GenBase - Standards

标准

特征注释坐标属性填写提示注释描述下载

特征注释

GenBase xlsx格式的特征表的设计参考了来自NCBI的TBL格式注释。与TBL一致，xlsx格式中对序列的注释遵循INSDC标准。用户可以从表格中不同的特征和修饰符组合中获取提示，包括示例、格式和定义。

坐标

1) 染色体

每个序列的标题，以 Feature 为起始

2) 起始与终止。

每个基因座位在序列中的起始和结束坐标。

坐标必须为整型数字

如果结束坐标大于起始坐标，则认为该特征位于序列的反向链。

3) 完整性

特征是否完整。例如，如果是一个编码基因，该基因的所有CDS特征应该能够被3整除。

如果是不完整的基因座位，标记不完整的方向，可以是5'、3'或两端都有。

属性

1) 特征

坐标范围内特征的名称。

所有可用的特征都列在下拉框中。

坐标范围内的特征名称，我们建议每个编码基因应该具有 [gene] 作为基本单元，即使在某些情况下该特征可以省略。

如果该特征有多个修饰符，则特征列 应该是缺省的 当这些修饰符在特征下列出时，表示这些修饰符属于同一特征块。

2) 特征修饰符

对于特征的多个维度的注释

在选择相应特征后，该特征的所有可用修饰符都会列在下拉框中。

我们希望您能尽可能详细地描述该基因座的特征，即使有时可以省略该位置。

当有多个修饰符时，应列出所有修饰符 在当前声明的特征块内而当前声明的特征只需要声明一次。

3) 特征修饰符的值

在声明相应的修饰符后，用户应填写修饰符的具体内容。

用户可以通过 qualifier hints 来获得所填值期待的内容，包括示例以及描述

填写提示

1) 类型和示例

对于每个修饰符，qualifier hints提供书面建议，包括根据INSDC标准的示例、格式和定义。

[Qualifier hints] 只提供书写建议. 无论里面的内容如何，它 不会影响 格式的验证和格式转换

注释描述

1) 3'UTR

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
1) 成熟转录本的3'末端（遵循终止密码子），不被翻译成蛋白质；2) RNA病毒的3'末端（遵循最后一个终止密码子），不被翻译成蛋白质；	3'UTR	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		standard_name	文本
		trans_splicing	布尔变量

2) 5'UTR

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
1) 成熟转录本的5'端区域（在起始密码子之前），不被翻译成蛋白质；2) RNA病毒基因组的5'端区域（在第一个起始密码子之前），不被翻译成蛋白质；	5'UTR	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		standard_name	文本
		trans_splicing	布尔变量

3) CDS

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
编码序列；核苷酸序列，与蛋白质中的氨基酸序列相对应（位置包括终止密码子）；该特征包括氨基酸的概念翻译。	CDS	artificial_location	对应的artificial_location值	/codon_start 可以取值为1、2或3，表示编码特征的第一个完整密码子相对于该特征的第一个碱基的偏移；/transl_table 定义除了通用遗传密码表之外使用的遗传密码表；指定表范围之外的遗传密码异常将在/transl_except限定符中报告；/protein_id 由稳定的ID部分组成（从2018年底开始，新的访问可以扩展到3+7的访问格式，其中有3个位置字母和7个数字；2018年底之前的现有数据使用3+5的格式）加上小数点后的版本号；当由CDS编码的蛋白质序列发生变化时，仅递增/protein_id值的版本号；/protein_id值的稳定部分保持不变，因此将永远与给定的蛋白质相关联；
		circular_RNA	布尔变量
		citation	数字
		codon_start	只能是1，2或者3
		db_xref	数据库引用标识
		EC_number	文本
		exception	exception的值
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		number	number的值
		old_locus_tag	文本
		operon	文本
		product	文本
		protein_id	对应的id标识
		pseudo	布尔变量
		pseudogene	TYPE
		ribosomal_slippage	布尔变量
		standard_name	文本
		translation	文本
		transl_except	可以是坐标或者氨基酸
		transl_table	整型数字
		trans_splicing	布尔变量

