sorgsd

Variation ID : sbi33825684

Variation Detail

Variation ID	sbi33825684
Type	INDEL
Position	Chr01 45948-45954
Ref /Alleles	AACCTTC/ A
MAF	A: 0.007
5' Flank	AGCGCCCTCCTTCTAAGAAATTAAGATCAA
3' Flank	CCCTTGTATTTTGAAAAATCTAAACCTCCA

Individual Alleles

id	Sample Id	Type	Alleles
1	101	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
2	103	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
3	107	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
4	11	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
5	110	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
6	123	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
7	131	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
8	132	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
9	135	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
10	137	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
11	138	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
12	14	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
13	140	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
14	141	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
15	144	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
16	150	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
17	154	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
18	159	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
19	16	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
20	161	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
21	167	Improved	N\|N
22	168	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
23	170	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
24	173	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
25	175	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
26	176	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
27	182	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
28	186	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
29	190	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
30	192	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
31	194	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
32	195	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
33	197	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
34	J22	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
35	J26	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
36	J5	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
37	J50	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
38	2001	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
39	2005	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
40	2008	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
41	2009	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
42	201	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
43	2010	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
44	2016	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
45	2019	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
46	202	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
47	2021	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
48	2023	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
49	2026	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
50	2029	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
51	2030	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
52	2031	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
53	2036	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
54	2037	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
55	2038	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
56	2039	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
57	204	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
58	2042	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
59	2043	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
60	2048	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
61	2049	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
62	205	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
63	2050	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
64	2052	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
65	2054	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
66	2056	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
67	2059	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
68	206	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
69	2064	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
70	2065	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
71	2067	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
72	2068	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
73	2069	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
74	2071	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
75	2074	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
76	2075	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
77	2076	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
78	2080	Improved	N\|N
79	2081	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
80	2082	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
81	2086	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
82	2088	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
83	260	Wild sorghum	N\|N
84	261	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
85	262	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
86	263	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
87	286	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
88	29	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
89	3	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
90	302546	S.propinquum	N\|N
91	31	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
92	32	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
93	34	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
94	346	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
95	348	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
96	353	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
97	355	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
98	357	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
99	364	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
100	367	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
101	s37	S.propinquum	A\|A
102	s38	S.propinquum	A\|A
103	370	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
104	377	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
105	392	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
106	394	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
107	40	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
108	42	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
109	43	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
110	45	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
111	47	Improved	N\|N
112	48	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
113	51	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
114	53	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
115	56	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
116	61	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
117	62	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
118	66	Landrace	N\|N
119	67	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
120	68	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
121	70	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
122	73	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
123	75	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
124	88	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
125	89	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
126	91	Improved	N\|N
127	92	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
128	93	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
129	94	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
130	95	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
131	96	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
132	97	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
133	s1	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
134	s36	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
135	s2	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
136	s3	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
137	s32	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
138	s43	Weedy	AACCTTC\|AACCTTC
139	s40	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
140	s41	Weedy	AACCTTC\|AACCTTC
141	s39	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
142	s42	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
143	s47	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
144	s5	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
145	GW102	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
146	GW103	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
147	GW104	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
148	GW105	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
149	GW16	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
150	GW2	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
151	GW34	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
152	GW37	Landrace	N\|N
153	GW58	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
154	GW59	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
155	GW9	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
156	s4	Weedy	AACCTTC\|AACCTTC
157	s6	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
158	s7	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
159	s8	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
160	s9	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
161	J101	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
162	J103	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
163	J112	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
164	J113	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
165	J129	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
166	J130	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
167	J136	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
168	J152	Improved	N\|N
169	J2	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
170	J20	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
171	J4	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
172	J42	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
173	J44	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
174	J49	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
175	J52	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
176	J53	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
177	J54	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
178	J57	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
179	J59	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
180	J64	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
181	J66	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
182	J67	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
183	J69	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
184	J87	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
185	J99	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
186	s45	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
187	s11	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
188	s10	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
189	s46	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
190	s12	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
191	s13	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
192	MHMD	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
193	s14	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
194	s15	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
195	s34	Weedy	AACCTTC\|AACCTTC
196	s33	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
197	s21	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
198	s16	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
199	s44	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
200	s35	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
201	s31	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
202	s17	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
203	s18	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
204	s20	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
205	s19	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
206	s22	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
207	s23	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
208	s24	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
209	s25	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
210	s26	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
211	s27	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
212	s28	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
213	s29	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
214	s30	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
215	SL25	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
216	SL105	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
217	SL108	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
218	SL109	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
219	SL12	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
220	SL129	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
221	SL130	Wild sorghum	N\|N
222	SL135	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
223	SL136	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
224	SL137	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
225	SL138	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
226	SL140	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
227	SL141	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
228	SL19	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
229	SL28	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
230	SL32	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
231	SL35	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
232	SL36	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
233	SL37	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
234	SL39	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
235	SL41	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
236	SL43	Wild sorghum	N\|N
237	SL47	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
238	SL49	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
239	SL51	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
240	SL53	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
241	SL62	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
242	SL83	Wild sorghum	N\|N
243	SL97	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
244	s48	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
245	Tu13	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
246	Tu14	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
247	Tu30	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
248	Tu5	Wild sorghum	AACCTTC\|AACCTTC
249	WSC5	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
250	WSC15	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
251	WSC19	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
252	WSC30	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
253	WSC52	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
254	WSC6	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
255	WSC61	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
256	WSC71	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
257	WSC72	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
258	WSC79	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
259	WSC94	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
260	WSC99	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
261	WSC100	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
262	WSC104	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
263	WSC105	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
264	WSC12	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
265	WSC13	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
266	WSC16	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
267	WSC17	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
268	WSC18	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
269	WSC20	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
270	WSC24	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
271	WSC25	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
272	WSC29	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
273	WSC31	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
274	WSC32	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
275	WSC34	Landrace	N\|N
276	WSC38	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
277	WSC39	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
278	WSC40	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
279	WSC54	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
280	WSC56	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
281	WSC59	Landrace	N\|N
282	WSC68	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
283	WSC70	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
284	WSC73	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
285	WSC81	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
286	WSC85	Improved	AACCTTC\|AACCTTC
287	WSC91	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
288	WSC93	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC
289	WSC98	Landrace	AACCTTC\|AACCTTC

Alleles Distribution

Gene Annotation

Variation ID	Gene	Consequence	Transcript	Type	cDNA	Source/target codon	Protein Name	protein pos	source/target Amino acid
sbi33825684	Sobic.001G000400	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.4	mRNA			Sobic.001G000400.4.p
sbi33825684	Sobic.001G000400	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.3	mRNA			Sobic.001G000400.3.p
sbi33825684	Sobic.001G000400	upstream gene variant \|MODIFIER	Sobic.001G000400.1	mRNA			Sobic.001G000400.1.p

Genome Browser