sorgsd

Variation ID : sbi33825401

Variation Detail

Variation ID	sbi33825401
Type	INDEL
Position	Chr01 14968-14971
Ref /Alleles	CAGT/ C
MAF	C: 0.012
5' Flank	CCTCTTGACCAAAAAAAAGAAAAGAAGGAA
3' Flank	TTTCCAGTATAGATGACTAGGTAGCATAAC

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	CAGT\|CAGT
2	103	Improved	CAGT\|CAGT
3	107	Improved	CAGT\|CAGT
4	11	Improved	CAGT\|CAGT
5	110	Improved	CAGT\|CAGT
6	123	Landrace	N\|N
7	131	Improved	CAGT\|CAGT
8	132	Improved	CAGT\|CAGT
9	135	Improved	CAGT\|CAGT
10	137	Improved	CAGT\|CAGT
11	138	Improved	CAGT\|CAGT
12	14	Improved	CAGT\|CAGT
13	140	Improved	CAGT\|CAGT
14	141	Improved	N\|N
15	144	Improved	CAGT\|CAGT
16	150	Improved	CAGT\|CAGT
17	154	Improved	CAGT\|CAGT
18	159	Landrace	CAGT\|CAGT
19	16	Improved	CAGT\|CAGT
20	161	Landrace	CAGT\|CAGT
21	167	Improved	CAGT\|CAGT
22	168	Improved	CAGT\|CAGT
23	170	Improved	CAGT\|CAGT
24	173	Improved	CAGT\|CAGT
25	175	Improved	CAGT\|CAGT
26	176	Improved	CAGT\|CAGT
27	182	Landrace	CAGT\|CAGT
28	186	Improved	N\|N
29	190	Improved	CAGT\|CAGT
30	192	Improved	CAGT\|CAGT
31	194	Improved	CAGT\|CAGT
32	195	Improved	CAGT\|CAGT
33	197	Improved	N\|N
34	J22	Landrace	CAGT\|CAGT
35	J26	Landrace	CAGT\|CAGT
36	J5	Landrace	CAGT\|CAGT
37	J50	Landrace	CAGT\|CAGT
38	2001	Landrace	N\|N
39	2005	Improved	CAGT\|CAGT
40	2008	Improved	N\|N
41	2009	Landrace	N\|N
42	201	Improved	N\|N
43	2010	Landrace	CAGT\|CAGT
44	2016	Improved	N\|N
45	2019	Improved	CAGT\|CAGT
46	202	Improved	CAGT\|CAGT
47	2021	Improved	CAGT\|CAGT
48	2023	Improved	N\|N
49	2026	Improved	CAGT\|CAGT
50	2029	Improved	CAGT\|CAGT
51	2030	Landrace	CAGT\|CAGT
52	2031	Landrace	CAGT\|CAGT
53	2036	Improved	CAGT\|CAGT
54	2037	Improved	CAGT\|CAGT
55	2038	Improved	N\|N
56	2039	Improved	CAGT\|CAGT
57	204	Improved	CAGT\|CAGT
58	2042	Improved	CAGT\|CAGT
59	2043	Improved	CAGT\|CAGT
60	2048	Improved	CAGT\|CAGT
61	2049	Improved	CAGT\|CAGT
62	205	Improved	CAGT\|CAGT
63	2050	Improved	N\|N
64	2052	Improved	CAGT\|CAGT
65	2054	Improved	CAGT\|CAGT
66	2056	Improved	N\|N
67	2059	Improved	CAGT\|CAGT
68	206	Improved	CAGT\|CAGT
69	2064	Improved	CAGT\|CAGT
70	2065	Improved	CAGT\|CAGT
71	2067	Improved	CAGT\|CAGT
72	2068	Improved	CAGT\|CAGT
73	2069	Improved	CAGT\|CAGT
74	2071	Improved	CAGT\|CAGT
75	2074	Improved	N\|N
76	2075	Improved	CAGT\|CAGT
77	2076	Improved	CAGT\|CAGT
78	2080	Improved	N\|N
79	2081	Improved	N\|N
80	2082	Improved	CAGT\|CAGT
81	2086	Improved	CAGT\|CAGT
82	2088	Improved	CAGT\|CAGT
83	260	Wild sorghum	N\|N
84	261	Improved	CAGT\|CAGT
85	262	Improved	CAGT\|CAGT
86	263	Improved	CAGT\|CAGT
87	286	Improved	CAGT\|CAGT
88	29	Improved	CAGT\|CAGT
89	3	Improved	CAGT\|CAGT
90	302546	S.propinquum	CAGT\|CAGT
91	31	Improved	CAGT\|CAGT
92	32	Improved	CAGT\|CAGT
93	34	Improved	CAGT\|CAGT
94	346	Landrace	CAGT\|CAGT
95	348	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
96	353	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
97	355	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
98	357	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
99	364	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
100	367	Landrace	CAGT\|CAGT
101	s37	S.propinquum	CAGT\|CAGT
102	s38	S.propinquum	CAGT\|CAGT
103	370	Landrace	CAGT\|CAGT
104	377	Wild sorghum	N\|N