4) C_region

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
免疫球蛋白轻链和重链，以及T细胞受体α、β和γ链的常量区域；根据特定链的不同，可能包含一个或多个外显子。	C_region	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		product	文本
		pseudo	布尔变量
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

5) D-loop

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
位移环；在线粒体DNA内的一个区域，在该区域内，一小段RNA与DNA的一条链配对，将该区域内的原始伙伴DNA链置换掉；也用于描述双链DNA的一条链的某个区域被RecA蛋白催化的单链侵入体所置换。	D-loop	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本

6) D_segment

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
免疫球蛋白重链和T细胞受体β链的多样性片段；	D_segment	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		product	文本
		pseudo	文本
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

7) J_segment

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
免疫球蛋白轻链和重链，以及T细胞受体α、β和γ链的连接段；	J_segment	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		product	文本
		pseudo	文本
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

8) N_region

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
重排的免疫球蛋白基因片段之间插入的额外核苷酸。	N_region	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		product	文本
		pseudo	文本
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

9) STS

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
序列标记位点；短的、单拷贝的DNA序列，用于表征基因组上的一个测序标记点，并可通过PCR检测；可以通过确定一系列STS的顺序来绘制基因组的区域。	STS	allele	文本	STS location to include primer(s) in primer_bind key or primers.
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		standard_name	文本

10) S_region

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
免疫球蛋白重链的切换区；参与重链DNA的重新排列，导致来自同一B细胞的不同免疫球蛋白类别的表达；	S_region	allele	文本	序列标记位点（STS）的位置，包括引物（们）在primer_bind关键字或引物中。
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		product	文本
		pseudo	文本
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

11) V_region

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
免疫球蛋白轻链和重链，以及T细胞受体α、β和γ链的可变区域；编码可变氨基末端部分；可以由V段、D段、N区和J段组成。	V_region	allele	文本	STS位置包括引物，将引物包含在primer_bind键或引物中。
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		product	文本
		pseudo	文本
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

12) V_segment

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
可变段是免疫球蛋白轻链和重链，以及T细胞受体α、β和γ链的可变段；编码大部分可变区域（V_region）和引导肽的最后几个氨基酸。	V_segment	allele	文本	TS位置用于在primer_bind键或引物中包含引物。
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		product	文本
		pseudo	文本
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

13) assembly_gap

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
基因组或转录组装中两个组件之间的间隙；	assembly_gap	（必填）estimated_length	unknown 或者整型数字	未知间隙的assembly_gap功能的位置跨度必须由提交者指定；指定的间隙长度必须合理（小于或等于1000），并且将在序列中表示为 "n"。然而，在单个转录组记录中，assembly_gap的estimated_length值必须是整数，不能是 "unknown"。
		(Mandatory) gap_type	is "within scaffold", "repeat within scaffold" or "contamination". If there are multiple types of linkage_evidence they will appear as multiple
		（必填） gap_type	是 "within scaffold"，"repeat within scaffold" 或 "contamination"。如果存在多种类型的linkage_evidence，它们将显示为多个。

14) centromere

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
作为一个实验上已经鉴定的生物学特征区域，通常被称为一个着丝点；	centromere	citation	数字	着丝点特征描述了DNA的区间，对应于染色质被保持和形成着丝粒的区域。
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		note	文本
		standard_name	文本

15) exon

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
基因组中编码剪接mRNA、rRNA和tRNA部分的区域；可能包含5'UTR、所有CDS和3'UTR；	exon	allele	文本	STS的坐标，包括引物在primer_bind键或引物中的使用。
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		EC_number	文本
		experiment	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		number	unquoted text (single token)
		old_locus_tag	文本
		product	文本
		pseudo	文本
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本
		trans_splicing	布尔变量

16) gap

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
序列中的间隙（gap）	gap	experiment	文本	未知间隙的间隙特征的位置跨度为100个碱基对，用100个“n”在序列中表示。当由整数指示估计的长度时，序列中的“n”的数量相同。对间隙的大小没有上限或下限。
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		map	文本
		note	文本

