该工具使用“基于最小树形图的单体型网络构建方法”(McAN)构建单体型网络。需要上传SARS-CoV-2或者其它物种变异文件 (采用GF或VCF格式) 和对应的元信息文件，或者从我们的2019新型冠状病毒信息库(RCoV19)选择已有样本。你可以从我们的信息库中通过设置起止采样时间，采样国家或地区来过滤已有样本，或者以随机方式选择样本。基于构建好的单体型网络，采用Newman方法对单体型划分团簇。注意变异文件中3’端非编码区和5’端非编码区的突变将被自动删除。
变异信息文件要求使用GF格式，每行需要包含样本名称，Accession编号，变异信息（GF格式）三列，以tab键分割。
| Name | Accession | Mutations |
|---|---|---|
| hCoV-19/human/USA/TX-DSHS-000508/2020 | EPI_ISL_2264424 | 490(SNP:T->A);3177(SNP:C->T);6040(SNP:C->T);6843(SNP:C->T);8782(SNP:C->T);8950(SNP:C->T);12478(SNP:G->A);18736(SNP:T->C);24034(SNP:C->T);26729(SNP:T->C);26801(SNP:C->T);28077(SNP:G->C);28144(SNP:T->C);28896(SNP:C->G);29451(SNP:C->T);29700(SNP:A->G) |
| hCoV-19/human/USA/TX-DSHS-000511/2020 | EPI_ISL_2264432 | 3003(SNP:A->T);8782(SNP:C->T);10811(SNP:C->T);10813(SNP:T->A);17747(SNP:C->T);17858(SNP:A->G);18060(SNP:C->T);24694(SNP:A->T);28144(SNP:T->C) |
| hCoV-19/human/USA/TX-DSHS-000513/2020 | EPI_ISL_2264434 | 3003(SNP:A->T);8782(SNP:C->T);10811(SNP:C->T);10813(SNP:T->A);17747(SNP:C->T);17858(SNP:A->G);18060(SNP:C->T);24694(SNP:A->T);28144(SNP:T->C) |
| hCoV-19/human/USA/TX-DSHS-000515/2020 | EPI_ISL_2264437 | 241(SNP:C->T);3037(SNP:C->T);8664(SNP:C->T);14408(SNP:C->T);15026(SNP:C->T);15264(SNP:T->C);23403(SNP:A->G);27575(SNP:C->T) |
| hCoV-19/human/USA/TX-DSHS-000502/2020 | EPI_ISL_2264410 | 241(SNP:C->T);1059(SNP:C->T);3037(SNP:C->T);3068(SNP:G->A);9169(SNP:C->T);14408(SNP:C->T);23403(SNP:A->G);25563(SNP:G->T) |
VCF是一种文本文件格式，它包含元信息行，头信息行，以及数据行。其中数据行包含基因组位置信息，也包含各样本在不同位点的基因型信息。
##fileformat=VCFv4.1| #CHROM | POS | ID | REF | ALT | QUAL | FILTER | INFO | FORMAT | SmapleA | SmapleB | SmapleC |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RCoV2 | 490 | . | T | A | . | . | . | GT | AA | TT | TT |
| RCoV2 | 3003 | . | A | T | . | . | . | GT | AA | TT | TT |
| RCoV2 | 8782 | . | C | T | . | . | . | GT | TT | TT | TT |
| RCoV2 | 10811 | . | C | T | . | . | . | GT | CC | TT | TT |
| RCoV2 | 17747 | . | C | T | . | . | . | GT | CC | TT | TT |
样本元信息文件格式是以tab键分割的文本文件，示例如下：
| Accession | Sampling Date | Sampling Location |
|---|---|---|
| EPI_ISL_2249479 | 2020-04-13 | United States |
| EPI_ISL_2254726 | 2020-04-24 | Slovakia |
| EPI_ISL_2270090 | 2020-05-11 | Switzerland |
| EPI_ISL_2274027 | 2020-05-14 | Haiti |
| EPI_ISL_2278820 | 2020-04-27 | Sweden |