科学项目数据汇交服务系统

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项目汇交计划制定
什么属于科学数据？国家基因组科学数据中心为协助生物领域国家重点专项项目顺利验收，拟定生物领域科学数据范围如下：数据类型描述格式涉及数据库组学原始测序数据各物种组学测序下机数据 Fastq、Bam、10×Genomics、ab1等，查看更多 GSA GSA-Human 基因组组装数据全基因组、宏基因组、叶绿体、线粒体组装组装文件格式：fasta 注释文件格式：gff、tbl GWH 核酸序列及其注释数据病毒、细胞器、质粒和基因片段等核酸序列及其注释数据基因序列文件：fasta 注释文件：gff、tbl、excel 元信息文件：excel GenBase 遗传变异数据所有物种SNP数据、InDel数据、SNP芯片 vcf、gvcf、hapmap GVM 基因表达数据表达矩阵、甲基化谱、DNA结合位点、表达芯片等 txt（tab键隔开）、bed等暂不接收bigwig等二进制数据 OMIX 代谢组数据代谢组测序及其分析数据测序文件：raw、wiff、mzXML、mzML；结果文件：Excel、txt等 OMIX 蛋白组测序数据蛋白组测序及其分析数据测序文件：raw、wiff、mzXML、mzML；结果文件：Excel、txt等 OMIX 大分子结构数据电子显微镜数据；蛋白X射线成像数据电子显微镜数据：MRC /Tiff格式；蛋白三维结构数据：PDB格式 OMIX 核磁共振成像数据核磁共振生物学或医学成像数据 dicom OMIX 神经系统科学数据脑电生理数据脑电生理：mat、m格式 OMIX 算法、软件工具自主开发的生物类算法、软件工具源代码、测试数据集等信息 BioCode 数据库系统自主开发的生物类数据库系统网址和相关描述信息 Database Commons
请问贵中心数据汇交的具体步骤？国家基因组科学数据中心（National Genomics Data Center，以下简称“中心”）是国家科技部、财政部认定的20个国家科学数据中心之一，依托单位为中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）。2020年起，中心承担生物领域国家重点专项项目科学数据汇交工作。科技项目数据汇交计划服务系统（Scientific Data Archive System，SDAS）的作为中心汇交计划服务系统，主要为项目层提供汇交计划提交，数据汇交进度实时查询与监督、汇交证明出具服务，协助科技计划项目顺利验收。具体使用步骤与方法详见《SDAS系统使用指南》，大致步骤如下：第1步使用项目负责人或联系人账号注册；第2步组织课题层制定并最终形成一份项目汇交计划，在线提交；第3步 SDAS系统管理员进行形式审查，审核通过后，寄出汇交计划盖中心章文件。如审核不通过，反馈修改建议；第4步项目层在完成所在单位盖章后，请在线上传盖双章版计划；第5步项目执行期间，建议项目层督促数据递交方及时通过BIG-Sub进行科学数据提交；第6步项目层可实时查询、监督数据汇交情况，还可一键导出数据汇交情况，反馈数据递交方并督促其处理；第7步项目层组织各课题层核对，确定完成提交后，在线申请出具证明注册；第8步 SDAS系统管理员进行形式审查，审核通过后，寄出汇交证明；如审核不通过，反馈修改建议。
SDAS系统的主要功能？科技项目数据汇交计划服务系统（SDAS）的主要为生物领域国家重点专项项目的项目层提供，以下服务： • 汇交计划提交 • 数据汇交进度实时查询与监督 • 汇交证明出具注：SDAS系统不存储科学数据，关于数据递交的更多信息详见“如何向NGDC提交数据？”。
SDAS系统必须使用项目负责人注册吗？还是项目联系人也可以？ SDAS系统主要为项目层提供汇交计划提交，数据汇交进度实时查询与监督、汇交证明出具服务。建议使用项目负责人/联系人邮箱通过中心单点登录系统（BIG Single Sign-On，BIG SSO）完成账号注册。具体账号注册流程详见《SDAS系统使用指南》，简要流程如下：第1步申请注册账号：点击SDAS系统主页菜单栏中的“注册”，如下图：第2步填写信息并完成激活：填写所需信息，并登录邮箱完成账号激活。常见问题： • 忘记激活账号：请打开此链接：https://ngdc.cncb.ac.cn/sso/login，点击下图中的“Forgot activate?”，重新激活账号。 • 忘记登陆密码：请打开此链接：https://ngdc.cncb.ac.cn/sso/login，点击下图中的“Forgot password?”，重置账号密码。 • 提示账号已注册：如果注册时提示账号已注册，请打开此链接：https://ngdc.cncb.ac.cn/sso/login，点击下图中的“Forgot password?”，重置账号密码后便可登陆。
如何更换项目基本信息中的联系人信息？项目汇交计划审核通过前，您可随时修改所有信息。项目汇交计划审核通过后至全部信息已归档前，您可点击下图红色圈中的任何一个按键进入浏览页面。然后，通过【更新项目信息】按键，进入项目信息更新界面，修改除“项目资助编号”之外的所有信息，包括联系人信息。全部信息已归档后（状态显示如下图），将无法在进行任何修改。
如何制定与修改汇交计划？汇交计划制定与修改的具体创建详见《SDAS系统使用指南》，简要流程如下： • 新建提交：通过“汇交计划提交入口”开始提交； • 完成项目相关信息填写：主要包括项目负责人、项目联系人、项目基本信息等内容； • 组织课题层完成汇交计划制定并上传：请项目层组织课题层制定并最终形成一份项目汇交计划。 • 更多帮助，如填写示例，详见《国家基因组科学数据中心数据汇交指南》； • 在线签订汇交协议，并提供汇交计划盖中心章文件的邮寄信息：仔细阅读并同意汇交协议；如果希望自取盖章件，请特别注明； • 信息预览，并完成提交：预览并认真核对后，完成提交。请等待系统审核（审核周期1-2工作日）。 • 汇交计划审核情况反馈：如果审核未通过，请通过【制定&修改汇交计划】进入浏览页面进行计划修改。 • 如果审核通过，管理员会在1-2工作日内，为您到寄出盖中心章的汇交计划文件。 • 汇交计划盖中心章文件寄出：汇交计划提交过程正式结束，请记得完成所在单位盖章后，完成“汇交计划的双方公章电子扫描件”上传。
如何提交项目汇交计划的双方公章电子扫描件？ “项目汇交计划的双方公章电子扫描件”上传的具体创建详见《SDAS系统使用指南》，简要流程如下： • 完成汇交计划的双方公章电子扫描件上传，并等待管理员审核：请点击“上传盖双章版汇交计划”完成文件上传（审核周期1-2工作日）。 • 汇交计划的双方公章扫描件审核情况反馈：如果审核未通过，请根据【信息反馈】中的意见，请点击【制定&修改汇交计划】进入浏览页面，进行修改。 • 如果审核通过，建议项目层及时督促课题层，通过数据提交入口（BIG-Sub）进行科学数据提交。

