sorgsd

Variation ID : sbi33825461

Variation Detail

Variation ID	sbi33825461
Type	INDEL
Position	Chr01 21894-21898
Ref /Alleles	ATGTG/ ATG or A or *
MAF	A: 0.130
5' Flank	GAGTGTAGAATAGCGCTACCTAGAGAGAGA
3' Flank	TGTGTGTGTTTTTTACTCGTACGAGTAGCT

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	N\|N
2	103	Improved	A\|A
3	107	Improved	ATGTG\|ATGTG
4	11	Improved	ATG\|ATG
5	110	Improved	ATGTG\|ATGTG
6	123	Landrace	N\|N
7	131	Improved	ATGTG\|ATGTG
8	132	Improved	ATG\|ATG
9	135	Improved	ATG\|ATG
10	137	Improved	ATGTG\|ATGTG
11	138	Improved	ATGTG\|ATGTG
12	14	Improved	ATGTG\|ATGTG
13	140	Improved	ATGTG\|ATGTG
14	141	Improved	N\|N
15	144	Improved	N\|N
16	150	Improved	A\|A
17	154	Improved	N\|N
18	159	Landrace	ATGTG\|ATGTG
19	16	Improved	N\|N
20	161	Landrace	ATGTG\|ATGTG
21	167	Improved	ATGTG\|ATGTG
22	168	Improved	ATGTG\|ATGTG
23	170	Improved	ATGTG\|ATGTG
24	173	Improved	ATG\|ATG
25	175	Improved	A\|A
26	176	Improved	ATGTG\|ATGTG
27	182	Landrace	ATGTG\|ATGTG
28	186	Improved	N\|N
29	190	Improved	ATGTG\|ATGTG
30	192	Improved	ATGTG\|ATGTG
31	194	Improved	ATGTG\|ATGTG
32	195	Improved	ATGTG\|ATGTG
33	197	Improved	ATGTG\|ATGTG
34	J22	Landrace	N\|N
35	J26	Landrace	ATGTG\|ATGTG
36	J5	Landrace	ATGTG\|ATGTG
37	J50	Landrace	ATGTG\|ATGTG
38	2001	Landrace	ATGTG\|ATGTG
39	2005	Improved	N\|N
40	2008	Improved	ATGTG\|ATGTG
41	2009	Landrace	N\|N
42	201	Improved	A\|A
43	2010	Landrace	A\|A
44	2016	Improved	N\|N
45	2019	Improved	ATGTG\|ATGTG
46	202	Improved	ATGTG\|ATGTG
47	2021	Improved	ATGTG\|ATGTG
48	2023	Improved	N\|N
49	2026	Improved	ATGTG\|ATGTG
50	2029	Improved	ATGTG\|ATGTG
51	2030	Landrace	A\|A
52	2031	Landrace	ATGTG\|ATGTG
53	2036	Improved	ATGTG\|ATGTG
54	2037	Improved	A\|A
55	2038	Improved	A\|A
56	2039	Improved	\|
57	204	Improved	ATGTG\|ATGTG
58	2042	Improved	ATGTG\|ATGTG
59	2043	Improved	ATGTG\|ATGTG
60	2048	Improved	ATGTG\|ATGTG
61	2049	Improved	ATGTG\|ATGTG
62	205	Improved	N\|N
63	2050	Improved	ATG\|ATG
64	2052	Improved	ATGTG\|ATGTG
65	2054	Improved	N\|N
66	2056	Improved	N\|N
67	2059	Improved	ATGTG\|ATGTG
68	206	Improved	ATGTG\|ATGTG
69	2064	Improved	ATGTG\|ATGTG
70	2065	Improved	ATGTG\|ATGTG
71	2067	Improved	ATGTG\|ATGTG
72	2068	Improved	ATGTG\|ATGTG
73	2069	Improved	ATGTG\|ATGTG
74	2071	Improved	A\|A
75	2074	Improved	ATGTG\|ATGTG
76	2075	Improved	N\|N
77	2076	Improved	ATGTG\|ATGTG
78	2080	Improved	ATGTG\|ATGTG
79	2081	Improved	ATGTG\|ATGTG
80	2082	Improved	ATGTG\|ATGTG
81	2086	Improved	ATGTG\|ATGTG
82	2088	Improved	ATGTG\|ATGTG
83	260	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
84	261	Improved	ATGTG\|ATGTG
85	262	Improved	N\|N
86	263	Improved	ATGTG\|ATGTG
87	286	Improved	ATGTG\|ATGTG
88	29	Improved	ATG\|ATG
