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Revision as of 12:41, 13 October 2014

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Annotated Information

Name

Neat1: Nuclear enriched abundant transcript 1. Short isoform - Neat1 v1. Long isoform - Neat1 v2. Multiple endocrine neoplasia 1 (MEN1). Short isoform - MEN epsilon. Long isoform - MEN beta. VINC: Virus-inducible ncRNA

Characteristics

Two isoforms: ~3.7 (NEAT1 v1/ MEN epsilon) and ~23 kb (NEAT1 v2/ MEN beta) transcribed from the MEN1 locus (Guru (1997), Saha (2006), Hutchinson (2007), Sunwoo (2009)). Intergenic, single exon transcript. One transcriptional start site, long isoform is a continuation of the short isoform (Hutchinson (2007)).

Function

Transcription of Neat1 is essential for the assembly, maintenance and structural integrity of paraspeckles (Clemson (2009), Sasaki (2009), Sunwoo (2009), Mao (2011)). Newly transcribed Neat1 RNA nucleates the formation of paraspeckles at its transcription site, recruiting paraspeckle proteins. Continued expression is required to maintain paraspeckles, identifying the dynamic nature of this nuclear body (Mao (2011)). Literature currently provides conflicting evidence about whether Neat1 v1 is sufficient for the formation of paraspeckles, or if this requires full length Neat1 v2 (Sasaki (2009), (Shevtsov (2011)). In vivo however, significant expression of Neat1 v2 appears to be required for cells to form more than 1 or 2 paraspeckles (Nakagawa (2011)). Neat1 appears to constrain the size and mediate the cylindrical geometry of paraspeckles. Neat1 short and the identical 5' end of Neat1 long plus the 3' of Neat1 long all localise to the periphery of paraspeckles, while the central region of Neat1 long is found in the interior of the nuclear body (Souquere (2010)). Interacts with paraspeckles proteins PSPC1, PSF/SFPQ and NONO/P54NRB either directly or in a complex (Clemson (2009), Sasaki (2009), Sunwoo (2009)). Interaction of short isoform with p54 requires protein interaction regions near the 5' and 3' of the transcript (Murthy (2010)). Neat1 knockout lead to loss of paraspeckles, however mice were viable and fertile with normal morphology and populations of differentiated cells in one Neat1 v1 and v2 expressing tissue tested (Nakagawa (2011)). Neat1 has also been reported to interact with a number of chromatin binding protein/complexes in mouse embryonic stem cells including PRC1, PRC2, JARID1B, ESET and SUV39H1, with the general pattern being interaction with repressors of gene expression (Guttman (2011)).

Expression

Expressed in a wide range of human and mouse tissues (Peyman (1999), Saha (2006), Hutchinson (2007), Sunwoo (2009)). Although expression of the long isoform (Neat1 v2/ Men beta) is much lower than Neat1 v1/ Men epsilon in many tissues (Nakagawa (2011)). Up-regulation of Neat1 (and subsequent formation of/increase in paraspeckles) may be a general feature of differentiation. Neat1 is up-regulated upon human ESC differentiation (Chen (2009)), muscle differentiation (Sunwoo (2009)) and in-vitro neuronal differentiation (Mercer (2010)). Up-regulated upon infection of mice with Japanese encephalitis virus or Rabies virus (Saha (2006)). Expressed in the nucleus accumbens of normal human brains and upregulated in this brain region in heroin abusers (Michelhaugh (2010)). In addition, expression levels are elevated in the caudate nucleus of patients suffering from the neurodegenerative condition, Huntington's disease (Johnson (2012)). Localised to paraspeckles within the nucleus (Hutchinson (2007), Sunwoo (2009)). Mouse Neat1 found to be highly unstable (half-life <2 hr) in N2A (neuroblastoma) and 3T3 cells, although low stability did not prevent paraspeckle formation (Friedel (2009), Clark (2012)), while human NEAT1 appears to be more stable (Friedel (2009), Sasaki (2009), Sunwoo (2009)). The two Neat1 isoforms also have differing stability, with the long (v2/Men beta) isoform more stable than than the shorter (v1/Men epsilon) isoform in N2A and 3T3 cells (Clark (2012)).

Conservation

Placental mammals. Dog Neat1 is found in several genomic locations, version that is found near single dog Malat1 gene is given below (Hutchinson (2007)).

Misc

A conserved tRNA like sequence at the 3' end is cleaved off and processed to generate a short tRNA-like ncRNA from the long (Men beta) transcript, similar to Malat1 (Sunwoo (2009)). The last ~500bp of the short (Men epsilon) isoform has been shown to be expressed in trophoblast cells with a function potentially independent from the Neat1 transcript. This transcript, TncRNA has its own entry.

Transcriptomic Nomeclature

Please input transcriptomic nomeclature information here.

