RNA工作流 转录组工作流

mRNA的高通量测序（RNA-seq）已成为在各种物种和条件下测量和比较基因表达水平的标准方法。RNA-seq实验生成非常大的复杂数据集，需要快速，准确和灵活的软件来将原始测序数据减少到可理解的结果。本工作流使用HISAT将测序reads使用转录物的剪接比对方法比对到参考基因组，samtools 软件对比对后bam文件进行排序及比对效率进行统计分析，然后我们使用StringTie对每个基因及转录本的表达值进行定量分析，根据实验设计，使用R语言工具包Ballgown软件进行组间差异分析确定两组之间差异基因，pheatmap对差异基因的表达值生成热图，clusterProfiler对差异基因进行GO和KEGG富集分析，绘制通路富集气泡图。和Ballgown是免费的开放源代码软件工具，可以对RNA-seq实验进行全面分析。本工作流使科学家能够将测序序列与基因组比对，组装包括新颖剪接变体在内的转录本，计算每个样品中这些转录本的丰度，并比较实验以鉴定差异表达的基因和转录本，对这些基因进行功能富集分析，寻找对研究有意义的差异表达基因。