89	3	Improved	ATGTG\|ATGTG
90	302546	S.propinquum	N\|N
91	31	Improved	ATGTG\|ATGTG
92	32	Improved	ATGTG\|ATGTG
93	34	Improved	N\|N
94	346	Landrace	ATGTG\|ATGTG
95	348	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
96	353	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
97	355	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
98	357	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
99	364	Wild sorghum	N\|N
100	367	Landrace	ATGTG\|ATGTG
101	s37	S.propinquum	N\|N
102	s38	S.propinquum	N\|N
103	370	Landrace	ATGTG\|ATGTG
104	377	Wild sorghum	ATG\|ATG
105	392	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
106	394	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
107	40	Improved	ATGTG\|ATG
108	42	Improved	A\|A
109	43	Improved	ATG\|ATG
110	45	Improved	A\|A
111	47	Improved	ATGTG\|ATGTG
112	48	Improved	N\|N
113	51	Improved	A\|A
114	53	Improved	A\|A
115	56	Improved	ATGTG\|ATGTG
116	61	Improved	ATGTG\|ATGTG
117	62	Improved	ATGTG\|ATGTG
118	66	Landrace	ATGTG\|ATGTG
119	67	Improved	ATGTG\|ATGTG
120	68	Improved	ATGTG\|ATGTG
121	70	Improved	ATGTG\|ATGTG
122	73	Improved	ATGTG\|ATGTG
123	75	Improved	ATGTG\|ATGTG
124	88	Improved	A\|A
125	89	Improved	A\|A
126	91	Improved	ATGTG\|ATGTG
127	92	Improved	A\|A
128	93	Improved	ATGTG\|ATGTG
129	94	Improved	A\|A
130	95	Improved	A\|A
131	96	Improved	A\|A
132	97	Improved	A\|A
133	s1	Improved	ATGTG\|ATGTG
134	s36	Wild sorghum	ATG\|ATG
135	s2	Landrace	ATGTG\|ATGTG
136	s3	Improved	ATGTG\|ATGTG
137	s32	Improved	ATGTG\|ATGTG
138	s43	Weedy	ATGTG\|ATGTG
139	s40	Landrace	ATGTG\|ATGTG
140	s41	Weedy	ATGTG\|ATGTG
141	s39	Landrace	ATGTG\|*
142	s42	Landrace	A\|A
143	s47	Improved	ATGTG\|ATGTG
144	s5	Landrace	A\|A
145	GW102	Landrace	ATGTG\|ATGTG
146	GW103	Landrace	ATGTG\|ATGTG
147	GW104	Landrace	ATGTG\|ATGTG
148	GW105	Landrace	ATG\|ATG
149	GW16	Landrace	ATGTG\|ATGTG
150	GW2	Landrace	ATGTG\|ATGTG
151	GW34	Landrace	N\|N
152	GW37	Landrace	ATGTG\|ATGTG
153	GW58	Landrace	ATG\|ATG
154	GW59	Landrace	ATGTG\|ATGTG
155	GW9	Landrace	ATGTG\|ATGTG
156	s4	Weedy	\|
157	s6	Improved	ATGTG\|ATGTG
158	s7	Landrace	ATG\|ATG
159	s8	Landrace	ATGTG\|ATGTG
160	s9	Landrace	ATGTG\|ATGTG
161	J101	Landrace	ATG\|ATG
162	J103	Improved	ATGTG\|ATGTG
163	J112	Landrace	N\|N
164	J113	Improved	ATGTG\|ATGTG
165	J129	Improved	ATGTG\|ATGTG
166	J130	Improved	ATGTG\|ATGTG
167	J136	Improved	ATGTG\|ATGTG
168	J152	Improved	ATGTG\|ATGTG
169	J2	Landrace	N\|N
170	J20	Landrace	ATGTG\|ATGTG
171	J4	Landrace	ATGTG\|ATGTG
172	J42	Landrace	ATGTG\|ATGTG
173	J44	Landrace	ATGTG\|ATGTG
174	J49	Landrace	ATGTG\|ATGTG
175	J52	Landrace	ATGTG\|ATGTG
176	J53	Landrace	ATGTG\|ATGTG
177	J54	Landrace	ATGTG\|ATGTG
