sorgsd

Variation ID : sbi33825460

Variation Detail

Variation ID	sbi33825460
Type	INDEL
Position	Chr01 21893-21897
Ref /Alleles	AATGT/ AGT or A
MAF	AGT: 0.251
5' Flank	AGAGTGTAGAATAGCGCTACCTAGAGAGAG
3' Flank	GTGTGTGTGTTTTTTACTCGTACGAGTAGC

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	N\|N
2	103	Improved	N\|N
3	107	Improved	AATGT\|AATGT
4	11	Improved	AATGT\|AATGT
5	110	Improved	AATGT\|AATGT
6	123	Landrace	N\|N
7	131	Improved	AATGT\|AATGT
8	132	Improved	N\|N
9	135	Improved	N\|N
10	137	Improved	AATGT\|AATGT
11	138	Improved	AATGT\|AATGT
12	14	Improved	AATGT\|AATGT
13	140	Improved	AATGT\|AATGT
14	141	Improved	N\|N
15	144	Improved	N\|N
16	150	Improved	N\|N
17	154	Improved	N\|N
18	159	Landrace	AATGT\|AATGT
19	16	Improved	N\|N
20	161	Landrace	AATGT\|AATGT
21	167	Improved	AATGT\|AATGT
22	168	Improved	AATGT\|AATGT
23	170	Improved	AATGT\|AATGT
24	173	Improved	N\|N
25	175	Improved	N\|N
26	176	Improved	AATGT\|AATGT
27	182	Landrace	AGT\|AGT
28	186	Improved	N\|N
29	190	Improved	AATGT\|AATGT
30	192	Improved	AATGT\|AATGT
31	194	Improved	AGT\|AGT
32	195	Improved	AGT\|AGT
33	197	Improved	AGT\|AGT
34	J22	Landrace	N\|N
35	J26	Landrace	AATGT\|AATGT
36	J5	Landrace	AGT\|AGT
37	J50	Landrace	AATGT\|AATGT
38	2001	Landrace	AGT\|AGT
39	2005	Improved	N\|N
40	2008	Improved	AATGT\|AATGT
41	2009	Landrace	N\|N
42	201	Improved	N\|N
43	2010	Landrace	N\|N
44	2016	Improved	N\|N
45	2019	Improved	AATGT\|AATGT
46	202	Improved	AATGT\|AATGT
47	2021	Improved	AGT\|AGT
48	2023	Improved	N\|N
49	2026	Improved	AATGT\|AATGT
50	2029	Improved	AGT\|AGT
51	2030	Landrace	N\|N
52	2031	Landrace	AATGT\|AATGT
53	2036	Improved	AATGT\|AATGT
54	2037	Improved	N\|N
55	2038	Improved	N\|N
56	2039	Improved	AGT\|AGT
57	204	Improved	AATGT\|AATGT
58	2042	Improved	AATGT\|AATGT
59	2043	Improved	AGT\|AGT
60	2048	Improved	AATGT\|AATGT
61	2049	Improved	AATGT\|AATGT
62	205	Improved	N\|N
63	2050	Improved	N\|N
64	2052	Improved	AATGT\|AATGT
65	2054	Improved	N\|N
66	2056	Improved	N\|N
67	2059	Improved	AGT\|AGT
68	206	Improved	AATGT\|AATGT
69	2064	Improved	AGT\|AGT
70	2065	Improved	AATGT\|AATGT
71	2067	Improved	AGT\|AGT
72	2068	Improved	AGT\|AGT
73	2069	Improved	AGT\|AGT
74	2071	Improved	N\|N
75	2074	Improved	AGT\|AGT
76	2075	Improved	N\|N
77	2076	Improved	AATGT\|AATGT
78	2080	Improved	AGT\|AGT
79	2081	Improved	AATGT\|AATGT
80	2082	Improved	AGT\|AGT
81	2086	Improved	AGT\|AGT
82	2088	Improved	AATGT\|AATGT
83	260	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
84	261	Improved	AATGT\|AATGT
85	262	Improved	AATGT\|AATGT
86	263	Improved	AATGT\|AATGT
87	286	Improved	AATGT\|AATGT
88	29	Improved	N\|N
89	3	Improved	AATGT\|AATGT
90	302546	S.propinquum	N\|N
91	31	Improved	AATGT\|AATGT
92	32	Improved	AATGT\|AATGT
93	34	Improved	N\|N
94	346	Landrace	AATGT\|AATGT
95	348	Wild sorghum	AGT\|AGT
96	353	Wild sorghum	AGT\|AGT
97	355	Wild sorghum	AGT\|AGT
98	357	Wild sorghum	AGT\|AGT
99	364	Wild sorghum	N\|N
100	367	Landrace	AATGT\|AATGT
101	s37	S.propinquum	AATGT\|AATGT
102	s38	S.propinquum	AATGT\|AATGT
103	370	Landrace	AATGT\|AATGT
104	377	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
105	392	Wild sorghum	AGT\|AGT
106	394	Wild sorghum	AGT\|AGT
107	40	Improved	AATGT\|AATGT
108	42	Improved	N\|N
109	43	Improved	N\|N
110	45	Improved	N\|N
111	47	Improved	AATGT\|AATGT
112	48	Improved	N\|N
113	51	Improved	N\|N
114	53	Improved	N\|N
115	56	Improved	AATGT\|AATGT
116	61	Improved	AATGT\|AATGT
117	62	Improved	AATGT\|AATGT
118	66	Landrace	AATGT\|AATGT
119	67	Improved	AGT\|AGT