项目汇交计划制定

什么属于科学数据？

国家基因组科学数据中心为协助生物领域国家重点专项项目顺利验收，拟定生物领域科学数据范围如下：

数据类型 描述格式 涉及数据库 组学原始测序数据 各物种组学测序下机数据 Fastq、Bam、10×Genomics、ab1等，查看更多 GSA
GSA-Human 基因组组装数据 全基因组、宏基因组、叶绿体、线粒体组装组装文件格式：fasta
注释文件格式：gff、tbl GWH 核酸序列及其注释数据 病毒、细胞器、质粒和基因片段等核酸序列及其注释数据基因序列文件：fasta
注释文件：gff、tbl、excel
元信息文件：excel GenBase 遗传变异数据 所有物种SNP数据、InDel数据、SNP芯片 vcf、gvcf、hapmap GVM 基因表达数据 表达矩阵、甲基化谱、DNA结合位点、表达芯片等 txt（tab键隔开）、bed等
暂不接收bigwig等二进制数据 OMIX 代谢组数据 代谢组测序及其分析数据测序文件：raw、wiff、mzXML、mzML；
结果文件：Excel、txt等 OMIX 蛋白组测序数据 蛋白组测序及其分析数据测序文件：raw、wiff、mzXML、mzML；
结果文件：Excel、txt等 OMIX 大分子结构数据 电子显微镜数据；蛋白X射线成像数据电子显微镜数据：MRC /Tiff格式；
蛋白三维结构数据：PDB格式 OMIX 核磁共振成像数据 核磁共振生物学或医学成像数据 dicom OMIX 神经系统科学数据 脑电生理数据脑电生理：mat、m格式 OMIX 算法、软件工具 自主开发的生物类算法、软件工具源代码、测试数据集等信息 BioCode 数据库系统 自主开发的生物类数据库系统网址和相关描述信息 Database Commons