178	J57	Landrace	ATGTG\|ATGTG
179	J59	Landrace	ATGTG\|ATGTG
180	J64	Landrace	ATGTG\|ATGTG
181	J66	Landrace	ATGTG\|ATGTG
182	J67	Landrace	ATGTG\|ATGTG
183	J69	Landrace	ATGTG\|ATGTG
184	J87	Landrace	ATGTG\|ATGTG
185	J99	Landrace	ATGTG\|ATGTG
186	s45	Landrace	ATGTG\|ATGTG
187	s11	Improved	ATGTG\|ATGTG
188	s10	Improved	ATGTG\|ATGTG
189	s46	Improved	ATGTG\|ATGTG
190	s12	Improved	ATGTG\|ATGTG
191	s13	Landrace	ATGTG\|ATGTG
192	MHMD	Landrace	A\|A
193	s14	Improved	ATGTG\|ATGTG
194	s15	Improved	ATGTG\|ATGTG
195	s34	Weedy	N\|N
196	s33	Wild sorghum	ATG\|ATG
197	s21	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
198	s16	Wild sorghum	ATGTG\|ATG
199	s44	Improved	ATGTG\|ATGTG
200	s35	Landrace	A\|A
201	s31	Wild sorghum	ATG\|ATG
202	s17	Improved	ATGTG\|ATGTG
203	s18	Improved	ATGTG\|ATGTG
204	s20	Improved	ATGTG\|ATGTG
205	s19	Improved	ATGTG\|ATGTG
206	s22	Landrace	A\|A
207	s23	Landrace	A\|A
208	s24	Landrace	ATGTG\|ATGTG
209	s25	Landrace	ATGTG\|ATGTG
210	s26	Landrace	A\|A
211	s27	Landrace	A\|A
212	s28	Landrace	ATGTG\|ATGTG
213	s29	Landrace	\|
214	s30	Landrace	ATGTG\|ATGTG
215	SL25	Wild sorghum	\|
216	SL105	Wild sorghum	ATG\|ATG
217	SL108	Wild sorghum	ATG\|ATG
218	SL109	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
219	SL12	Wild sorghum	N\|N
220	SL129	Wild sorghum	ATG\|ATG
221	SL130	Wild sorghum	\|
222	SL135	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
223	SL136	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
224	SL137	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
225	SL138	Wild sorghum	ATG\|ATG
226	SL140	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
227	SL141	Wild sorghum	ATG\|ATG
228	SL19	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
229	SL28	Wild sorghum	ATG\|ATG
230	SL32	Wild sorghum	\|
231	SL35	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
232	SL36	Wild sorghum	N\|N
233	SL37	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
234	SL39	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
235	SL41	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
236	SL43	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
237	SL47	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
238	SL49	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
239	SL51	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
240	SL53	Wild sorghum	ATGTG\|ATG
241	SL62	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
242	SL83	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
243	SL97	Landrace	ATG\|ATG
244	s48	Improved	ATGTG\|ATGTG
245	Tu13	Wild sorghum	ATG\|ATG
246	Tu14	Wild sorghum	N\|N
247	Tu30	Wild sorghum	ATG\|ATG
248	Tu5	Wild sorghum	ATGTG\|ATGTG
249	WSC5	Landrace	ATGTG\|ATGTG
