NGDC 2023-7-10
近日，国际期刊Molecular Cancer Research发布的2023年7月刊，将中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的人类癌症代谢物关联知识库（MACdb）选做封面故事。
MACdb数据库系统建立了癌症-代谢物关联关系的收集标准，通过使用一系列本体体系（Ontology）对癌症类型、特征、代谢物标准化，构建了高一致性的综合知识集合。当前版本的知识库共收录了462篇文献，提取了40,710个癌症-代谢物关联关系对，共涉及到269个癌症特征，涵盖17类高发病率或高死亡率癌症类型，是当前涵盖癌症类型最全的癌症-代谢物关联知识库。MACdb构建了便捷高效的检索和过滤系统，支持从代谢物、癌症类型、癌症特征多层面检索。MACdb也提供一系列分析和可视化功能用于提供超越单篇文献的癌症-代谢物知识网络。同时知识库构建了代谢物的标准化及癌症类型和特征富集工具，使得用户能够方便的实现对代谢物的标准化和对癌症类型及特征的富集。
Molecular Cancer Research杂志评价该数据库具有加速癌症代谢假说生成和研究的潜力。MACdb的构建，为研究人员提供了通过深入研究癌症与代谢物之间的关联的知识平台，可以帮助研究人员更好地理解癌症的发生机制和进展过程，从而为癌症的预防、诊断和治疗提供新的思路和方法。