Regulation

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Allelic Information and Variation

Please input allelic information and variation information here.

Evolution

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You can also add sub-section(s) at will.

Labs working on this lncRNA

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References

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Basic Information

Transcript ID

ENST00000501122.2

Source

Gencode19

Same with

lnc-AP000769.1-2:3,NONHSAT022112

Classification

intergenic

Length

22743 nt

Genomic location

chr11+:65190269..65213011

Exon number

1

Exons

65190269..65213011

Genome context

Sequence
000001 GGAGTTAGCG ACAGGGAGGG ATGCGCGCCT GGGTGTAGTT GTGGGGGAGG AAGTGGCTAG CTCAGGGCTT CAGGGGACAG 000080
000081 ACAGGGAGAG ATGACTGAGT TAGATGAGAC GAGGGGGCGG GCTGGGGGTG CGAGAAGGAA GCTTGGCAAG GAGACTAGGT 000160
000161 CTAGGGGGAC CACAGTGGGG CAGGCTGCAT GGAAAATATC CGCAGGGTCC CCCAGGCAGA ACAGCCACGC TCCAGGCCAG 000240
000241 GCTGTCCCTA CTGCCTGGTG GAGGGGGAAC TTGACCTCTG GGAGGGCGCC GCTCTTGCAT AGCTGAGCGA GCCCGGGTGC 000320
000321 GCTGGTCTGT GTGGAAGGAG GAAGGCAGGG AGAGGTAGAA GGGGTGGAGG AGTCAGGAGG AATAGGCCGC AGCAGCCCTG 000400
000401 GAAATGATCA GGAAGGCAGG CAGTGGGTGC AGGGCTGCAG GAGGGCCGGG AGGGCTAATC TTCAACTTGT CCATGCCAGC 000480
000481 AGCCCCTTTT TTTCCAGACC AAGGGCTGTG AACCCGCCTG GGGATGAGGC CTGGTCTTGT GGAACTGAAC TTAGCTCGAC 000560
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000641 GAGCGTCCAG GTCTGGGTGC GAAGCCAGGC CCCTGGGCGG AGGTGAGGGG TGGTCTGAGG AGTGATGTGG AGTTAAGGCG 000720
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000801 ACAACATTGA CCAACGCTTT ATTTTCCAGG TGGCAGTGCT CCTTTTGGAC TTTTCTCTAG GTTTGGCGCT AAACTCTTCT 000880
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000961 GGACAGTAAG CCGAGTGGCT GTTGGAGTCG GTATTGTTGG TAATGGTGGA GGAAGAGAGG CCTTCCCGCT GAGGCTGGGG 001040
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001201 TGGAGTCCCT GGCCAGTGTG AGTCCTAGCA TTGCAGGAGG GGAGACCCTG GAGGAGAGAG CCCGCCTCAA TTGATGCCTG 001280
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001441 AGGGGCCATC AGCTTTGAAT AAATGCTTGT TCCAGAGCCC ATGAATGCCA GCAGGCACCC CTCCTTTCCT GGGGTAAAGG 001520
001521 TTTTCAGATG CTGCATCTTC TAAATTGAGC CTCCGGTCAT ACTAGTTTTG TGCTTGGAAC CTTGCTTCAA GAAGATCCCT 001600
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001681 CCTCTCACCT ACCCACCTGT TTGCCTGCCT TCTTGTGCGT TTCTCGGAGA AGTTCTTAGC CTGATGAAAT AACTTGGGGC 001760
001761 GTTGAAGAGC TGTTTAATTT TAAATGCCTT AGACTGGGGA TATATTAGAG GAAGCAGATT GTCAAATTAA GGGTGTCATT 001840
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002241 CAGGTTGAAG GGAATTCTCT GGGGCTTTGG GGAATTTAGT GCGTGGGTGA GCCAAGAAAA TACTAATTAA TAATAGTAAG 002320
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003441 TTTTTTAAAT GTTTAAAAAT ATGTTGACAT GGTAGTTCAG TTCTTAACCA ATGACTTGGG GATGATGCAA ACAATTACTG 003520