17) gene

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
被鉴定为基因并分配了名称的生物学兴趣区域；	gene	allele	文本	基因特征描述了对应于遗传特征或表型的DNA区间；该特征定义上并不严格限定在其端点的位置；它旨在表示基因所在的区域。
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		operon	文本
		product	文本
		pseudo	文本
		pseudogene	TYPE
		phenotype	文本
		standard_name	文本
		trans_splicing	布尔变量

18) iDNA

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
干扰性DNA；通过多种重组方式之一消除的DNA；	iDNA	allele	文本	例如，在免疫球蛋白基因的体细胞处理中。
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		number	number的值
		old_locus_tag	文本
		standard_name	文本

19) intron

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
被转录的DNA片段，但通过将序列剪接在一起从转录本中去除。	intron	allele	文本	例如，在免疫球蛋白基因的体细胞处理中。
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		number	number的值
		old_locus_tag	文本
		pseudo	文本
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本
		trans_splicing	布尔变量

20) mRNA

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
信使RNA；包括5'未翻译区域（5'UTR）、编码序列（CDS，外显子）和3'未翻译区域（3'UTR）；	mRNA	allele	文本	NA
		artificial_location	对应的artificial_location值
		circular_RNA	布尔变量
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		operon	文本
		product	文本
		pseudo	文本
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本
		trans_splicing	布尔变量

21) mat_peptide

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
成熟肽或蛋白质编码序列；成熟或最终肽或蛋白质产物的编码序列，经过翻译后修饰；该位置不包括终止密码子（与相应的CDS不同）；	mat_peptide	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		EC_number	文本
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		product	文本
		pseudo	文本
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

22) misc_RNA

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
任何不能通过其他RNA关键字（prim_transcript、precursor_RNA、mRNA、5'UTR、3'UTR、exon、CDS、sig_peptide、transit_peptide、mat_peptide、intron、polyA_site、ncRNA、rRNA和tRNA）定义的转录本或RNA产物；	misc_RNA	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		EC_number	文本
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		operon	文本
		product	文本
		pseudo	文本
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本
		trans_splicing	布尔变量

23) misc_binding

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
在核酸中共价或非共价结合另一部分的位点，不能用任何其他结合关键字（primer_bind或protein_bind）描述。	misc_binding	allele	文本	请注意，具有/regulatory_class="ribosome_binding_site"的特征键应用于核糖体结合位点。
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本

24) misc_difference

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
特征序列与条目中呈现的不同，并且不能用任何其他差异关键字（old_sequence、variation或modified_base）描述。	misc_difference	allele	文本	应使用misc_difference特征键来描述由基因操纵引起的可变性（例如，定点突变）；使用/replace=""注释删除，例如misc_difference 412..433 /replace=""
		citation	数字
		clone	文本
		compare	[核酸版本号.对应序列版本]
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		phenotype	文本
		replace	文本
		standard_name	文本

25) misc_feature

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
生物学上感兴趣的区域，不能用现有的关键字描述；一种新的或罕见的特征；	misc_feature	allele	文本	当仅需要标记区域以进行评论或在另一个特征的位置使用时，不应使用此关键字。
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		number	number的值
		old_locus_tag	文本
		phenotype	文本
		product	文本
		pseudo	文本
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

26) misc_recomb

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
任何广义、位点特异性或复制重组事件的位点，在该事件中，双链DNA发生断裂和重联，无法用其他重组关键字或源关键字的限定符（/proviral）描述。	misc_recomb	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		recombination_class	TYPE
		standard_name	文本

27) misc_structure

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
任何不能通过其他结构关键字（stem_loop和D-loop）描述的二级或三级核苷酸结构或构象。	misc_structure	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		standard_name	文本

28) mobile_element

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
包含移动元件的基因组区域；	mobile_element	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		rpt_family	文本
		rpt_type	文本
		standard_name	文本

29) modified_base

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
指定的核苷酸为A，应该由指定的分子（在mod_base限定符值中给出）替代。	modified_base	allele	文本	该值受限于修改碱基缩写的受限词汇。
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		frequency	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本

