Variation ID : sbi33825413

Variation Detail



Variation ID sbi33825413
Type INDEL
Position Chr01 15872-15875
Ref /Alleles TAGA/ T
MAF T: 0.004
5' Flank TATTGTTTGGTATTTCACCACCCCAAAGTT
3' Flank TGATATATTTAATAGGTGGTCCAAAAGGGG

Individual Alleles

id Sample Id Type Alleles
1 101 Improved N|N
2 103 Improved TAGA|TAGA
3 107 Improved TAGA|TAGA
4 11 Improved TAGA|TAGA
5 110 Improved TAGA|TAGA
6 123 Landrace TAGA|TAGA
7 131 Improved TAGA|TAGA
8 132 Improved TAGA|TAGA
9 135 Improved TAGA|TAGA
10 137 Improved TAGA|TAGA
11 138 Improved TAGA|TAGA
12 14 Improved N|N
13 140 Improved TAGA|TAGA
14 141 Improved TAGA|TAGA
15 144 Improved TAGA|TAGA
16 150 Improved TAGA|TAGA
17 154 Improved TAGA|TAGA
18 159 Landrace N|N
19 16 Improved TAGA|TAGA
20 161 Landrace TAGA|TAGA
21 167 Improved TAGA|TAGA
22 168 Improved TAGA|TAGA
23 170 Improved TAGA|TAGA
24 173 Improved N|N
25 175 Improved TAGA|TAGA
26 176 Improved TAGA|TAGA
27 182 Landrace TAGA|TAGA
28 186 Improved TAGA|TAGA
29 190 Improved TAGA|TAGA
30 192 Improved TAGA|TAGA
31 194 Improved TAGA|TAGA
32 195 Improved TAGA|TAGA
33 197 Improved TAGA|TAGA
34 J22 Landrace TAGA|TAGA
35 J26 Landrace TAGA|TAGA
36 J5 Landrace TAGA|TAGA
37 J50 Landrace TAGA|TAGA
38 2001 Landrace TAGA|TAGA
39 2005 Improved TAGA|TAGA
40 2008 Improved N|N
41 2009 Landrace N|N
42 201 Improved TAGA|TAGA
43 2010 Landrace TAGA|TAGA
44 2016 Improved TAGA|TAGA
45 2019 Improved TAGA|TAGA
46 202 Improved TAGA|TAGA
47 2021 Improved TAGA|TAGA
48 2023 Improved TAGA|TAGA
49 2026 Improved N|N
50 2029 Improved TAGA|TAGA
51 2030 Landrace N|N
52 2031 Landrace TAGA|TAGA
53 2036 Improved TAGA|TAGA
54 2037 Improved TAGA|TAGA
55 2038 Improved N|N
56 2039 Improved TAGA|TAGA
57 204 Improved TAGA|TAGA
58 2042 Improved TAGA|TAGA
59 2043 Improved TAGA|TAGA
60 2048 Improved TAGA|TAGA
61 2049 Improved TAGA|TAGA
62 205 Improved TAGA|TAGA
63 2050 Improved TAGA|TAGA
64 2052 Improved TAGA|TAGA
65 2054 Improved TAGA|TAGA
66 2056 Improved TAGA|TAGA
67 2059 Improved TAGA|TAGA
68 206 Improved TAGA|TAGA
69 2064 Improved TAGA|TAGA
70 2065 Improved TAGA|TAGA
71 2067 Improved TAGA|TAGA
72 2068 Improved N|N
73 2069 Improved TAGA|TAGA
74 2071 Improved TAGA|TAGA
75 2074 Improved TAGA|TAGA
76 2075 Improved TAGA|TAGA
77 2076 Improved TAGA|TAGA
78 2080 Improved TAGA|TAGA
79 2081 Improved TAGA|TAGA
80 2082 Improved TAGA|TAGA
81 2086 Improved TAGA|TAGA
82 2088 Improved TAGA|TAGA
83 260 Wild sorghum N|N
84 261 Improved TAGA|TAGA
85 262 Improved N|N
86 263 Improved TAGA|TAGA
87 286 Improved TAGA|TAGA
88 29 Improved TAGA|TAGA
89 3 Improved TAGA|TAGA
90 302546 S.propinquum TAGA|TAGA
91 31 Improved TAGA|TAGA
92 32 Improved TAGA|TAGA
93 34 Improved TAGA|TAGA
94 346 Landrace TAGA|TAGA
95 348 Wild sorghum TAGA|TAGA
96 353 Wild sorghum TAGA|TAGA
97 355 Wild sorghum TAGA|TAGA
98 357 Wild sorghum TAGA|TAGA
99 364 Wild sorghum TAGA|TAGA
