ATTGT
191 s13 Landrace ATTGT|ATTGT
192 MHMD Landrace ATTGT|ATTGT
193 s14 Improved ATTGT|ATTGT
194 s15 Improved ATTGT|ATTGT
195 s34 Weedy ATTGT|ATTGT
196 s33 Wild sorghum N|N
197 s21 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
198 s16 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
199 s44 Improved ATTGT|ATTGT
200 s35 Landrace ATTGT|ATTGT
201 s31 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
202 s17 Improved ATTGT|ATTGT
203 s18 Improved ATTGT|ATTGT
204 s20 Improved ATTGT|ATTGT
205 s19 Improved ATTGT|ATTGT
206 s22 Landrace ATTGT|ATTGT
207 s23 Landrace ATTGT|ATTGT
208 s24 Landrace ATTGT|ATTGT
209 s25 Landrace ATTGT|ATTGT
210 s26 Landrace ATTGT|ATTGT
211 s27 Landrace ATTGT|ATTGT
212 s28 Landrace ATTGT|ATTGT
213 s29 Landrace ATTGT|ATTGT
214 s30 Landrace ATTGT|ATTGT
215 SL25 Wild sorghum ATTGT|A
216 SL105 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
217 SL108 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
218 SL109 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
219 SL12 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
220 SL129 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
221 SL130 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
222 SL135 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
223 SL136 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
224 SL137 Wild sorghum ATTGT|A
225 SL138 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
226 SL140 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
227 SL141 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
228 SL19 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
229 SL28 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
230 SL32 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
231 SL35 Wild sorghum ATTGT|A
232 SL36 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
233 SL37 Wild sorghum ATTGT|A
234 SL39 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
235 SL41 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
236 SL43 Wild sorghum N|N
237 SL47 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
238 SL49 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
239 SL51 Wild sorghum ATTGT|A
240 SL53 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
241 SL62 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
242 SL83 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
243 SL97 Landrace ATTGT|ATTGT
244 s48 Improved ATTGT|ATTGT
245 Tu13 Wild sorghum N|N
246 Tu14 Wild sorghum N|N
247 Tu30 Wild sorghum N|N
248 Tu5 Wild sorghum ATTGT|ATTGT
249 WSC5 Landrace ATTGT|ATTGT
250 WSC15 Landrace N|N
251 WSC19 Landrace N|N
252 WSC30 Landrace ATTGT|ATTGT
253 WSC52 Landrace ATTGT|ATTGT
254 WSC6 Landrace ATTGT|ATTGT
255 WSC61 Landrace ATTGT|ATTGT
256 WSC71 Improved ATTGT|ATTGT
257 WSC72 Landrace ATTGT|ATTGT
258 WSC79 Landrace ATTGT|ATTGT
259 WSC94 Landrace ATTGT|ATTGT
260 WSC99 Landrace ATTGT|ATTGT
261 WSC100 Landrace N|N
262 WSC104 Landrace N|N
263 WSC105 Landrace ATTGT|ATTGT
264 WSC12 Landrace ATTGT|ATTGT
265 WSC13 Landrace ATTGT|ATTGT
266 WSC16 Landrace ATTGT|ATTGT
267 WSC17 Landrace ATTGT|ATTGT
268 WSC18 Landrace ATTGT|ATTGT
269 WSC20 Landrace ATTGT|ATTGT
270 WSC24 Landrace ATTGT|ATTGT
271 WSC25 Landrace ATTGT|ATTGT
272 WSC29 Landrace ATTGT|ATTGT
273 WSC31 Landrace ATTGT|ATTGT
274 WSC32 Landrace ATTGT|ATTGT
275 WSC34 Landrace ATTGT|ATTGT
276 WSC38 Landrace ATTGT|ATTGT
277 WSC39 Improved N|N
278 WSC40 Landrace ATTGT|ATTGT
279 WSC54 Landrace N|N
280 WSC56 Landrace ATTGT|ATTGT
281 WSC59 Landrace ATTGT|ATTGT
282 WSC68 Landrace ATTGT|ATTGT
283 WSC70 Landrace ATTGT|ATTGT
284 WSC73 Landrace ATTGT|ATTGT
285 WSC81 Landrace ATTGT|ATTGT
286 WSC85 Improved ATTGT|ATTGT
287 WSC91 Landrace ATTGT|ATTGT
288 WSC93 Landrace ATTGT|ATTGT
289 WSC98 Landrace ATTGT|ATTGT

Alleles Distribution

Gene Annotation



Variation ID Gene Consequence Transcript Type cDNA Source/target codon Protein Name protein pos source/target Amino acid
sbi33825356 Sobic.001G000200 downstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000200.1 mRNA Sobic.001G000200.1.p

Genome Browser