请问贵中心数据汇交的具体步骤？

SDAS系统的主要功能？

SDAS系统必须使用项目负责人注册吗？还是项目联系人也可以？

如何更换项目基本信息中的联系人信息？

如何制定与修改汇交计划？

如何提交项目汇交计划的双方公章电子扫描件？

科学数据递交
如何提交数据，应该递交到哪个数据库？数据递交方请通过中心的数据提交入口（BIG-Sub），完成各种类型数据提交。在数据递交如遇问题，请联系对应数据库进行处理。涉及数据库主要数据类型联系方式 GSA 非人类的组学测试下机数据邮箱：gsa@big.ac.cn QQ群：548170081 GSA-Human 人类的组学测试下机数据邮箱：gsa@big.ac.cn QQ群：548170081 OMIX 基因组二级分析数据、代谢组测序数据、蛋白组测序及分析数据、蛋白结构数据、图像数据、芯片数据、其他（脑电生理、流式、临床信息等）邮箱：gsa@big.ac.cn QQ群：516418530 GWH 全基因组、宏基因、质粒、叶绿体、线粒体等组装数据邮箱：gwh@big.ac.cn QQ群：183915274 GenBase 病毒、细胞器、质粒和基因片段等核酸序列及其注释信息邮箱：genbase@big.ac.cn QQ群：629388189 GVM 基因组SNP变异、InDel变异、SNP芯片邮箱：gvm@big.ac.cn QQ群：468638108 BioCode 生物类软件工具和方法邮箱：biocode@big.ac.cn QQ群：537473603 Database Commons 生物类数据库邮箱：databasecommons@big.ac.cn
我作为项目层，下属的课题/子课题都需要提交数据。我们应该使用什么账户，或谁的账号递交数据？关于科学数据递交的账号选择问题，建议谁的数据谁提交，即由产生数据课题（或子课题）自行注册账号后提交数据。如果使用统一账号提交，当数据文件归档中出现问题时，只会通过邮件反馈给提交邮箱。如一一转发，会给账号的管理者带来一定负担。如果不转发，不按照邮件反馈进行相应处理，数据无法完成归档。关于项目层如何了解各课题的提交进度，详见《SDAS系统使用指南》
我什么时候递交数据合适？有没有deadline？项目进入结题验收阶段时，专业机构会通知项目数据汇交凭证提交的截止日期。但是我们不建议结题后再开始提交数据。本中心数据编号被Elsevier、Wiley、Taylor & Francis、Cell及Springer Nature出版集团认可，而且是科技部的人类遗传资源管理办公室指定数据备份平台，即在向科技部申报信息备案前，必须先将数据归档至国家基因组科学数据中心并获得中心分配的备份编号。建议您可以在发文章前提交数据，将编号写在文章中，既发了文章，又完成了任务，如果是人的数据还完成了备案，一举数得。
如何填写和调整国家重点专项项目资助号？请注意，只有正确关联了国家重点专项项目资助号信息的数据集，才会出现在最终的汇交证明中。如果您需要将科学数据提交到组学原始数据归档库（Genome Sequence Archive, GSA）、基因组数据库（Genome Warehouse，GWH）、基因组变异库（Genome Variation Map，GVM）或多元数据归档库（Open Archive for Miscellaneous Data，OMIX），在开始创建数据集前，需要完成BioProject（对研究项目的总体描述）的创建，具体创建步骤详见《生物项目数据库使用说明》，简要流程如下：第1步通过BioProject提交入口，新建BioProject；第2步完成提交者信息（Submitter）填写；；第3步完成基本信息（General）填写：其中项目资助资金来源（Grants）中机构（Agency）请选填Ministry of Science and Technology of the People's Republic of China (MOST) ；项目批准号（Grant ID）：填写正确的项目的编号；第4步完成项目类型（Project type）填写；第5步完成出版信息（Publication）填写；第6步浏览概况信息（Overview）并提交。当BioProject审核通过后（提交状态为Check OK），如下图所示。用户就无法自行修改了。请发邮件至gsa@big.ac.cn或联系QQ工作群548170081，请管理员协助开放编辑权限再进行修改操作。如果您需要将科学数据提交到全球生物数据库目录（Database Commons）或生物工具软件（BioCode），资助信息填写后可以随时进行修改，如遇问题可以联系邮箱，Database Commons：databasecommons@big.ac.cn，BioCode：biocode@big.ac.cn。

