NONHSAT129263
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Allelic Information and Variation
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Evolution
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Labs working on this lncRNA
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References
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Basic Information
Transcript ID |
NONHSAT129263 |
Source |
NONCODE4.0 |
Same with |
, |
Classification |
intergenic |
Length |
16901 nt |
Genomic location |
chr8+:135795862..135812762 |
Exon number |
1 |
Exons |
135795862..135812762 |
Genome context |
|
Sequence |
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cacttccttt gtcagttcct ggtagataat tgcaaggtaa 001680 001681 gtaccttcca cgtctgtggc tggccctcta atattcagtg tcttttgtca tacttaagtt tctagtttta atatagtcag 001760 001761 atgtgtgact ctttttcttc atggttccca ctttgagtca catccaacaa ctccttcctt acattggttc aaattttcct 001840 001841 gtattacctt ctaaaatatt taaaatggta ttcccgcccc ctcccccctc cgccacattt aggtctttaa tctaccagtt 001920 001921 tttaaaaata tggtgtgaga agggtatata attttttcac atacagacat gcaattgtcc tagtgccatt tattgaaaag 002000 002001 ttactaattt ctccactgtg tcacgtatca agttctcatg tatctgtttc tgtaccatag atttacatgt ctatcctggc 002080 002081 atcacaaggg ctgtgttatc actatagttt tataagccct actgtctttt atgataggta ctcccctatt tttcctgttt 002160 002161 aaaaaaaaaa aatctcagct ttgtctttcc acattcaggt taggttgatt aaattccata aaaagttttg ttgagaattt 002240 002241 gattggaact tcagtgaatt tatagatttg gagagaactg gtactttaat gcactgattt ttcccattct ctaacataga 002320 002321 atactgctcc attcatttta gtctacttct acaaaatctt gcatattttt attggatgta ttattaggtc cccttagagt 002400 002401 tttaattgtg aatgaaattc 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attacataat ttcagagtag ttgcgggttt 004800 004801 ctctaatcat cttttttact gttttctagt ttaattccac tgtgttagag aatgtaagat gaatgctttt gatcttttga 004880 004881 gattattggt ttgctttatg actcaaaata gggtaaattt tgataaattt acttgaagaa aatgtgaatt atgtttttta 004960 004961 aatcaagtat tcatatatgt aaagttcaga tcctctgcat ctgatttttt gggggtaggg tccggatagt ctatcagcta 005040 005041 tggaaaaagc tgcataagcc tccagctatg gttagacact tacctatttc tcttcttata tgtcattcgt gctttatgta 005120 005121 tttcaaatct gttttcaaca catacagatt taggatcttt atgtgttttg ggtgaattaa ttccttcatc attataaaat 005200 005201 gtccctcttt atctctggta atgctttttg ccttaaatct cattgcctga caataccaca ttcaaactgt ttttatttgg 005280 005281 tttgctgtgt ttttttttcc ctatgccatt tacattcaac ctttttgtgt ggccttgtat ttaaagtatg cctcttgtaa 005360 005361 gcaacatgta gtAGGGAATT TTCAGCCTGA TAAATTTTTA AACTTAATTC AACTAATGAC TCATTTAAAG TATTTGGGTT 005440 005441 TCTATTTTGC AACTTTAAat ttgacccatt tgttttatgt cccttttcta ttcttgcctt cttttaaatg cttttgtctc 005520 005521 cattaaattg ttaggtatac attctattag 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tggatacccc tataatgaaa aaaagttaac 011840 011841 aagtataaca gttattacat gcatgtgtgt gcacaggagt catacaaaat gtgaaaactc aaagagccga tagatggctg 011920 011921 acacttaagt atcattttca ttggggaaag agggggagct gtaaataaat gggccggaag atcagacaat ggtttgtaaa 012000 012001 tgattccctt tgggaactaa atgggactgg agaacagata atagattggg acaggtcatc tgggctccag gtgtggtgtt 012080 012081 taatttttag tctcttcctc tgtgatataa gttttaatct ctggttaata aaattacagg gatggaatcg caggcaactg 012160 012161 tgttcctctt taaggtccag tttctaggta aataagggaa ctttggtgaa cagcctcatc ttgtgctttg ggagagacag 012240 012241 gatttgggtg aggagagctg gagaaggcca agaggccttg aggctgcttc tttaattcag catgtcaaag ccccatattt 012320 012321 tggggtattg atttctgaac cttaacgtaa tgaagcctcc acagaaactc agaaggacag ggttcgaatg agcttcgaga 012400 012401 cagctgaaca