250	WSC15	Landrace	ATGTG\|ATGTG
251	WSC19	Landrace	ATGTG\|ATGTG
252	WSC30	Landrace	ATGTG\|ATGTG
253	WSC52	Landrace	ATGTG\|ATGTG
254	WSC6	Landrace	ATGTG\|ATGTG
255	WSC61	Landrace	ATGTG\|ATGTG
256	WSC71	Improved	ATGTG\|ATGTG
257	WSC72	Landrace	ATGTG\|ATGTG
258	WSC79	Landrace	N\|N
259	WSC94	Landrace	ATGTG\|ATGTG
260	WSC99	Landrace	A\|A
261	WSC100	Landrace	ATG\|ATG
262	WSC104	Landrace	ATG\|ATG
263	WSC105	Landrace	ATGTG\|ATGTG
264	WSC12	Landrace	ATGTG\|ATGTG
265	WSC13	Landrace	ATGTG\|ATGTG
266	WSC16	Landrace	ATGTG\|ATGTG
267	WSC17	Landrace	ATGTG\|ATGTG
268	WSC18	Landrace	ATGTG\|ATGTG
269	WSC20	Landrace	ATGTG\|ATGTG
270	WSC24	Landrace	ATGTG\|ATGTG
271	WSC25	Landrace	ATGTG\|ATGTG
272	WSC29	Landrace	ATG\|ATG
273	WSC31	Landrace	ATGTG\|ATGTG
274	WSC32	Landrace	ATG\|ATG
275	WSC34	Landrace	ATGTG\|ATGTG
276	WSC38	Landrace	ATGTG\|ATGTG
277	WSC39	Improved	ATGTG\|ATGTG
278	WSC40	Landrace	ATGTG\|ATGTG
279	WSC54	Landrace	ATG\|ATG
280	WSC56	Landrace	ATGTG\|A
281	WSC59	Landrace	ATG\|ATG
282	WSC68	Landrace	ATGTG\|ATGTG
283	WSC70	Landrace	ATGTG\|ATGTG
284	WSC73	Landrace	ATGTG\|ATGTG
285	WSC81	Landrace	A\|A
286	WSC85	Improved	A\|A
287	WSC91	Landrace	A\|A
288	WSC93	Landrace	A\|A
289	WSC98	Landrace	ATG\|ATG

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825461	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.2	mRNA			Sobic.001G000400.2.p
sbi33825461	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.2	mRNA			Sobic.001G000400.2.p
sbi33825461	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.5	mRNA			Sobic.001G000400.5.p
sbi33825461	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.5	mRNA			Sobic.001G000400.5.p
sbi33825461	Sobic.001G000300	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000300.2	mRNA			Sobic.001G000300.2.p
sbi33825461	Sobic.001G000300	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000300.2	mRNA			Sobic.001G000300.2.p
sbi33825461	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.4	mRNA			Sobic.001G000400.4.p
sbi33825461	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.4	mRNA			Sobic.001G000400.4.p
sbi33825461	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.3	mRNA			Sobic.001G000400.3.p
sbi33825461	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.3	mRNA			Sobic.001G000400.3.p
sbi33825461	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.1	mRNA			Sobic.001G000400.1.p
sbi33825461	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.1	mRNA			Sobic.001G000400.1.p
sbi33825461	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.6	mRNA			Sobic.001G000400.6.p
sbi33825461	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.6	mRNA			Sobic.001G000400.6.p

Genome Browser