105	392	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
106	394	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
107	40	Improved	CAGT\|CAGT
108	42	Improved	N\|N
109	43	Improved	CAGT\|CAGT
110	45	Improved	CAGT\|CAGT
111	47	Improved	CAGT\|CAGT
112	48	Improved	CAGT\|CAGT
113	51	Improved	CAGT\|CAGT
114	53	Improved	CAGT\|CAGT
115	56	Improved	CAGT\|CAGT
116	61	Improved	CAGT\|CAGT
117	62	Improved	CAGT\|CAGT
118	66	Landrace	N\|N
119	67	Improved	CAGT\|CAGT
120	68	Improved	CAGT\|CAGT
121	70	Improved	CAGT\|CAGT
122	73	Improved	N\|N
123	75	Improved	CAGT\|CAGT
124	88	Improved	CAGT\|CAGT
125	89	Improved	CAGT\|CAGT
126	91	Improved	CAGT\|CAGT
127	92	Improved	CAGT\|CAGT
128	93	Improved	CAGT\|CAGT
129	94	Improved	CAGT\|CAGT
130	95	Improved	CAGT\|CAGT
131	96	Improved	CAGT\|CAGT
132	97	Improved	CAGT\|CAGT
133	s1	Improved	CAGT\|CAGT
134	s36	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
135	s2	Landrace	CAGT\|CAGT
136	s3	Improved	CAGT\|CAGT
137	s32	Improved	CAGT\|CAGT
138	s43	Weedy	CAGT\|CAGT
139	s40	Landrace	CAGT\|CAGT
140	s41	Weedy	CAGT\|CAGT
141	s39	Landrace	CAGT\|CAGT
142	s42	Landrace	CAGT\|CAGT
143	s47	Improved	CAGT\|CAGT
144	s5	Landrace	CAGT\|CAGT
145	GW102	Landrace	CAGT\|CAGT
146	GW103	Landrace	CAGT\|CAGT
147	GW104	Landrace	CAGT\|CAGT
148	GW105	Landrace	CAGT\|CAGT
149	GW16	Landrace	CAGT\|CAGT
150	GW2	Landrace	CAGT\|CAGT
151	GW34	Landrace	CAGT\|CAGT
152	GW37	Landrace	N\|N
153	GW58	Landrace	CAGT\|CAGT
154	GW59	Landrace	CAGT\|CAGT
155	GW9	Landrace	CAGT\|CAGT
156	s4	Weedy	CAGT\|CAGT
157	s6	Improved	CAGT\|CAGT
158	s7	Landrace	N\|N
159	s8	Landrace	CAGT\|CAGT
160	s9	Landrace	CAGT\|CAGT
161	J101	Landrace	CAGT\|CAGT
162	J103	Improved	N\|N
163	J112	Landrace	C\|C
164	J113	Improved	CAGT\|CAGT
165	J129	Improved	CAGT\|CAGT
166	J130	Improved	CAGT\|CAGT
167	J136	Improved	CAGT\|CAGT
168	J152	Improved	CAGT\|CAGT
169	J2	Landrace	N\|N
170	J20	Landrace	CAGT\|CAGT
171	J4	Landrace	CAGT\|CAGT
172	J42	Landrace	CAGT\|CAGT
173	J44	Landrace	CAGT\|CAGT
174	J49	Landrace	N\|N
175	J52	Landrace	CAGT\|CAGT
176	J53	Landrace	CAGT\|CAGT
177	J54	Landrace	CAGT\|CAGT
178	J57	Landrace	CAGT\|CAGT
179	J59	Landrace	CAGT\|CAGT
180	J64	Landrace	CAGT\|CAGT
181	J66	Landrace	CAGT\|CAGT
182	J67	Landrace	N\|N
183	J69	Landrace	CAGT\|CAGT
184	J87	Landrace	CAGT\|CAGT
185	J99	Landrace	CAGT\|CAGT
186	s45	Landrace	CAGT\|CAGT
187	s11	Improved	CAGT\|CAGT
188	s10	Improved	CAGT\|CAGT
189	s46	Improved	CAGT\|CAGT
190	s12	Improved	CAGT\|CAGT
191	s13	Landrace	CAGT\|CAGT
192	MHMD	Landrace	CAGT\|CAGT
193	s14	Improved	CAGT\|CAGT
194	s15	Improved	CAGT\|CAGT
195	s34	Weedy	C\|C
196	s33	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
197	s21	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
198	s16	Wild sorghum	N\|N
199	s44	Improved	CAGT\|CAGT
200	s35	Landrace	CAGT\|CAGT
201	s31	Wild sorghum	N\|N
202	s17	Improved	CAGT\|CAGT
203	s18	Improved	CAGT\|CAGT
204	s20	Improved	CAGT\|CAGT
205	s19	Improved	CAGT\|CAGT
206	s22	Landrace	CAGT\|CAGT
207	s23	Landrace	CAGT\|CAGT
208	s24	Landrace	C\|C
209	s25	Landrace	CAGT\|CAGT
210	s26	Landrace	CAGT\|CAGT
211	s27	Landrace	CAGT\|CAGT
212	s28	Landrace	CAGT\|CAGT
213	s29	Landrace	CAGT\|CAGT
214	s30	Landrace	CAGT\|CAGT
215	SL25	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
