Difference between revisions of "NONHSAT030092"

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Latest revision as of 21:09, 16 October 2014

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Annotated Information

Transcriptomic Nomeclature

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Function

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Expression

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Allelic Information and Variation

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Evolution

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Labs working on this lncRNA

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References

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Basic Information

Transcript ID

NONHSAT030092

Source

NONCODE4.0

Same with

,

Classification

intergenic

Length

5428 nt

Genomic location

chr12+:97858900..97958747

Exon number

16

Exons

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Genome context

Sequence
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004561 TAATTCCAGC AAGTGCCAAG GGGCTAGTTG AGGAATGGCT TCATGAGGAA CATGCTCTAG GGGAACTATT AATAGCCCAC 004640
004641 CAGTCGGGTA GGCAGCATTC AATCCTTCTA TGCCTTCTTT CGCCACCTGT TGAGGTCTTT CTTCTGAAAC AAAGAAGAAA 004720
004721 TAGACAAATC AGACTTGCCC TCTTGGAAAT GTGGTCCAGA TTTCTCTACT CCCAAGCTCC AAAAAAGGTA TACATTGGAT 004800
004801 GGGCTAGATC AACTCCTCCT GAGAGCCATA AATCCGCCAA GAGTTGTTTT CCATGTAAGG GTGTGGTACA ATGGGGAACA 004880
004881 CCTGATGTTG GAGGAAAGCA GGAGGACTTT AGAGTGGAGT TGCATTCTAA TCTCTCTGCC GCTTCAACTA TGTGACCTGG 004960
004961 GGCAAATGAT ATAAACTCTA TGAGCCTCTT TCCTTATCTT TAAAATGAAG AGAAGTAATA CCTACCTTGT AGGGCTGTTG 005040
005041 TGAGGATTAA ATGAAGTAAT GCATACAGTG CCTAACAAAG TATTTAACAT CATATTTTTT AAAAGCTCAT GAAATATTAG 005120
005121 TTTTTCTTCC TTCCCCTCTT TCTATTTTCT CTCCTGTTCC CTTTTCTCTC CCTCCTCTGC CCTCTCCTTC CTTCAGATGT 005200
005201 TAGTCTAAAA CAGCACCTTG GATCTAAGCA GCACCTTTGA GAAAGAAAAG ACTGCTTCAA GAATGTCTAG TTGCACCTCC 005280
005281 TTTCCGTATG TGGCCTAAAT GCCTAGGTTG GATCAATAGT TTAATTTTTT TATTGAACTG TTTAATATTG ACTATGGACT 005360
005361 TACATTCACT TTTACTGTTT TCTGTATATT TACTTTTGCT TGAAGTGTTT TAATATTGAC TATTTACC
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Predicted Small Protein

Name NONHSAT030092_smProtein_17:274
Length 86
Molecular weight 8877.6672
Aromaticity 0.0941176470588
Instability index 46.8670588235
Isoelectric point 9.30084228516
Runs 14
Runs residual 0.0281639928699
Runs probability 0.0427991016227
Amino acid sequence MPGFCWGSKKSGVVCLMVLGSALQLPSAKAQAGRCAAALLRAALSPSVAGWFFGGKLYPI
LVTPGNSLFVCYLMVSRLPCLVEPC
Secondary structure LLLEEELLLLLLEEEEEEHHHHHLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLEEELLLLEEEE
EELLLLLEEEEEEEELLLLLLLLLL
PRMN LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLHHHH
HHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLLL
PiMo ooooooooooooooooooooooooooooooooooTTTTTTTTTTTTTTTTTTiiiiTTTT
TTTTTTTTTTTTTTToooooooooo