Variation Detail
Variation ID | sbi33825529 |
Type | INDEL |
Position | Chr01 27392-27427 |
Ref /Alleles | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT/ C |
MAF | C: 0.016 |
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Individual Alleles
Sample Id | Type | Alleles |
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s25 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
s26 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
s27 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
s28 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
s29 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
s30 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL25 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL105 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL108 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL109 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL12 | Wild sorghum | C|C |
SL129 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL130 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL135 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL136 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL137 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL138 | Wild sorghum | N|N |
SL140 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL141 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL19 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL28 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL32 | Wild sorghum | C|C |
SL35 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL36 | Wild sorghum | N|N |
SL37 | Wild sorghum | N|N |
SL39 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL41 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL43 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL47 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL49 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL51 | Wild sorghum | N|N |
SL53 | Wild sorghum | C|C |
SL62 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL83 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
SL97 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
s48 | Improved | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
Tu13 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
Tu14 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
Tu30 | Wild sorghum | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
Tu5 | Wild sorghum | N|N |
WSC5 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC15 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC19 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC30 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC52 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC6 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC61 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC71 | Improved | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC72 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC79 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC94 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC99 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC100 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC104 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC105 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC12 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC13 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC16 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
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WSC20 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC24 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
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WSC29 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC31 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
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WSC40 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC54 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC56 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC59 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC68 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC70 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC73 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC81 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC85 | Improved | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC91 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC93 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
WSC98 | Landrace | CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT|CGTGTGCTGCTCAGCAGAGGAAGGAGGTGCTGGTGT |
Alleles Distribution
Gene Annotation
Variation ID | Gene | Consequence | Transcript | Type | cDNA | Source/target codon | Protein Name | protein pos | source/target Amino acid |
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sbi33825529 | Sobic.001G000300 | upstream gene variant |MODIFIER | Sobic.001G000300.2 | mRNA | Sobic.001G000300.2.p | ||||
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sbi33825529 | Sobic.001G000400 | intron variant |MODIFIER | Sobic.001G000400.3 | mRNA | Sobic.001G000400.3.p | ||||
sbi33825529 | Sobic.001G000400 | intron variant |MODIFIER | Sobic.001G000400.1 | mRNA | Sobic.001G000400.1.p | ||||
sbi33825529 | Sobic.001G000400 | intron variant |MODIFIER | Sobic.001G000400.6 | mRNA | Sobic.001G000400.6.p |
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