NONHSAT091589

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Transcriptomic Nomeclature

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Function

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Regulation

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Expression

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Allelic Information and Variation

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Evolution

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Labs working on this lncRNA

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References

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Basic Information

Transcript ID

NONHSAT091589

Source

NONCODE4.0

Same with

,

Classification

intronic(S)

Length

5038 nt

Genomic location

chr3-:124965120..124970132

Exon number

2

Exons

124965120..124969707,124969714..124970132

Genome context

Sequence
000001 AAAAGAGAAA ACTAATTTGT GGTATTAGAA GCCTGGATAG TGGTTATTTT TGAGAAGTTA GACATGCTGA TCAGGTGAGG 000080
000081 CTTCAAGAGG CACTTAGGAA GTGCTCATAA TGTTCTATTT CTTGATTATG AGTGCTGGTT ACGTGAGTTG ATGGACTTTG 000160
000161 TGGAAATTTA ATGAGCTATG ATTATGATTT ATTTACTTTT CTCTATGACT GTTACACTCT AGTAAAAAGT TTGCCTAAAA 000240
000241 TAAGAAAGTA GCAAAGAAAG AAATAATGAG AAGGGTTAGA CGAAATAAAA TTTGCTGATT ATTGGTAATT ATTGAAGCTG 000320
000321 GGTGATAAGC GAGGGATCTT TATGTGTTCT CTACTTTTGT GTATGTTTGA AAAGATCCAT AATGATAATT AAGATAAACT 000400
000401 ATAGGAATAG AAAGCAGACA ATTTGTTCCT GGATGGGGAT GACAGAGAGG AGCAGGAGAA AGGAAATATA GAGAATAAAA 000480
000481 GGAAATTTTG TGGTTTAAGA TAAATATATT GTCTTGATTG TGATGATGCT TTCAGAACTA ACCAAATAGT CAAATAATGC 000560
000561 AAAAAACAAA AACAAACAAA AAACCCCAGA AAACTTAGGT TCAACTTATT CCAACTGCTG TCATCTACCT GGAAGAAGAC 000640
000641 CAGACACTAG TAACAACTTA ATACTTGCTA AATGAATTAA TGACTGGGGT GCCATTTGGC ATATTATTGG TCTACATTTT 000720
000721 TTTTAACTAT AGAAAATATT GAGCATGAGT TTCTTACAGG TAAGTTACAG ATTATTTGAA AGAAGTATGT ACATGTAATC 000800
000801 AGAGGTCCAC ACTCAGGGAT GCTCTGAGAT AAGCTATGTC AGATGAATAA GGCACTGAAG CAGCTTTTCT GGAGATGAAA 000880
000881 GGCAGCCAGC CAGCGTTGAT TCCCAGGCTT GGTTTATTAG CATCATGACC TGGGCAAAAC TTTCATCACC TGGTGAGGAT 000960
000961 AATTTATTCC TCTCCCTAGC CTCATCAAGG TATAATTGAC AAATGGAAAT TGTATATATT TAAGGTATAC AACATGATAT 001040
001041 ATGTATACAT TGTGAAGTGA TTGCCACAGT CAAACTAATG AACATAACCA TCACTTCACA TAACGATCTT TTGTGTGTGT 001120
001121 GGTGAGAACG CTTAAGATTT ACTCTCAACA ATTCCATGTT TACAAATTAT TAACTATAGG TCCCATGCTA TATATCTCCA 001200
001201 GAACTAACTC ATCTTACAAC TGAAAGTTTG TAACCTTTGA CCAAAATCCT CCCATTCCCC CTTACCATAG CTCCTGGTGA 001280
001281 CTATTATTCT ACTCTGTTTT TTTAATTCTG CCTCTTTAGA TTCCACCTAT AAATGAGATC ATGCATGTTT GTCTCTCTGT 001360