30) ncRNA

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
非蛋白质编码基因的RNA转录本（除了核糖体RNA和转运分子外）。	ncRNA	allele	文本	ncRNA特征不应该应用于核糖体和转运RNA的注释，而是应该使用rRNA和tRNA特征；
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		operon	文本
		product	文本
		pseudo	文本
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本
		trans_splicing	布尔变量
		ncRNA_class	TYPE

31) old_sequence

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
现有的序列修订了此坐标序列的先前版本。	old_sequence	allele	文本	/replace=""用于注释删除，例如old_sequence 12..15 /replace="" 注意：此特征键在从2007年10月15日创建的条目/记录中无效。
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		replace	文本

32) operon

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
包含转录本的区域，包括一簇受相同调控序列/启动子控制并处于同一生物途径中的基因。	operon	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		map	文本
		note	文本
		phenotype	文本
		pseudo	布尔变量
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

33) oriT

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
转移起源；在共轭或动员过程中，转移被启动的DNA分子的区域。	oriT	allele	文本	rep_origin应用于复制起始；/direction的值应该是：RIGHT、LEFT和BOTH之一，但在与oriT特征一起使用时，只有RIGHT和LEFT是有效的；转移起源可以存在于染色体中；质粒可以包含多个转移起源。
		bound_moiety	文本
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		direction	value
		experiment	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		rpt_family	文本
		rpt_type	重复类型
		rpt_unit_range	一个整型的坐标区域
		rpt_unit_seq	TYPE
		standard_name	文本

34) polyA_site

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
RNA转录本上的位点，将在转录后添加多聚腺苷酸。	polyA_site	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本

35) precursor_RNA

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
任何尚未成熟的RNA产物；可能包括ncRNA、rRNA、tRNA、5'未翻译区域（5'UTR）、编码序列（CDS，外显子）、干预序列（intron）和3'未翻译区域（3'UTR）；	precursor_RNA	allele	文本	用于可能是后转录处理的RNA；如果所讨论的RNA已知未经过处理，请使用prim_transcript关键字。
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		operon	文本
		product	文本
		standard_name	文本
		trans_splicing	布尔变量

36) prim_transcript

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
初级（初始，未处理）转录本；可能包括ncRNA、rRNA、tRNA、5'未翻译区域（5'UTR）、编码序列（CDS，外显子）、干预序列（intron）和3'未翻译区域（3'UTR）；	prim_transcript	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		operon	文本
		standard_name	文本

37) primer_bind

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
用于启动转录或反转录的非共价引物结合位点；包括合成引物元素的位点（例如PCR引物）。	primer_bind	allele	文本	用于注释引物分子结合的给定序列上的位点 - 不打算表示引物分子本身的序列；PCR组分和反应时间可能存储在"/PCR_conditions"限定符下；由于PCR反应通常涉及引物对，一个单一的primer_bind关键字可以出现两次。
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		standard_name	文本
		PCR_conditions	文本

38) propeptide

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
前体蛋白编码序列；前体蛋白领域的编码序列，该领域被切割形成成熟的蛋白产物。	propeptide	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		product	文本
		pseudo	布尔变量
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

39) protein_bind

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
核酸上的非共价蛋白结合位点；	protein_bind	allele	文本	具有/regulatory_class="ribosome_binding_site"的regulatory特征键应用于核糖体结合位点。
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		operon	文本
		standard_name	文本

40) rRNA

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
成熟的核糖体RNA；核糖核蛋白颗粒（核糖体）的RNA组分，将氨基酸组装成蛋白质。	rRNA	allele	文本	rRNA结合物应使用/product限定符进行注释。
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		operon	文本
		product	文本
		pseudo	布尔变量
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

41) regulatory

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
可以是序列的任何区域，调控子在转录、翻译、复制或染色质结构的调控中发挥功能；	regulatory	allele	文本	在2014年12月15日，此特征已替代以下特征键：enhancer、promoter、CAAT_signal、TATA_signal、-35_signal、-10_signal、RBS、GC_signal、polyA_signal、attenuator、terminator、misc_signal。
		bound_moiety	文本
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		operon	文本
		phenotype	文本
		pseudo	布尔变量
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