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010481 TTTTTGTTGT TGTTGTTAAT AAAATGCAAT GGAATGTAAT GATCATCACT TTTCATTATG CTTTAAAATC TGGTAAATGG 010560
010561 AGGCTAGAAC ACTCCTGTAA GGCAAGAATA TTCTCTCTGT TGGAACTCAA ATACACAGAA CTGGGTAAAT CTCAATCTTA 010640
010641 ATCTTTGATT CAGGACACAA CATGGCTCTC TTTTACTTGC TTTCTTTAAT TGTTTTTTAA TAATGTGGTA AGCATTTCTG 010720
010721 AATCTCCTAT CCAATACAAA AACTAGGACA ATACAGACAG TAACTCCTAT GGTTACAATG AACACTCCTC TCCACTTAAA 010800
010801 TTAATTATTT ACACTGATGA AATTGAAATA GCAAAATTTT AATGACTAAA TACTGTCTTT GATTTTTTGT TCCAGGTCTG 010880
010881 TCAATATTAA CTTCTTATAA TTTTCTTTTT TTTTCTTTAT GTGTGTGTGT GTGTGTGTAT ATATATATAT TTAATTTCAA 010960
010961 TGGCTTTTGG GGTACAAATG GCTTTTGGTC ATATATATGA GTTCTACAGT AGTGAAGTCT GAGATTTTAC TACACCTTCC 011040
011041 ACTTATGTGG TCCCACACCA CCCGCCTCCC CTGCCGCCTC CTGCCACCCC CTAGGCCAAG GTAATAATCA TCCTGAATCC 011120
011121 TGGGTTTATC TCTCACTTGC TTTCTTTTCA TATAATTTTG CAAAAGAATC TGATCTAAAT GTGTTTTTCA GAGTATATAT 011200
011201 TTATATTTTA GCTGTTCTTA GAGAAAATTT ATTATTTTGC ATGTAATCTT ATGGAACATT CTCATTTAAT ACCATGGTAA 011280
011281 GATTCAGCCC TTGCCCAGGG GATAGTTCAT TTAGTTTGTT TACTGGATAG AGCTCATCAT GTGACTATAC CTCAGTTAGT 011360
011361 TTATCAGTTC TCCCATCCAT GGTGACTAGG TTGCCTCTCA GCCTCTCAAC AACACTGTTT CTCAGTGTCC TTGTAGAAGT 011440
011441 GATATGTGGG TGTTTTCTCC TTACACAGAG TTGAAAGGTG ACGACAACAA CGTTGGCACT ACCAATCCCC CACCCTCCAG 011520
011521 AGGGGTAACC AGTGTTACCA GTTTGCTGTG TTTCCTGCTA CACCTCGCCT TATTCACTTC CATTTGTATC TGAAAAACGT 011600
011601 GTTGCATGGT TTCTTTTCTA TAGAAGTGGT AAAATGCTAT TGTGTCCTGT ACATTATTGA TTACTTTTTT TCATTTAACA 011680
011681 GTAGGGAGAT GCCTGGGAGT ACACAGAGAA CTGCCCTCAT TGTTTTCAAC TTCTGCACTG TATGTCTGTG AGTTTAGCCA 011760
011761 TTCTGCTGTT AATGGAAATT TACAGTATTC TAATCTTTTG ATATTACAAA CAGTTCTGTG CGATCATCGT CATACACAAC 011840
011841 CCCTTGTGCA CAATGCATGA GTGTTTCTCA GGGTAGGTAC CAAGAAGTGA AATTCCTGGG TCATAGGGCG TGAGTCCGAC 011920
011921 ATTTTTCTCC ATTCTGCCCT GTTGCCCTCC AGAGTGGGTG TCCAGCTTTG CATACCTAAG TATGAGAGTA TCTGTTGTTC 012000
012001 ATATCCTCTA CGACGCTCCA TATATGAAAC TTAAGTTTCT GCTAGTTGCC ATCTTTGATC TATCATGTAT GCAGTGACCT 012080
012081 ACTAAGACTG TAATTGGTAC AGTAGATTCT TGTCATCTGT GTGTGAATTT AGCATTCATG GGCTTAATGC TGACAAGGCC 012160
012161 CCCAGGGTCC AAGACATATA ATCATGTATA ATTTTGTCAA GGTATAATTT TTTAAATTGC TTTTGTCATG TGTCTGCTGG 012240
012241 TGATGCCCAA CCCAGTGCTC TGCACCCAGG TCACACTGTG GCTTTGTCCT CTGCTTATGC CTGCATTGCA GCAACTGTCC 012320
012321 TGAAGAGACC AAAATTATGC AGATTTAGGT AAGTCCATGG CTAATGTTAT TATATTATGT GCTATTGTAA TGGATGGGGC 012400
012401 TGTGGAGTGT ATGAATTTAT AAATCACTGG TCTTGTAATT AAAATTCAAA CACTATAGAA AAAGGCCATG TAGAAGATAA 012480
012481 AAGTTCCTCT ATAATCCCGG ACCCCTAAGA TAACTACTAA TGACAACTTC ATTTATATTC CTTCAGACAT TTTCTGGCTG 012560
012561 TGGATGTACT AAAATGTATC CTATTATTCT CTGCCCTAAA ATGGAATCAT ACAAGGTGTA CTGTTATTTT TATGGCTCTA 012640
