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Latest revision as of 06:44, 17 October 2014
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Contents
Annotated Information
Transcriptomic Nomeclature
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Function
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Regulation
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Expression
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Allelic Information and Variation
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Evolution
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Labs working on this lncRNA
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References
Please input cited references here.
Basic Information
Transcript ID |
NONHSAT122818 |
Source |
NONCODE4.0 |
Same with |
, |
Classification |
intergenic |
Length |
7310 nt |
Genomic location |
chr7+:113109789..113124124 |
Exon number |
2 |
Exons |
113109789..113110137,113117164..113124124 |
Genome context |
|
Sequence |
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TTTTCTTTCA TCTCCTTGAG 000880 000881 CACCAATCCT TCTAGCTTTG CCAAACTCAG ACTCATTATG AGTACCCATG ATGCAATTAA AATGCAGTTT TAAATTAAAA 000960 000961 TGGTACTTTA ACGGATAATG GTACAGGTAC CTTATCCAAT AGTGTTGCTC ATGGAGTTGA GAATAATTTT TTCATCTGTC 001040 001041 TCACTAGCAG TTAAACCAGA CCATTTATCC ACAACTATGA CAGCATAATT TCCAGGTCCT ATTTTACTCA TGAATTGCTG 001120 001121 GAAGATGTGT TCCAAAAGAG AGTGTATCCT AGCAATTAAA TAAATGATAG ATTGTTTCTG TGAATTTACT GAAATTAGGG 001200 001201 ATAATAAATT CAGCAAAGCT TTTATCAACA AAATGTAACT GATTAGAACA ATCAATTACC TAGATTTTTT TCCTTCTGAA 001280 001281 ATTATACTTA GGGGAATCAG AGACCGAATA TAACAAAATA AATTGATATC AGGAAAATCA ACTTCAGAAA ATTAATGTTC 001360 001361 AGTTCAGGTA CACCCAAATT TTTAATATTT TTTACCTGTA GAACGGTGGC ATAAAACTAG AATAGAATCA TTTTTATTAA 001440 001441 TGATAATGTA ATataaaaac agcatttctt aaatacttgc tataagtcaa gtactattct gagtactcta catatattta 001520 001521 attctcacaa tgaatatatg aggtatatgc tattacattt attgaacaca atgagaaact aaaggttaga gatataaggt 001600 001601 aacttgccca aggtcacata ctttataagt agtaaagact 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cacttgaggc caggagtttg agactagcct gagcaacata gcaaaatcct atctgtacac acagaaaaag ttaggtgagt 003280 003281 gtggtggtgc atgtctatag ttctagctac tcacgagtct taggtaggag gattgcatga gcccaagagt tagaggctgc 003360 003361 aatgagctga ttatgccact gcacacctgc ctgggaacag agtgagaccc ggtctctctt aaaaaaaaaa aagaaaaaga 003440 003441 aaaagaaaat acttttaatt aaatgatagt tgagatatta tatgtgaaaa ttaatggtat tcagctaaag cagtgtttag 003520 003521 atacaaattt aaagtctagg atctatttat tagaaaaaat aagagctaaa agaggacaat ctaagcttcc ttttcaagac 003600 003601 acacaaaata cagcaaaaca aactgaagac tagcagaagg aaataataaa gatgagataa taaatcaata atataaaaca 003680 003681 caaacaaata atggaggaaa taaaGGTTTT TTATGGGCAA CGATTTtggc cgattaatga tgctcacaca ttctttgaca 003760 003761 ctcctcttat ggagaggtgc actttgtgtc tgctgtcctt aaatctggtg agctctgtga ctattttgaa taattaaata 003840 003841 tggcagacat gtgccattct ctctggatct aggctttaag aaactgtcag tttccacttc ctgtctctag gaacctgcac 003920 003921 ttacagccct gagatatcat gtcagacatc tgatttacac gtaagtgttt cagacgacta tttcaactaa 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aattaatgat tcttgatgtt tatctactgt 004800 004801 ttcctcatga ataattcagg ttatgtctca aaaaagaaac aatactacag aagtaacgta ctattcccag tgtgtcatat 004880 004881 cagaaggcac ttaatgttgt cttatgctat tattgataat gttaacttta atcacttggt aaaggtggtg tctgcaaagt 004960 004961 ttatccactt tcaggttgct atttttcact ttgtaactaa tagatatctt gtgataggat actttgaggc cagctaggta 005040 005041 aatgtcttat ttctcattaa acgtcccctc actagttttg gcaAATGTTt ttatgtcact tcaaaattcc tatgtagaaa 005120 005121 tcctaactcc caatatgatg gtattagaag atagggcatt tgttaggtga ttaggtcatg agagtggaga cctcatgaat 005200 005201 ggaattagtg cccttatagc agagactctg gagcactccc ttgccccttg aggacacata agacatttga ggacacaatg 005280 005281 agatatccat ctatgaaccc aggagcaggc cctcagaaaa tgctgaattt gcctgcagct tgatcttggc cttctcagcc 005360 005361 tcaaaaactg caagaaataa atttctgttg ttcttagagt ccacctagtt tatggtattt tgttatagca gcctgaacaa 005440 005441 actgagacaa ttggtgattt ttgtctcact cctttatcat tttgatggtt gccaaattat gattttccaa ttgtatcatt 005520 005521 ctttatacat ctaatactac attgtactat 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007120 007121 tgtcacatca gcagcattag gttctcacag gagcacaaac cctatggtga actgctcatg tgaaggatct agcttatgtt 007200 007201 ctccttgtga gaatctaatg cctgatgatc tgtccccatc tcccatcgcc cccagatggg agcatctagt tgcaagaaaa 007280 007281 gaagctcagg gctcccactg aatctacatt |
Predicted Small Protein
Name | NONHSAT122818_smProtein_797:952 |
Length | 52 |
Molecular weight | 5776.8137 |
Aromaticity | 0.117647058824 |
Instability index | 49.6764705882 |
Isoelectric point | 9.78216552734 |
Runs | 9 |
Runs residual | 0.0222286934576 |
Runs probability | 0.0358495750652 |
Amino acid sequence | MKIVILRCPVVEWSFPQSVGSFSFISLSTNPSSFAKLRLIMSTHDAIKMQF |
Secondary structure | LEEEEEELLLEELLLLLLLLEEEEEEELLLLHHHHHHHHHHHHHHHHHLLL |
PRMN | - |
PiMo | - |