| Editing Factor: | CWM1 |
| Synonym: | CELL WALL MAINTAINER 1 |
| Description: | In addition to mutations in CELLULOSE SYNTHASE1 (CESA1) and CESA3, a forward genetic screen identified two independent defective genes encoding pentatricopeptide repeat (PPR)-like proteins (CELL WALL MAINTAINER1 [CWM1] and CWM2) as conferring tolerance to C17; Functional analysis revealed that mutations in these PPR proteins resulted in defective cytochrome c maturation and activation of mitochondrial retrograde signaling, as evidenced by the induction of an alternative oxidase; These mitochondrial perturbations increased tolerance to cell wall damage induced by cellulose deficiency; CWM1 also edits sites ccmCeU463RC, ccmBeU428SL, and nad5eU609VV; Surprisingly, the P. patens editing factor edited all target sites when expressed in the Arabidopsis cwm1 mutant background, even when carboxy-terminally truncated; Conversely, neither Arabidopsis CWM1 nor CWM1-PPR79 chimeras restored editing in P. patens ppr79 knockout plants |
| Protein Family: | Pentatricopeptide repeat (PPR) protein |
| Subclass: | E |
| Physical Interaction: | NA |
| Construct Structure: | PLS-E1-E2 |
| Gene ID & Species: |
AT1G17630 (Arabidopsis thaliana) NA (Macadamia integrifolia) |
| Edited Gene(s): | ccmB nad5 ccmC |
| Editing Type(s): | C-to-U (62) |
| Publication(s): |
[1] One C-to-U RNA Editing Site and Two Independently Evolved Editing Factors: Testing Reciprocal Complementation with DYW-Type PPR Proteins from the Moss Physcomitrium (Physcomitrella) patens and the Flowering Plants Macadamia integrifolia and Arabidopsis, Plant Cell, 2020. [doi:10.1105/tpc.20.00311] [2] Multiple PPR Protein Interactions Are Involved in the RNA Editing System in Arabidopsis Mitochondria and Plastids, Proc Natl Acad Sci U S A, 2017. [doi:10.1073/pnas.1705815114] [3] Mitochondrial Defects Confer Tolerance against Cellulose Deficiency, Plant Cell, 2016. [doi:10.1105/tpc.16.00540] |
| Species | Gene ID | Organelle | Edited Gene | Position | Region | Nuclear Genome | Organelle Genome | Other Region | Other Position | Editing Type | Codon | Amino Acid | Molecular Effect | Experiment Details | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Arabidopsis thaliana | AT1G17630 | Mitochondrion | ccmB | 428 | CDS | Arabidopsis Genome Initiative NA Pp3c5_7610V3.1 (P. patens nuclear genome v3.3) |
NA | NA | NA | C-to-U | UCG=>UUG NA=>NA |
S=>L NA=>NA |
Recoding NA |
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| Arabidopsis thaliana | AT1G17630 | Mitochondrion | ccmC | 463 | CDS | Arabidopsis Genome Initiative NA Pp3c5_7610V3.1 (P. patens nuclear genome v3.3) |
NA | NA | NA | C-to-U | CGU=>UGU NA=>NA |
R=>C NA=>NA |
Recoding NA |
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| Arabidopsis thaliana | AT1G17630 | Mitochondrion | nad5 | 598 | CDS | Arabidopsis Genome Initiative NA Pp3c5_7610V3.1 (P. patens nuclear genome v3.3) |
NA | NA | NA | C-to-U | CGU=>UGU NA=>NA |
R=>C NA=>NA |
Recoding NA |
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| Arabidopsis thaliana | AT1G17630 | Mitochondrion | nad5 | 609 | CDS | Pp3c5_7610V3.1 (P. patens nuclear genome v3.3) | NA | NA | NA | C-to-U | GUC=>GUU | V=>V | Synonymous |
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| Macadamia integrifolia | NA | Mitochondrion | ccmB | 428 | CDS | Pp3c5_7610V3.1 (P. patens nuclear genome v3.3) | NA | NA | NA | C-to-U | UCG=>UUG | S=>L | Recoding |
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| Macadamia integrifolia | NA | Mitochondrion | ccmC | 463 | CDS | Pp3c5_7610V3.1 (P. patens nuclear genome v3.3) | NA | NA | NA | C-to-U | CGU=>UGU | R=>C | Recoding |
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| Macadamia integrifolia | NA | Mitochondrion | nad5 | 598 | CDS | Pp3c5_7610V3.1 (P. patens nuclear genome v3.3) | NA | NA | NA | C-to-U | CGU=>UGU | R=>C | Recoding |
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| Macadamia integrifolia | NA | Mitochondrion | nad5 | 609 | CDS | Pp3c5_7610V3.1 (P. patens nuclear genome v3.3) | NA | NA | NA | C-to-U | GUC=>GUU | V=>V | Synonymous |
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