120	68	Improved	AATGT\|AATGT
121	70	Improved	AGT\|AGT
122	73	Improved	AATGT\|AATGT
123	75	Improved	AATGT\|AATGT
124	88	Improved	N\|N
125	89	Improved	AATGT\|AATGT
126	91	Improved	AGT\|AGT
127	92	Improved	N\|N
128	93	Improved	AGT\|AGT
129	94	Improved	N\|N
130	95	Improved	N\|N
131	96	Improved	AATGT\|AATGT
132	97	Improved	N\|N
133	s1	Improved	AATGT\|AATGT
134	s36	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
135	s2	Landrace	AATGT\|AATGT
136	s3	Improved	AATGT\|AATGT
137	s32	Improved	AATGT\|AATGT
138	s43	Weedy	AATGT\|AATGT
139	s40	Landrace	AATGT\|AATGT
140	s41	Weedy	AATGT\|AATGT
141	s39	Landrace	AATGT\|AGT
142	s42	Landrace	N\|N
143	s47	Improved	AATGT\|AATGT
144	s5	Landrace	N\|N
145	GW102	Landrace	AATGT\|AATGT
146	GW103	Landrace	AATGT\|AGT
147	GW104	Landrace	AATGT\|AATGT
148	GW105	Landrace	N\|N
149	GW16	Landrace	AGT\|AGT
150	GW2	Landrace	AATGT\|AATGT
151	GW34	Landrace	N\|N
152	GW37	Landrace	AGT\|AGT
153	GW58	Landrace	N\|N
154	GW59	Landrace	AGT\|AGT
155	GW9	Landrace	AGT\|AGT
156	s4	Weedy	AGT\|AGT
157	s6	Improved	AATGT\|AATGT
158	s7	Landrace	AATGT\|AATGT
159	s8	Landrace	AATGT\|AATGT
160	s9	Landrace	AATGT\|AATGT
161	J101	Landrace	AATGT\|AATGT
162	J103	Improved	AATGT\|AATGT
163	J112	Landrace	N\|N
164	J113	Improved	AATGT\|AATGT
165	J129	Improved	AATGT\|AATGT
166	J130	Improved	AATGT\|AATGT
167	J136	Improved	AATGT\|AATGT
168	J152	Improved	AATGT\|AATGT
169	J2	Landrace	N\|N
170	J20	Landrace	AATGT\|AATGT
171	J4	Landrace	AATGT\|AATGT
172	J42	Landrace	AATGT\|AATGT
173	J44	Landrace	AATGT\|AATGT
174	J49	Landrace	AGT\|AGT
175	J52	Landrace	AATGT\|AATGT
176	J53	Landrace	AGT\|AGT
177	J54	Landrace	AGT\|AGT
178	J57	Landrace	AATGT\|AATGT
179	J59	Landrace	AATGT\|AATGT
180	J64	Landrace	AATGT\|AATGT
181	J66	Landrace	AATGT\|AATGT
182	J67	Landrace	AATGT\|AATGT
183	J69	Landrace	AATGT\|AATGT
184	J87	Landrace	AGT\|AGT
185	J99	Landrace	AATGT\|AATGT
186	s45	Landrace	AATGT\|AATGT
187	s11	Improved	AATGT\|AATGT
188	s10	Improved	AATGT\|AATGT
189	s46	Improved	AATGT\|AATGT
190	s12	Improved	AATGT\|AATGT
191	s13	Landrace	AATGT\|AATGT
192	MHMD	Landrace	N\|N
193	s14	Improved	AATGT\|AATGT
194	s15	Improved	AATGT\|AATGT
195	s34	Weedy	AATGT\|AATGT
196	s33	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
197	s21	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
198	s16	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
199	s44	Improved	AATGT\|AATGT
200	s35	Landrace	AATGT\|AATGT
201	s31	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
202	s17	Improved	AATGT\|AATGT
203	s18	Improved	AATGT\|AATGT
204	s20	Improved	AATGT\|AATGT
205	s19	Improved	AATGT\|AATGT
206	s22	Landrace	AATGT\|AATGT
207	s23	Landrace	N\|N
208	s24	Landrace	AATGT\|AATGT
209	s25	Landrace	AATGT\|AATGT
210	s26	Landrace	N\|N
211	s27	Landrace	AATGT\|AATGT
212	s28	Landrace	AATGT\|AATGT
213	s29	Landrace	AGT\|AGT
214	s30	Landrace	AATGT\|AATGT
215	SL25	Wild sorghum	AGT\|AGT
216	SL105	Wild sorghum	N\|N
217	SL108	Wild sorghum	N\|N
218	SL109	Wild sorghum	AGT\|AGT
219	SL12	Wild sorghum	N\|N
220	SL129	Wild sorghum	N\|N
221	SL130	Wild sorghum	A\|A
222	SL135	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
223	SL136	Wild sorghum	AGT\|AGT
224	SL137	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
225	SL138	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
226	SL140	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
227	SL141	Wild sorghum	N\|N
228	SL19	Wild sorghum	AGT\|AGT
229	SL28	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