001361 GTCTGGCTTA TTTCAACTAA TATAATGTCC TCCAGATTCA TCCACATTGT CACAAATGAC AGGCTTTCCT TTTTTAAGCT 001440
001441 GAATAATATT TCATTATGTA CACACACACC CCCCACATTT TCTTTATCCA TTCATCCATT GACAGATGCT TGGGTTGTTT 001520
001521 CTATATCTTG GCTATTGTGA ATAATGCTAC AGTGAATGTT CAGATATCTC TTTAAGATAA TGATTTCAGT TCCTTTGGAT 001600
001601 ATATAGCCAG AAATGAAATT ACTGGATCAT ATGGTAGTTC TATTTTTAGT TTTTTTTTGT TTTTTTAGGA ACCTCCATAC 001680
001681 TGTTTTCCAT AATGGCTCTG TCAGTTTACA ATCTCGGCAG CAGTGTGCAG TGGTTTCTTT TCTTCACAGC TTCACCAACA 001760
001761 CTTGTTATCA TTTGACTTTT TGATAATAGC CATCCTAACA GGTTTGAGAT GACATCTCAT GCTTTTGACT TGCATTTCCC 001840
001841 TGATGATTTG TGATGTTGAG TACATTTTTA TATGCCTGTT GGAAAAATGT GTGGTCTTCT TTGGAAAAAT GTATATTCAG 001920
001921 GTCCTTTGCC CATTTTAAAA GTAGGCTATT TGTAGGTTTT TGCTATTGAG TTGTATGAGT TCCTTTTGCA TTTTGGATAT 002000
002001 TAGCTTTTCT TGATGAATAT ATGGCTTGCA AATGTTTTTT CCCATTCCAT AGGTTATCTT TTCATTTTGT TGAGCATGTT 002080
002081 GAAACTTTTC AGTTTGACGT CCTACTCATT TATTTTTGCT TTATTTGCTT ATGGTTTTGT TGTCATATCT ACAAAATCAT 002160
002161 TACCAAGACC CATGTCAAGG AGCTTTCTCC CATGCTTTCT TCAAGGATTT TTATGGTTTC AGGTCTTATG TTTAAGTCTT 002240
002241 TAATCCTTTT TGAGTTGTTT TTTCGTGTAT GGTGTACAAG AATAGAGATT TAAGCTTTAA AGAGAGAAAT AAGACAGGTA 002320
002321 TTCTAGATTG AAATGCAAAT TACACCTGCA TTTTTAAGAT GACACTTTAA GAAATAGACC TCTTGCAGCA GAACACTTCG 002400
002401 TGTTCCTGGA ACCTGTAGTG CTTGTTTATT CTTTTTAGAT ATTTAATTGA CAGCCAAATC CAGAAGAGAT AGCTGCTGAA 002480
002481 TTTGTCACTA ATTCTGAGTC TGATTCTCTC GTTTCTTTGC ATAAAAGTAG TGTTAATGCT CTGTGCTCAA ATTAGAGCAC 002560
002561 CTAAACCATG TTTCTGAAAT ACAGTGTATA TGAAATTAAA GTGTAAGTTG CAGCTAGTAT AAAAAAAGCA AATCATTTTA 002640
002641 TTGTGGCAGA ATAATAGTGA CATCGTATGG GTGGGCAAAA AGCCACAGGA CCCTGATTAG GAAAATGATT TTAGTCATGA 002720
002721 AAAAAGTATG CTTTCTGAGA GAATGGTCCT TCATCTTTTA TACCCTAGTT AATTTTTTTA AAGGGAAGAA AGCCGATGTG 002800
002801 CATTTTTACA GTTTTATATG AAGAGTAAGC TGATGATGGG TTTCTTTTAA GGGGACTCAA CATAGAGTTA TCAGATTTGG 002880
002881 TAAGTCCATT ATGGGCTTAA TGTAGCCTTC ACTGCTGAGC TCTTATTATA GGGCACTTGT TTTCAGGAGG TAGCTGGAAA 002960
002961 TTGGGGGGCT TATATCAAGT TCAGAAATAG ACATGACTAA TTTAAAATGT TAGAAGTCAG GATACTTTTT AGTAAACATT 003040
003041 GTTTTTAAAA ATCTGTTGTA CGTTTTGGGA TTCTAACTCA TTTGTGTTTG GTAAGAATTC ACTGGTGCCT ACATATCCAG 003120
003121 CCATTTTACT AATTTTACAT ACGTCATATT TAGATGGTGT TTACAGTAAC TGCTGTTGCT TTAATTTAGG TCTTGTACTG 003200
003201 CATAGGTGCC ATCATTGGAA CATCAATTAT TTAGTGTTAA TATGCTTAGA TGCTAGTACC AGTTGTGTAC CGAGTGTATA 003280
003281 ACTGGCTGAT AGAAAAGTGA GATGTGGAAG TGTCATAAAT ATATGGTGTT CAGCTTATTT TGGAATTAGG ACAATGGTTT 003360
003361 TTTTGTTTTG TTTTGTATTT TTCATGTATA CTTCCTAGAT CAACTCTCAG ATCTTTAATT TGTGCATAGG GCTTCCTGAG 003440
003441 GATGTTGCTC TTACTAGAGG TAATTGATCA GTTTTCATTG ATGGCTCCCT CATAAAGTGG AAGTTTAAAA CCTAATCTGT 003520
