sorgsd

Variation ID : sbi33825495

Variation Detail

Variation ID	sbi33825495
Type	INDEL
Position	Chr01 23777-23782
Ref /Alleles	GCCCGC/ G
MAF	G: 0.006
5' Flank	GGAATAGAGCAAGAAGAGAGCGTTGCCGCT
3' Flank	TAGGTGGAAGCGCCGCCATCGGTAAAGTCG

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
2	103	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
3	107	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
4	11	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
5	110	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
6	123	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
7	131	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
8	132	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
9	135	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
10	137	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
11	138	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
12	14	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
13	140	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
14	141	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
15	144	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
16	150	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
17	154	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
18	159	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
19	16	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
20	161	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
21	167	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
22	168	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
23	170	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
24	173	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
25	175	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
26	176	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
27	182	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
28	186	Improved	N\|N
29	190	Improved	N\|N
30	192	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
31	194	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
32	195	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
33	197	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
34	J22	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
35	J26	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
36	J5	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
37	J50	Landrace	N\|N
38	2001	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
39	2005	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
40	2008	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
41	2009	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
42	201	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
43	2010	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
44	2016	Improved	N\|N
45	2019	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
46	202	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
47	2021	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
48	2023	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
49	2026	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
50	2029	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
51	2030	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
52	2031	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
53	2036	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
54	2037	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
55	2038	Improved	N\|N
56	2039	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
57	204	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
58	2042	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
59	2043	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
60	2048	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
61	2049	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
62	205	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
63	2050	Improved	N\|N
64	2052	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
65	2054	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
66	2056	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
67	2059	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
68	206	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
69	2064	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
70	2065	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
71	2067	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
72	2068	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
73	2069	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
74	2071	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
75	2074	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
76	2075	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
77	2076	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
78	2080	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
79	2081	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
80	2082	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
81	2086	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
82	2088	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
83	260	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
84	261	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
85	262	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
86	263	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
87	286	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
88	29	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
89	3	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
90	302546	S.propinquum	N\|N
91	31	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
92	32	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
93	34	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
94	346	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
95	348	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
96	353	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
97	355	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
98	357	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
99	364	Wild sorghum	GCCCGC\|G
100	367	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
101	s37	S.propinquum	N\|N
102	s38	S.propinquum	N\|N
103	370	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
104	377	Wild sorghum	N\|N
105	392	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
106	394	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
107	40	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
108	42	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
109	43	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
110	45	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
111	47	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
112	48	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
113	51	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
114	53	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
115	56	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
116	61	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
117	62	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
118	66	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
119	67	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
120	68	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
121	70	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
122	73	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
123	75	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
124	88	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
125	89	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
126	91	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
127	92	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
128	93	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
129	94	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
130	95	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
131	96	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
132	97	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
133	s1	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
134	s36	Wild sorghum	GCCCGC\|G
135	s2	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
136	s3	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
137	s32	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
138	s43	Weedy	GCCCGC\|GCCCGC
139	s40	Landrace	N\|N
140	s41	Weedy	N\|N
141	s39	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
142	s42	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
143	s47	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
144	s5	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
145	GW102	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
146	GW103	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
147	GW104	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
148	GW105	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
149	GW16	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
150	GW2	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
151	GW34	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
152	GW37	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
153	GW58	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
154	GW59	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
155	GW9	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
156	s4	Weedy	GCCCGC\|GCCCGC
157	s6	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
158	s7	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
159	s8	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
160	s9	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
161	J101	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
162	J103	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
163	J112	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
164	J113	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
165	J129	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
166	J130	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
167	J136	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
168	J152	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
169	J2	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
170	J20	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
171	J4	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
172	J42	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
173	J44	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
174	J49	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
175	J52	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
176	J53	Landrace	N\|N
177	J54	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
178	J57	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
179	J59	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
180	J64	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
181	J66	Landrace	N\|N
182	J67	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
183	J69	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
184	J87	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
185	J99	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
186	s45	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
187	s11	Improved	N\|N
188	s10	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
189	s46	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
190	s12	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
191	s13	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
192	MHMD	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
193	s14	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
194	s15	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
195	s34	Weedy	GCCCGC\|GCCCGC
196	s33	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
197	s21	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
198	s16	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
199	s44	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
200	s35	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
201	s31	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
202	s17	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
203	s18	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
204	s20	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
205	s19	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
206	s22	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
207	s23	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
208	s24	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
209	s25	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
210	s26	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
211	s27	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
212	s28	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
213	s29	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
214	s30	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
215	SL25	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
216	SL105	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
217	SL108	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
218	SL109	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
219	SL12	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
220	SL129	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
221	SL130	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
222	SL135	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
223	SL136	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
224	SL137	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
225	SL138	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
226	SL140	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
227	SL141	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
228	SL19	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
229	SL28	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
230	SL32	Wild sorghum	N\|N
231	SL35	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
232	SL36	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
233	SL37	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
234	SL39	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
235	SL41	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
236	SL43	Wild sorghum	N\|N
237	SL47	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
238	SL49	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
239	SL51	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
240	SL53	Wild sorghum	N\|N
241	SL62	Wild sorghum	GCCCGC\|G
242	SL83	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
243	SL97	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
244	s48	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
245	Tu13	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
246	Tu14	Wild sorghum	N\|N
247	Tu30	Wild sorghum	GCCCGC\|GCCCGC
248	Tu5	Wild sorghum	N\|N
249	WSC5	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
250	WSC15	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
251	WSC19	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
252	WSC30	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
253	WSC52	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
254	WSC6	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
255	WSC61	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
256	WSC71	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
257	WSC72	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
258	WSC79	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
259	WSC94	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
260	WSC99	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
261	WSC100	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
262	WSC104	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
263	WSC105	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
264	WSC12	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
265	WSC13	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
266	WSC16	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
267	WSC17	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
268	WSC18	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
269	WSC20	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
270	WSC24	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
271	WSC25	Landrace	N\|N
272	WSC29	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
273	WSC31	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
274	WSC32	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
275	WSC34	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
276	WSC38	Landrace	N\|N
277	WSC39	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
278	WSC40	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
279	WSC54	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
280	WSC56	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
281	WSC59	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
282	WSC68	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
283	WSC70	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
284	WSC73	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
285	WSC81	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
286	WSC85	Improved	GCCCGC\|GCCCGC
287	WSC91	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
288	WSC93	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC
289	WSC98	Landrace	GCCCGC\|GCCCGC

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825495	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.2	mRNA			Sobic.001G000400.2.p
sbi33825495	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.5	mRNA			Sobic.001G000400.5.p
sbi33825495	Sobic.001G000300	frameshift variant \|HIGH	Sobic.001G000300.2	mRNA	229	GCGG/c	Sobic.001G000300.2.p	77	AG/X
sbi33825495	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.4	mRNA			Sobic.001G000400.4.p
sbi33825495	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.3	mRNA			Sobic.001G000400.3.p
sbi33825495	Sobic.001G000400	downstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.1	mRNA			Sobic.001G000400.1.p
sbi33825495	Sobic.001G000400	intron variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.6	mRNA			Sobic.001G000400.6.p

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