NGDC 2021-1-7
2020年12月28日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）抗疫攻关团队在国际学术期刊Genomics, Proteomics & Bioinformatics在线发表题为“The Global Landscape of SARS-CoV-2 Genomes, Variants, and Haplotypes in 2019nCoVR”的文章，系统介绍新型冠状病毒（简称新冠病毒）信息库2019nCoVR更新版主要内容。
2019年12月底新冠病毒肺炎疫情暴发，为支撑国内外科学研究、疫情防控等工作，国家生物信息中心率先成立抗疫攻关团队，开展新冠病毒基因组信息整合与变异注释分析，于2020年1月22日发布新冠病毒信息库2019nCoVR。这一工作被写入国务院新闻办公室发布的《抗击新冠肺炎疫情的中国行动》白皮书。第一版数据库发布之后（相关文章于2020年2月12日在《遗传》杂志中文版发表），抗疫攻关团队不断优化改进变异注释与分析方法，丰富完善数据库功能。
2019nCoVR收集整合国内外多个数据库的新冠病毒基因组数据，提供实时、全面的新冠病毒基因组元信息、数据质量评估、全球分布与统计等，通过人工审编和自动化质量评估，补充增值注释信息。在此基础上，2019nCoVR分析高质量的全长人源病毒基因组数据，注释新冠病毒基因组变异，获得全球范围内新冠病毒基因组变异图谱，基于采样时间和国家进行变异动态展示并构建单倍型网络，监测新冠病毒的时空传播。
截至2021年1月4日，2019nCoVR数据库已为全球175个国家／地区的近20万用户提供数据服务，访问量超50万次，累计数据下载超过2.2亿条，有效支撑了北京新发地疫情分子溯源、巴基斯坦国内新冠病毒传播演化分析等工作，在全球抗疫过程中发挥了重要作用。
北京基因组所（国家生物信息中心）的宋述慧和马利娜副研究员，以及邹东、田东梅、李翠萍、朱军伟工程师为该文共同第一作者，鲍一明研究员、薛勇彪研究员、赵文明正高级工程师、章张研究员为该文共同通讯作者。本研究得到了国家科技部重点研发计划，以及中科院战略先导专项、信息化专项、青促会等项目支持。
单倍型网络与谱系分布（截至2020年7月14日）。A. 单倍型网络动态显示单倍型（I）在各国（II）和随时间（III）的发展情况；B. 9大谱系结构图；C. 9大谱系关系示意图；D. 9大谱系在各大洲的比例分布；E. 9大谱系与SLG分类之间的关系。