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Latest revision as of 00:28, 17 October 2014

Please input one-sentence summary here.

Annotated Information

Transcriptomic Nomeclature

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Function

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Regulation

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Expression

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Allelic Information and Variation

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Evolution

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Labs working on this lncRNA

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References

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Basic Information

Transcript ID

NONHSAT088931

Source

NONCODE4.0

Same with

,

Classification

sense

Length

6273 nt

Genomic location

chr3-:33537737..33546943

Exon number

2

Exons

33537737..33540209,33543144..33546943

Genome context

Sequence
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003841 GTTCTGGAGG AGCTGATCCC ACTACTGATG TTTCTGGACA AAGTTAGTGA AGCTCATCAC AGCGAACCAG GTCTCTCAAA 003920
003921 AGAAAGGACA GATAGACCAC CCTCATCAAT GAAAGGAAGT TCTCAAACAC ATCCTTTGGA ACTTACTATT GTTTCCCAGT 004000
004001 TTTAGTTTTT TGTTTCGTTT CGTTTTGTAT TTTCTGTAAC AGAGGACTAT CCTCAGTCTG CATGTAACTT TTATGATAGT 004080
004081 TATTCCAAAT TCAAGAAGAA GCAGTATTAA CATCAATTGA TCGACACAAA GTAATTTTTA ATTTAATTCA TCATTTCACA 004160
004161 TGTTTGTACT TTGTCTTCCC ATTAACCTTT GCCAGTGTTA TGATTGTATA AATTTTTTTA AATGCTGGTT AAACAGGAAT 004240
004241 GCTTAAAGCT TTAAAAGTTT AACAGTCTAA AACATTTTTG CTTTTATTCA ACTGCAGAAT AATATTTTTA TTGCTACTTT 004320
004321 GAGTTTTGTT TCGTATCATG TCCTATGCTA GAAATATTTA AATGATGTGA AACAAAGCAG GACTAATTTG AACTACAGCT 004400
004401 GGACTCCGTT TGTGTGATGG TGATACATGT CATTAGTTGC AACTTCTTTG GGGTGATCTA TAGTTTGAAA ACTAAAACCT 004480
004481 CAAAGACAGA TGTTACAGAA TCAGCCAGTT CTGTAAAACT GATATTGTCT ATTGGTTATT GATCTTGCCA TCTTTATTTA 004560
004561 AAACCATGTC CCTTCTATGA TCCCTTAAGA AAGCTGCACC AAATCATCTG CCTGTTTTTT CTTGATACTT ACTGAAATAG 004640
004641 AAGGTTTTAT TGCAGGGTTT ATTTTGGTTT GTTTATATCT TTGTTGTGAA TGATGCTTTT TTGTATTTAT TAATATCAAA 004720
004721 TTCACTTATG AATAAACTTG ATAATGGAAA CGGACAAAAA AAATCAAGTG CGTGTGTGTC CTTGACCGTC TTCTGTTTCT 004800
004801 CACGTAATAA ACAAATTATC GAGACATGGG AGTGACCAGC ACCTTTTCTT TAAATGGTGG AACCTGGTTT CCTTTTACCA 004880
004881 TGAAATTGTC TTACTTGAAA ATATTGATCC TGATGAGAGA GAAGATGGTG CCAAGGCTGT CTTTGTATAA TGGGCTCAAA 004960
004961 TTCTCTACCT CTTCAGGGCT AATACTTTTA ACTGAGCTGC TGCCTATAGT GTCTTTTGGA AAACTACTTA AAGGGTGATT 005040
005041 TTCTGTTACT TTTTAGCAAA TTTTTTTAAT CACCTCTTGC TACACCCATT CTTTTCATGT GCAGCCGACT CAAAAATTAC 005120
005121 CAGTTTTGGT GAAAGGCTAA ATTAGATAAT TTGGAACCAG GATACTAATG ATTTCTCATC TTTACTTTTT TTTAATCCTA 005200
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005761 TTTTATGACC TTTGGATATG TTTGTAATCA TTTCGAATCA AAATATTGAT TTAATTTTGA CCTCTGGTTT AAGATACTGC 005840
005841 TTTAACTACT GTTGACAACC AAGTAGAGTG ACTTAAGCTG AACAGTAACT AACTGGAAAA TTAGATAAGC ACCTGGCATC 005920
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006001 AGATGTAAAC ATGGAAAAAT TGTGTTTACA ATTTTATAAT CTCAGTTGAT AAGACTATAA GAAAGCTGAT TATTTAAATC 006080
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006241 ACTAATTAAA ATTATATATT CCAGATTGTA AAA
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Predicted Small Protein

Name NONHSAT088931_smProtein_2123:2386
Length 88
Molecular weight 9971.5674
Aromaticity 0.114942528736
Instability index 47.175862069
Isoelectric point 9.07257080078
Runs 13
Runs residual 0.0111658456486
Runs probability 0.0597611185847
Amino acid sequence MNVHSSTIHSSQKVKTTQISINKWINNMIYHTMEYYPIINITFLFHSLPIIPHSAMRFPN
CSGKGQCVSFWTLNIIYLACSCHIPGT
Secondary structure LLLLLEEEELLEEEEEEEEEHHHHHHHHHHHHLLLLLEEEEEEEELLLLLLLLLLLLLLL
LLLLLEEEEEHHHHHHLHHHHLLLLLL
PRMN LLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLLLLLLLL
LLLLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHHLLL
PiMo ooooooooooooooooooooooooooooooooTTTTTTTTTTTTTTTTTTTiiiiiiiii
iiiiiiTTTTTTTTTTTTTTTTTTooo