003521 GGAAGCCACG AAACAGTTTC CCTCAGCCAG TCATGGTGGC TCACACATGT AATCCCAGCA CTTTGGGAGG GCGAGACAGG 003600
003601 CAGATCACCT GAGGTCAGGA GTTTGAGACC AGCTGGGCAA CATGGTGAAA CCCTGTCTCT ACTAAAAATA CAAAAATTAG 003680
003681 CCTGGCCTGG TGGTACGTGC CTGTAATCCC AGCTACTCAG GAGGCTGAGG CATGAGAATC GCTTGAACCT CAGGAGGCAG 003760
003761 AGGTTGTGGT GAGCTGAGGT TGCGCCACTG CACTCTAGCC TGGTTGACAG AGTGAGACTC TGTCTCAAAA AAAAAAGTTT 003840
003841 TCCTGCTCTC ATTTGCTGTT TCATCCTAAG AAACTTGAGA AATAGACTAC TTTAAATATT ACAGTGTATA TAAATGTGTA 003920
003921 ATTTCATAAC TCTGCAAAAG AAAACCCAGA AAAAATAATT TTTTAAACTT TCTTTTTGGG GAGGGAGGAG TTAGTGACCC 004000
004001 CAATCTGTTA TTTTACAAAA TGGGCAAACA TTGCCAATCT TTCTGAAGTT TGAAATGCAG AATTTGAAGT TTCTCACTGC 004080
004081 CCTGCGTTCT AGGGAAAGAA AACCATTCTA TACTAGAAAG GTGTTATTTA AAAAGTTTGA TACCCAGAAA AATTAATTAT 004160
004161 TTCATTAGTT ACCATAATGC CTGTGAGTTT TTTGCCGCTT TGATTTAACT GACATTGACA TGTCTTTGTG TTAGTGTTGC 004240
004241 AGCTTCTCAG TTTTTATATT CTACTTCATT GGTTGTAATT TAGTCTCAGA TGATTTCCTA TAGGATGTAA TTTCCTGCAT 004320
004321 AGTATATGGG TTCTACTTAG CCTGATAAAT GATCTTTCCA ACCTCCTGGA AGCACTATAT GCCAAAGATA TTCTGATATT 004400
004401 TTCTAAAGTT TTAAGGAAAA TTATTGGGTA TGTAGTTATT AGTCCATGGA TTTATTTTAG TAATTGTCAT TGTTTCACCT 004480
004481 TTTCTCAAGT TTATTGTTCA GCTTAAGGAT ATTTTCATTT AGGATATATA GCCCAGACAC TGGGTTATAA TTATAATCAA 004560
004561 TATGTAAGTA TGGTTATAAT TATAATCAGT ATGTACGTAT AATCAATATG TAAGTAATCA TTTGTTATCA ACCTCCTCAT 004640
004641 TCCTGTTCTT AATAGCTAAC ATTTTTTGAG CTGTTATACT ACTGTGCTAG GCTTCTTTCT TAAATTCCTA CTTCACATTA 004720
004721 ATTATCTCAT TTAACATTTG GCTCTGAGGT ATATTCTATT AATATTTCCA TTTTGCAGAT GAGAATATAA AGTCGTAGAA 004800
004801 GTTTAAATAC ATGCTTATTT CTCACAGTAA GAAATGCTGA GACCAGCATT AAAACTCAGC TCATCTGGCT GTAGAACCTG 004880
004881 TACTCTTAAG TACTATTTTA TGTTGCATCA CATAATGGTA CATGATCTTT TTTTGGTTAG TGTAATAGTT ATGATGCTTG 004960
004961 AAAATTTTAT TGTCTACCCT TTGTAATTTA TTAAATATGG ATGTTTCCAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAA
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Predicted Small Protein

Name NONHSAT091589_smProtein_2012:2242
Length 77
Molecular weight 8784.5265
Aromaticity 0.210526315789
Instability index 43.0105263158
Isoelectric point 9.59112548828
Runs 10
Runs residual 0.00983061101028
Runs probability 0.0310722487194
Amino acid sequence MNIWLANVFSHSIGYLFILLSMLKLFSLTSYSFIFALFAYGFVVISTKSLPRPMSRSFLP
CFLQGFLWFQVLCLSL
Secondary structure LLEEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLHHHHHHHHHHLLEEEEELLLLLLLLLLLHHH
HHHHHHHHHHHHHHLL
PRMN LLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLHH
HHHHHHHHHHHHHHHH
PiMo ooooooooooTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiTT
TTTTTTTTTTTTTTTT