科学数据递交

如何提交数据，应该递交到哪个数据库？

数据递交方请通过中心的数据提交入口（BIG-Sub），完成各种类型数据提交。在数据递交如遇问题，请联系对应数据库进行处理。

涉及数据库 主要数据类型 联系方式 GSA 非人类的组学测试下机数据邮箱：gsa@big.ac.cn
QQ群：548170081 GSA-Human 人类的组学测试下机数据邮箱：gsa@big.ac.cn
QQ群：548170081 OMIX 基因组二级分析数据、代谢组测序数据、蛋白组测序及分析数据、蛋白结构数据、图像数据、芯片数据、其他（脑电生理、流式、临床信息等）邮箱：gsa@big.ac.cn
QQ群：516418530 GWH 全基因组、宏基因、质粒、叶绿体、线粒体等组装数据邮箱：gwh@big.ac.cn
QQ群：183915274 GenBase 病毒、细胞器、质粒和基因片段等核酸序列及其注释信息邮箱：genbase@big.ac.cn
QQ群：629388189 GVM 基因组SNP变异、InDel变异、SNP芯片邮箱：gvm@big.ac.cn
QQ群：468638108 BioCode 生物类软件工具和方法邮箱：biocode@big.ac.cn
QQ群：537473603 Database Commons 生物类数据库邮箱：databasecommons@big.ac.cn

我作为项目层，下属的课题/子课题都需要提交数据。我们应该使用什么账户，或谁的账号递交数据？

我什么时候递交数据合适？有没有deadline？

如何填写和调整国家重点专项项目资助号？

项目汇交证明出具
我作为项目层，如何确定下属的课题/子课题已完成提交？如果项目汇交计划的双方公章电子扫描件归档后（完成提交并审核通过），即可开启的实时查询数据提交情况功能，具体创建详见《SDAS系统使用指南》，简要流程如下： • 实时查询与监督数据归档情况：点击【在线查询&出具证明】实时查询数据归档情况。注：系统仅展示关联了“项目资助号”的数据集，未正确填写资助编号的数据集将不会出现在列表中，填写与修改须知详见“如何填写和调整国家重点专项项目资助号？”； • 批量导出数据归档的情况：为方便项目层进行情况反馈，您可以通过“批量导出列表”一键导出数据提交的情况。以下为导出表格样例：表头含有常见问题、可能原因、建议问题处理者、处理方法、数据库联系方式等信息，未归档数据集显示为红字+黄色高亮，方便项目层反馈。
如何在线申请出具验收证明？项目层确定所有数据都已归档，并核对无误后，就可开始在线提交汇交证明出具申请，具体流程详见《SDAS系统使用指南》，简要流程如下： • 在线浏览汇交证明：确定所有数据已递交完成，点击“保存并预览证明”进入下一步； • 在线签订承诺书，提交申请并等待系统审核：仔细阅读并同意《科学数据汇交证明出具承诺书》；如果希望自取盖章件，请特别注明。 • 汇交证明审核情况反馈：如果证明审核未通过，可点击【在线查询&出具证明】进入浏览页面，通过【更新/浏览数据集】重新申请出具汇交证明。如果证明审核通过，盖章版的汇交证明将于1-2工作日内寄出。 • 证明盖章件寄出：证明寄出的同时，您即可通过系统浏览与下载“证明盖章电子扫描件”。