100 367 Landrace TAGA|TAGA
101 s37 S.propinquum TAGA|TAGA
102 s38 S.propinquum TAGA|TAGA
103 370 Landrace TAGA|TAGA
104 377 Wild sorghum TAGA|TAGA
105 392 Wild sorghum TAGA|TAGA
106 394 Wild sorghum TAGA|TAGA
107 40 Improved TAGA|TAGA
108 42 Improved TAGA|TAGA
109 43 Improved TAGA|TAGA
110 45 Improved TAGA|TAGA
111 47 Improved TAGA|TAGA
112 48 Improved TAGA|TAGA
113 51 Improved TAGA|TAGA
114 53 Improved TAGA|TAGA
115 56 Improved TAGA|TAGA
116 61 Improved TAGA|TAGA
117 62 Improved TAGA|TAGA
118 66 Landrace TAGA|TAGA
119 67 Improved TAGA|TAGA
120 68 Improved TAGA|TAGA
121 70 Improved TAGA|TAGA
122 73 Improved TAGA|TAGA
123 75 Improved TAGA|TAGA
124 88 Improved TAGA|TAGA
125 89 Improved TAGA|TAGA
126 91 Improved TAGA|TAGA
127 92 Improved TAGA|TAGA
128 93 Improved TAGA|TAGA
129 94 Improved TAGA|TAGA
130 95 Improved N|N
131 96 Improved TAGA|TAGA
132 97 Improved TAGA|TAGA
133 s1 Improved TAGA|TAGA
134 s36 Wild sorghum TAGA|TAGA
135 s2 Landrace TAGA|TAGA
136 s3 Improved TAGA|TAGA
137 s32 Improved TAGA|TAGA
138 s43 Weedy TAGA|TAGA
139 s40 Landrace TAGA|TAGA
140 s41 Weedy TAGA|TAGA
141 s39 Landrace TAGA|TAGA
142 s42 Landrace TAGA|TAGA
143 s47 Improved TAGA|TAGA
144 s5 Landrace TAGA|TAGA
145 GW102 Landrace TAGA|TAGA
146 GW103 Landrace TAGA|TAGA
147 GW104 Landrace TAGA|TAGA
148 GW105 Landrace TAGA|TAGA
149 GW16 Landrace TAGA|TAGA
150 GW2 Landrace TAGA|TAGA
151 GW34 Landrace N|N
152 GW37 Landrace TAGA|TAGA
153 GW58 Landrace TAGA|TAGA
154 GW59 Landrace TAGA|TAGA
155 GW9 Landrace TAGA|TAGA
156 s4 Weedy TAGA|TAGA
157 s6 Improved TAGA|TAGA
158 s7 Landrace TAGA|TAGA
159 s8 Landrace TAGA|TAGA
160 s9 Landrace TAGA|TAGA
161 J101 Landrace TAGA|TAGA
162 J103 Improved TAGA|TAGA
163 J112 Landrace TAGA|TAGA
164 J113 Improved TAGA|TAGA
165 J129 Improved TAGA|TAGA
166 J130 Improved TAGA|TAGA
167 J136 Improved TAGA|TAGA
168 J152 Improved TAGA|TAGA
169 J2 Landrace TAGA|TAGA
170 J20 Landrace TAGA|TAGA
171 J4 Landrace TAGA|TAGA
172 J42 Landrace TAGA|TAGA
173 J44 Landrace TAGA|TAGA
174 J49 Landrace TAGA|TAGA
175 J52 Landrace TAGA|TAGA
176 J53 Landrace TAGA|TAGA
177 J54 Landrace TAGA|TAGA
178 J57 Landrace TAGA|TAGA
179 J59 Landrace TAGA|TAGA
180 J64 Landrace TAGA|TAGA
181 J66 Landrace TAGA|TAGA
182 J67 Landrace N|N
183 J69 Landrace TAGA|TAGA
184 J87 Landrace TAGA|TAGA
185 J99 Landrace TAGA|TAGA
186 s45 Landrace TAGA|TAGA
187 s11 Improved TAGA|TAGA
188 s10 Improved TAGA|TAGA
189 s46 Improved TAGA|TAGA
190 s12 Improved TAGA|TAGA
191 s13 Landrace TAGA|TAGA
192 MHMD Landrace TAGA|TAGA
193 s14 Improved TAGA|TAGA
194 s15 Improved TAGA|TAGA
195 s34 Weedy TAGA|T
196 s33 Wild sorghum TAGA|TAGA
197 s21 Wild sorghum TAGA|TAGA
198 s16 Wild sorghum TAGA|TAGA
199 s44 Improved TAGA|TAGA
200 s35 Landrace TAGA|TAGA
201 s31 Wild sorghum TAGA|TAGA
202 s17 Improved TAGA|TAGA
203 s18 Improved TAGA|TAGA
204 s20 Improved TAGA|TAGA