216	SL105	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
217	SL108	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
218	SL109	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
219	SL12	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
220	SL129	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
221	SL130	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
222	SL135	Wild sorghum	N\|N
223	SL136	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
224	SL137	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
225	SL138	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
226	SL140	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
227	SL141	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
228	SL19	Wild sorghum	N\|N
229	SL28	Wild sorghum	N\|N
230	SL32	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
231	SL35	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
232	SL36	Wild sorghum	N\|N
233	SL37	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
234	SL39	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
235	SL41	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
236	SL43	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
237	SL47	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
238	SL49	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
239	SL51	Wild sorghum	N\|N
240	SL53	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
241	SL62	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
242	SL83	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
243	SL97	Landrace	N\|N
244	s48	Improved	CAGT\|CAGT
245	Tu13	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
246	Tu14	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
247	Tu30	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
248	Tu5	Wild sorghum	CAGT\|CAGT
249	WSC5	Landrace	CAGT\|CAGT
250	WSC15	Landrace	CAGT\|CAGT
251	WSC19	Landrace	CAGT\|CAGT
252	WSC30	Landrace	N\|N
253	WSC52	Landrace	CAGT\|CAGT
254	WSC6	Landrace	CAGT\|CAGT
255	WSC61	Landrace	CAGT\|CAGT
256	WSC71	Improved	CAGT\|CAGT
257	WSC72	Landrace	CAGT\|CAGT
258	WSC79	Landrace	CAGT\|CAGT
259	WSC94	Landrace	CAGT\|CAGT
260	WSC99	Landrace	CAGT\|CAGT
261	WSC100	Landrace	CAGT\|CAGT
262	WSC104	Landrace	N\|N
263	WSC105	Landrace	N\|N
264	WSC12	Landrace	CAGT\|CAGT
265	WSC13	Landrace	CAGT\|CAGT
266	WSC16	Landrace	CAGT\|CAGT
267	WSC17	Landrace	CAGT\|CAGT
268	WSC18	Landrace	CAGT\|CAGT
269	WSC20	Landrace	CAGT\|CAGT
270	WSC24	Landrace	CAGT\|CAGT
271	WSC25	Landrace	CAGT\|CAGT
272	WSC29	Landrace	CAGT\|CAGT
273	WSC31	Landrace	CAGT\|CAGT
274	WSC32	Landrace	CAGT\|CAGT
275	WSC34	Landrace	CAGT\|CAGT
276	WSC38	Landrace	CAGT\|CAGT
277	WSC39	Improved	N\|N
278	WSC40	Landrace	CAGT\|CAGT
279	WSC54	Landrace	CAGT\|CAGT
280	WSC56	Landrace	CAGT\|CAGT
281	WSC59	Landrace	CAGT\|CAGT
282	WSC68	Landrace	CAGT\|CAGT
283	WSC70	Landrace	CAGT\|CAGT
284	WSC73	Landrace	CAGT\|CAGT
285	WSC81	Landrace	CAGT\|CAGT
286	WSC85	Improved	CAGT\|CAGT
287	WSC91	Landrace	CAGT\|CAGT
288	WSC93	Landrace	CAGT\|CAGT
289	WSC98	Landrace	CAGT\|CAGT

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825401	Sobic.001G000200	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000200.1	mRNA			Sobic.001G000200.1.p

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