catgaactga ctattcccag agggtggtgc acctggagaa ggcacagaag ctccgtgacc cttctcagta 012480 012481 tcttgcctat gctccttgtc tttctggcag ttcatgtgta tccttcataa tatcctttat aataaatggg taaatgtaaa 012560 012561 taaagtgttt ccctgaattc tgtgagctgc tctagcaaat taatcacact tgaggagggg gacctctagc cagttggtca 012640 012641 gaatcacaaa ccgctaactg cttgtgactg acatctgaag taaggggtag tcttgtagga ctgagccctc cacttgcggg 012720 012721 atctgacact atctcccagt agataatgtc agaattgaac tgaattagag gacacctggc tggtatccac tggagaatct 012800 012801 gcagtaaaga actgctggtt gttggtggag agaaatcccc acacacattt ggtgagagaa gtgttgagtg gaatgtgaga 012880 012881 ggagaaagca cttctggttt tttcctTTAT CTCTAATAAT GTTCCTTCTC CTGCATTGCA CTGCCTCCTT AGGAAGCACC 012960 012961 AGGAATAAGA AAGGACATCT GCTTTTCACA TGTGTCACTT GACAGACTTG TCATGATGAT GGGTTAATAA AGAGACTAAA 013040 013041 GAAAACCATT ACAAAAAAAA AATCTGAAAT TTACTTTGGC CACAAAGATG AATAGCAGTT GGACATTCTT GACAACTGCT 013120 013121 TCTACTTTAG GTCTAGTGAC TATGAAGCAC AAAGATTCTC CACATATCat taataaataa atatatatat GTATGCAAGC 013200 013201 ATGTATTAAC TTTGCTTAAT GTTTTAGTTT AATCTGATAT TAATTTCTAT ATGTTAAAAG TTCATTTATC ATCCATGTAA 013280 013281 CATAGTCTTC TGCACATCTA ATCATGACAT TGTATCAGTG ACATAGTCTG GTCACTGCAT TTAATACAAA TACTGATTTG 013360 013361 AAGAATTTAT 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014160 014161 GTGAAATTGT TGTTTTATAA TGTACTAGTA GCTTTGAGAA Gaattaaaat taaaaaaata aaaataCCTT TACATTTTAA 014240 014241 CCTGGAATTT AAAACAAGAA TATTTCTAGA TTTAAAAAAC CTCTCAATAT GAAGTCATTA TCAATGAAGA GGTTAGTTGA 014320 014321 TTATAATATT GCATAATATG TTGCACTGAG TAACACTTTT GACATTTACT AAAAAAAAAA CACATTAAAA AAAGTGGAAA 014400 014401 TGAACATAAC TAAAAGATAA ACTCTATTAT ATATTACAGA TTCCCCCCAT CTTGACTGAC ATTTTTCAAT TACTGAAGTC 014480 014481 TACAGGAGAC ATTTAGAACC ATAACATTTT CCTATTGGAA ATCGATGACA AGAGAAATAA ATCATAAACA GGGGAGAAGC 014560 014561 TAAATAATTC ATGCCAAATG CTCACCAAAT AATTATAAGA TACCAAATCT TCAAAATTCA CAGAAAAAAG TTCAAGTTTA 014640 014641 ATTTCAGAAC ATATCCCAAA ATTATCAAAG ACATCCAATT TTACATTATG TTATCTATTA ATACCAAATG GCAATATGGT 014720 014721 AAACAAGAGG GGAAAACTGA GACATTTTAA CATATATCCA GATTTCATAA CATTTAAAAC TGATAAGCAC ACATTAATCA 014800 014801 GAAAATATGT GATTAGAATA TATTTACTAA AATTCTGTAA CAATTCTAAT AAATATACAG TGTTTTAAAA AATGAAGGCA 014880 014881 TGTACCTTCC TGTAAGGGTG GGAGACAGCT AACTGTAAGT AGAATGTTTC ACTGCATTAA 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ACAAACCCGA CCCCAACTAC CAAACAAGGG CATTCTTTTG TCCCAATACC CAGAGCCTTA 016560 016561 TGTCATGTTA GTGCTATAGC AAAATTGAAA AGATACAATA AAAATTTAAA TTGAGTAACA AATTTAAAGG AATTTTAATA 016640 016641 AATTTAGAGT AATTTTTCCT CTATAAGCAT ACTGTTTTTC TGTTTTAACT ACTCCTACTG CAACCATGCT TTCTTCTGCT 016720 016721 TTTCTCTGCA AACATATTCA AGTAGATCCC TGCCAGCTAG ACAATTAACA CACTTTTTCT CTGGGAGAAC AAAATGGTCT 016800 016801 CACATTTCCA ACAAACCTTT AATTACATTA ATTACATTAA AAATTCAAGC CTCTGTATAC TATTCTTGCC AAATCTTTTA 016880 016881 TCAATGTTAA TTGGTTGACA T |
Predicted Small Protein
Name | NONHSAT129263_smProtein_10700:10915 |
Length | 72 |
Molecular weight | 8235.5081 |
Aromaticity | 0.140845070423 |
Instability index | 62.4550704225 |
Isoelectric point | 9.12884521484 |
Runs | 9 |
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Runs probability | 0.076007379929 |
Amino acid sequence | MNTASCMFNLLHMDIHTRYKFKSQASQHNFRRDFSNITCSILPISNASYLVMFCLFYCSN IPVQPGPHKAF |
Secondary structure | LLHHHHHHHHHHLLHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLLEEEEELLLLLHHHHHHHHHHHLL LLLLLLLLLLL |
PRMN | LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLL LLLLLLLLLLL |
PiMo | iiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiTTTTTTTTTTTTTTTTTTooo ooooooooooo |