012641 TAACATGTCA TATTGTACGT GTTGGTATGG TCATTTTAAC CATTTTTCTA GTGATGGCTT TGAGGTTATT TGCAGTTTCC 012720
012721 TAGCCATCTC AAAGTGTGCT GCGGGGATCT CTTTTGCATC CCTCTGGGTG CAGAGCTGAG GCACCCAGAG GCAGTGTCCA 012800
012801 GAGGAGGCAG CATCTGTAGG TGTCTTCACC TGCTCTGGCT CTTGGCACAT CTGGTTGGTG ACACTGTTTT GTGAGATGGG 012880
012881 TTGAAAGCAC GTGCTGCCAA AATAGAATAA TGTTGGTCCT CTCCTCATGT GCCGTGGAAC TGGGGTAAAA CTGCGTAGTG 012960
012961 GCTGCAGCTG CCTGTCCATA CCGGAATCGA GTATAACACG GTGCCTGGCT TAGCACAAAA CAGTAGTGGG TCCTGCAGGC 013040
013041 CCCAGAGTCT AATTCCTGGT ATTCTTTCCC CTACACAGAT TAAATAAACC AAAAACAAAC TATTCTAGGA AAGCGTCTGT 013120
013121 GACATTTGTA AAAAGTGGTA TTTAATGATC TTTTATTCAC TTGTCTGTTT AGTTTGTTGA AATCTTAAGT GGCATCCTGG 013200
013201 TCTGGGAAGG AGTGCTGTCT GCGCCTGCCC TCCGCTGGGC ACAGCGTGGC TGCTTCAGGG GCTAAGCACA CACTTTCTGT 013280
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013361 CACAGGGAGC AGAACATTGT ACACAGCGAG GCACCACCCG GCTTGGCATC TGCCTCGGTG GACTTACTAC CTCTAGAAGG 013440
013441 AAATACCTGA GTTCCTCTGG CCTCAGCTCC TAGAGTGACT GGTGTGCTGT CCCTGTTACT CTTCTGTCAA GGTGACAACT 013520
013521 GTGTGACCCA TCATCTGTGT GTCAAAGCAA GGCCCTGCCT GGGCCTCTGC TCCTGTGCTG ACCCCAAAGG CAAATGCTTT 013600
013601 GCTAGTTTCC TTCCAGTTAA TTTCACCTAT GAATAGATGT GTGAAAACTG TTCAAAGCCA TACCTGCACA TGTTTGAACT 013680
013681 TCAAACCCTG TGGGTGATTC AGTGGCATCT TTCTCTAACC CCCAGCCTCC CTTCCCACAG AGGCCACCGT CATGGCCAGT 013760
013761 TGCTGCAGTT TCTTTCCAGA GAACCTGTGT ATGTGTAAAG CTGTACAGGC GTGGGTACAC CACACAGCCT GTCTTGCACT 013840
013841 GTGGACTGTT GAGTTACTAG TACATCTAGG TAAGCACCGC ATATCTGTAT TCATGTCTGC CTTGGTCTTT TCAACATCTG 013920
013921 TGTGGTAGCC GTGTTTGAAT TACCCATTCC CTTTTTGGGG AACCATTAAG TTGTTTCAGC AATTTTTACT GTAGATAAGG 014000
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014321 CTTTTCAAAT ACATTCCTAT TTCTCACTAA TCTTTAAGTT TTATTGTAAT ATTTTGCTCT TTAGTTTATA TATATATGTA 014400
014401 TATATATATA TATGTATATA TATATATATA CATATATATA TACATATATA TATACTAATT TTCTTTTATG GTTCCTGGAT 014480
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015841 ATCATACAGT ATTTGTCTTT TTGGGTCTGT CTGATTTCAC TTAGCGGGTT TTCAGGGTTC ATTCATGTTG CAGCATATAA 015920
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018001 GCACCATTGC ACTCCAGCCT GGGTGACAGA GCAAGATTCC GTCTCAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAACCA AGAAGAAAAG 018080
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018561 CTTTCTGTGT TGCCCGGACT GGTCTCAAAC TTCTGGACTC AAGTGATCCT CCCCCGCTCA ACCTCCCAAA GTGTTGGGAT 018640
018641 TACAGGTGTG AGCCACTGTG CCCAGCCTTG AAAACTTTTT CAGGTTCTTC CAGGGTTACT GGGCTATTAA ATATTTCTAT 018720
018721 TTCATTATAA GTCAGTTTTT CAAAGTTATA TTATCTTAAT TACCTTTTTT ATATGTATTA GTGTAGAGTA GCATTTTATA 018800
018801 TTTTGATATC CTCCTTATGC ATAGTTTTTC ACTTTTTATT CCTAGTTTTT CGTTTTTAAT AAGACTTTCA AGAAATTTAT 018880
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