205 s19 Improved TAGA|TAGA
206 s22 Landrace TAGA|TAGA
207 s23 Landrace TAGA|TAGA
208 s24 Landrace TAGA|TAGA
209 s25 Landrace TAGA|TAGA
210 s26 Landrace TAGA|TAGA
211 s27 Landrace TAGA|TAGA
212 s28 Landrace TAGA|TAGA
213 s29 Landrace TAGA|TAGA
214 s30 Landrace TAGA|TAGA
215 SL25 Wild sorghum TAGA|TAGA
216 SL105 Wild sorghum TAGA|TAGA
217 SL108 Wild sorghum TAGA|TAGA
218 SL109 Wild sorghum TAGA|TAGA
219 SL12 Wild sorghum TAGA|TAGA
220 SL129 Wild sorghum TAGA|TAGA
221 SL130 Wild sorghum TAGA|TAGA
222 SL135 Wild sorghum TAGA|TAGA
223 SL136 Wild sorghum TAGA|TAGA
224 SL137 Wild sorghum TAGA|TAGA
225 SL138 Wild sorghum TAGA|TAGA
226 SL140 Wild sorghum TAGA|TAGA
227 SL141 Wild sorghum TAGA|TAGA
228 SL19 Wild sorghum TAGA|T
229 SL28 Wild sorghum TAGA|TAGA
230 SL32 Wild sorghum TAGA|TAGA
231 SL35 Wild sorghum TAGA|TAGA
232 SL36 Wild sorghum TAGA|TAGA
233 SL37 Wild sorghum TAGA|TAGA
234 SL39 Wild sorghum TAGA|TAGA
235 SL41 Wild sorghum TAGA|TAGA
236 SL43 Wild sorghum TAGA|TAGA
237 SL47 Wild sorghum TAGA|TAGA
238 SL49 Wild sorghum TAGA|TAGA
239 SL51 Wild sorghum TAGA|TAGA
240 SL53 Wild sorghum TAGA|TAGA
241 SL62 Wild sorghum TAGA|TAGA
242 SL83 Wild sorghum TAGA|TAGA
243 SL97 Landrace TAGA|TAGA
244 s48 Improved TAGA|TAGA
245 Tu13 Wild sorghum TAGA|TAGA
246 Tu14 Wild sorghum TAGA|TAGA
247 Tu30 Wild sorghum TAGA|TAGA
248 Tu5 Wild sorghum TAGA|TAGA
249 WSC5 Landrace TAGA|TAGA
250 WSC15 Landrace TAGA|TAGA
251 WSC19 Landrace TAGA|TAGA
252 WSC30 Landrace TAGA|TAGA
253 WSC52 Landrace TAGA|TAGA
254 WSC6 Landrace TAGA|TAGA
255 WSC61 Landrace TAGA|TAGA
256 WSC71 Improved TAGA|TAGA
257 WSC72 Landrace TAGA|TAGA
258 WSC79 Landrace TAGA|TAGA
259 WSC94 Landrace TAGA|TAGA
260 WSC99 Landrace TAGA|TAGA
261 WSC100 Landrace TAGA|TAGA
262 WSC104 Landrace TAGA|TAGA
263 WSC105 Landrace TAGA|TAGA
264 WSC12 Landrace TAGA|TAGA
265 WSC13 Landrace TAGA|TAGA
266 WSC16 Landrace TAGA|TAGA
267 WSC17 Landrace TAGA|TAGA
268 WSC18 Landrace TAGA|TAGA
269 WSC20 Landrace TAGA|TAGA
270 WSC24 Landrace TAGA|TAGA
271 WSC25 Landrace N|N
272 WSC29 Landrace TAGA|TAGA
273 WSC31 Landrace TAGA|TAGA
274 WSC32 Landrace TAGA|TAGA
275 WSC34 Landrace TAGA|TAGA
276 WSC38 Landrace TAGA|TAGA
277 WSC39 Improved TAGA|TAGA
278 WSC40 Landrace N|N
279 WSC54 Landrace TAGA|TAGA
280 WSC56 Landrace TAGA|TAGA
281 WSC59 Landrace TAGA|TAGA
282 WSC68 Landrace TAGA|TAGA
283 WSC70 Landrace TAGA|TAGA
284 WSC73 Landrace TAGA|TAGA
285 WSC81 Landrace TAGA|TAGA
286 WSC85 Improved TAGA|TAGA
287 WSC91 Landrace TAGA|TAGA
288 WSC93 Landrace TAGA|TAGA
289 WSC98 Landrace TAGA|TAGA

Alleles Distribution

Gene Annotation



Variation ID Gene Consequence Transcript Type cDNA Source/target codon Protein Name protein pos source/target Amino acid
sbi33825413 Sobic.001G000200 upstream gene variant |MODIFIER Sobic.001G000200.1 mRNA Sobic.001G000200.1.p

Genome Browser