42) repeat_region

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
包含重复单元的基因组区域；	repeat_region	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		rpt_family	文本
		rpt_type	重复类型
		rpt_unit_range	一个整型的坐标区域
		rpt_unit_seq	TYPE
		satellite	<satellite_type>[:<class>][ <identifier>]
		standard_name	文本

43) sig_peptide

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
信号肽编码序列；编码分泌蛋白的N端区域的编码序列；该区域参与将新生多肽附着到膜的信号序列。	sig_peptide	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		product	文本
		pseudo	布尔变量
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

44) stem_loop

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
发夹结构；由RNA或DNA单链中相邻（反向）互补序列之间的碱基配对形成的双螺旋区域。	stem_loop	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		operon	文本
		standard_name	文本

45) tRNA

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
成熟的转运RNA，是一种小的RNA分子（75-85个碱基长），介导将核酸序列翻译成氨基酸序列；	tRNA	allele	文本	NA
		anticodon	可以是坐标、或者文本
		circular_RNA	布尔变量
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		operon	文本
		product	文本
		pseudo	布尔变量
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本
		trans_splicing	文本

46) telomere

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
已经通过实验验证过的端粒区域	telomere	citation	数字	端粒特征描述了对应于线性真核染色体末端的特定结构的DNA区间，该结构对于维持末端的完整性和稳定性是必需的；这个区域与染色体的其余部分是唯一的，并代表染色体的物理末端；
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		note	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		rpt_type	重复类型
		rpt_unit_range	一个整型的坐标区域
		rpt_unit_seq	TYPE
		standard_name	文本

47) tmRNA

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
转移信使RNA；tmRNA首先充当tRNA，然后充当编码肽标签的mRNA；核糖体翻译tmRNA的这个mRNA区域，并将编码的肽标签附加到未完成蛋白质的C-端；附加的标签使蛋白质成为破坏或蛋白质解离的目标；	tmRNA	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		product	文本
		pseudo	布尔变量
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本
		tag_peptide	一个整型的坐标区域

48) transit_peptide

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
过渡肽编码序列；核编码的细胞器蛋白质的N端区域的编码序列；该区域参与蛋白质的后转录导入到细胞器中；	transit_peptide	allele	文本	NA
		citation	数字
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		function	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		product	文本
		pseudo	布尔变量
		pseudogene	TYPE
		standard_name	文本

49) unsure

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
不确定的小区域，通常长度为10或更短。区域可能包含已知的碱基（A、T、G或C），或者是与未知碱基（'N'）的混合。在注释基因组组装中的缺失时，请勿使用unsure特征，而应该使用assembly_gap特征。对于非已组装基因组序列中的间隙的注释，请使用gap特征。	unsure	allele	文本	use /replace="" 去注释缺失区域，例如 unsure 11..15 /replace=""
		citation	数字
		compare	[核酸版本号.对应序列版本]
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		replace	文本

50) variation

定义	特征注释	特征注释修饰符	类型	备注
相关菌株包含与同一基因相关的稳定突变（例如，RFLPs、多态性等），这些突变与此位置的呈现序列不同（可能还有其他位置）。	variation	allele	文本	用于描述等位基因、RFLP和其他自然发生的突变和多态性；由于基因操作而引起的变异（例如，定点突变）应使用misc_difference特征进行描述；使用/replace=""对删除进行注释，例如variation 4..5 /replace=""。
		citation	数字
		compare	[核酸版本号.对应序列版本]
		db_xref	数据库引用标识
		experiment	文本
		frequency	文本
		gene	文本
		gene_synonym	文本
		inference	证据来源，推荐参阅(https://www.insdc.org/submitting-standards/inference-qualifiers/)
		locus_tag	文本
		map	文本
		note	文本
		old_locus_tag	文本
		phenotype	文本
		product	文本
		replace	布尔变量
		standard_name	文本

下载

请下载注释标准