230	SL32	Wild sorghum	A\|A
231	SL35	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
232	SL36	Wild sorghum	N\|N
233	SL37	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
234	SL39	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
235	SL41	Wild sorghum	AGT\|AGT
236	SL43	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
237	SL47	Wild sorghum	AATGT\|AGT
238	SL49	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
239	SL51	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
240	SL53	Wild sorghum	AATGT\|AGT
241	SL62	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
242	SL83	Wild sorghum	AATGT\|AATGT
243	SL97	Landrace	N\|N
244	s48	Improved	AATGT\|AATGT
245	Tu13	Wild sorghum	N\|N
246	Tu14	Wild sorghum	N\|N
247	Tu30	Wild sorghum	N\|N
248	Tu5	Wild sorghum	AGT\|AGT
249	WSC5	Landrace	AGT\|AGT
250	WSC15	Landrace	AGT\|AGT
251	WSC19	Landrace	AATGT\|AATGT
252	WSC30	Landrace	AATGT\|AATGT
253	WSC52	Landrace	AATGT\|AATGT
254	WSC6	Landrace	AGT\|AGT
255	WSC61	Landrace	AATGT\|AATGT
256	WSC71	Improved	AATGT\|AATGT
257	WSC72	Landrace	AATGT\|AATGT
258	WSC79	Landrace	N\|N
259	WSC94	Landrace	AATGT\|AATGT
260	WSC99	Landrace	N\|N
261	WSC100	Landrace	N\|N
262	WSC104	Landrace	N\|N
263	WSC105	Landrace	AATGT\|AATGT
264	WSC12	Landrace	AATGT\|AATGT
265	WSC13	Landrace	AATGT\|AATGT
266	WSC16	Landrace	AGT\|AGT
267	WSC17	Landrace	AATGT\|AATGT
268	WSC18	Landrace	AATGT\|AATGT
269	WSC20	Landrace	AATGT\|AATGT
270	WSC24	Landrace	AATGT\|AATGT
271	WSC25	Landrace	AGT\|AGT
272	WSC29	Landrace	N\|N
273	WSC31	Landrace	AATGT\|AATGT
274	WSC32	Landrace	AATGT\|AATGT
275	WSC34	Landrace	AATGT\|AATGT
276	WSC38	Landrace	AATGT\|AATGT
277	WSC39	Improved	AGT\|AGT
278	WSC40	Landrace	AATGT\|AATGT
279	WSC54	Landrace	N\|N
280	WSC56	Landrace	AATGT\|AGT
281	WSC59	Landrace	N\|N
282	WSC68	Landrace	AATGT\|AATGT
283	WSC70	Landrace	AATGT\|AATGT
284	WSC73	Landrace	AATGT\|AATGT
285	WSC81	Landrace	N\|N
286	WSC85	Improved	N\|N
287	WSC91	Landrace	N\|N
288	WSC93	Landrace	N\|N
289	WSC98	Landrace	N\|N

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825460	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.2	mRNA			Sobic.001G000400.2.p
sbi33825460	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.2	mRNA			Sobic.001G000400.2.p
sbi33825460	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.5	mRNA			Sobic.001G000400.5.p
sbi33825460	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.5	mRNA			Sobic.001G000400.5.p
sbi33825460	Sobic.001G000300	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000300.2	mRNA			Sobic.001G000300.2.p
sbi33825460	Sobic.001G000300	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000300.2	mRNA			Sobic.001G000300.2.p
sbi33825460	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.4	mRNA			Sobic.001G000400.4.p
sbi33825460	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.4	mRNA			Sobic.001G000400.4.p
sbi33825460	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.3	mRNA			Sobic.001G000400.3.p
sbi33825460	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.3	mRNA			Sobic.001G000400.3.p
sbi33825460	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.1	mRNA			Sobic.001G000400.1.p
sbi33825460	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.1	mRNA			Sobic.001G000400.1.p
sbi33825460	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.6	mRNA			Sobic.001G000400.6.p
sbi33825460	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.6	mRNA			Sobic.001G000400.6.p

Genome Browser