GenBase - Documentation

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概述

生物数据递交系统 (BIG Sub) 是国家基因组科学数据中心生物数据统一汇交入口，为用户提供一站式数据递交服务。您可以使用这项服务提交原始组学序列、基因组组装、核苷酸序列、目标基因组装和注释序列，和登记项目和样本元信息。GenBase数据库存储包括核酸、蛋白序列及其注释信息。点击这里查阅GenBase提交系统使用指南。GenBase仅供学术使用。任何商业用途，请联系我们获取商业许可条款。

登录BIG Sub

点击 BIG Sub里的登录按钮, 输入用户名和密码进行登录. 如果您还没有相关账户，请点击注册按钮进行创建。建议使用实验室公共邮箱进行注册。
如果您过去曾使用过一个账户，但现在已看不到以前提交的内容, 请联系我们 genbase@big.ac.cn 协助您查看账户。
– 建议使用Firefox/Google Chrome浏览器, 其他浏览器可能存在未知错误。
– 激活登录系统后,使用生物数据递交系统 (BIG Sub) 并按照步骤完成提交。

图1. BIG Sub创建账户页面

创建一个GenBase提交任务

进入GenBase提交系统

a) 点击BIG Sub里的GenBase进入GenBase提交系统。

图2. 从BIG Sub中进入GenBase提交系统

b) 或点击数据提交进入GenBase提交系统

图3. 从GenBase数据库进入GenBase提交系统

准备提交文件

a) 开始GenBase提交任务前，请准备好以下信息：

    1. 常规信息：联系方式，作者信息，出版信息，数据发布日期等
    2. 数据提交类型:
        o 原始或第三方组装/注释
        o 为同一基因座的多个序列集（如适用）
        o 分子类型
    3. FASTA格式的核苷酸序列
    4. 物种名
    5. 数据源信息, 比如分离，菌株，收集日期，国家等
    6. 特征注释, 比如CDS, 转运RNA, 非编码RNA, 基因等

b) 准备FASTA格式的序列文件:

FASTA文件，可包含一条或多条序列。请使用FASTA格式，以">"开头的定义行开始，然后是序列行。最简单的定义行需要">"符号和一个sequence_ID。
例如:
>Seq1 [organism=Homo Sapiens] Definition Line for Seq1
aaccgatatagagagagga
>Seq2 [organism=Homo Sapiens] Definition Line for Seq2
atctgaatagagattattt

所有序列文件必须是纯文本，只能使用 ASCII 字符。序列应使用 IUPAC 编码。

c) 准备Source Modifiers文件:

    1. Source Modifiers是序列提交的必填部分之一，请使用受控词汇来描述您获得样本的方式、时间和地点。您还可以使用如分离物、克隆、菌株或标本凭证等来源修饰词对来自同一生物体的样本进行唯一标识。
    2. 您将被要求根据生物体信息提供某些来源修饰词的值。您还可以添加其他修饰词。
    3. 上传GenBase_Modifiers.xlsx文件完成Source Modifiers提交。

图4. 填写Source Modifiers表

d) 准备针对您提交序列的特征注释文件:

    1. 对于简单注释 (比如同一特征适用于所有序列), 直接填写GenBase_Features.xlsx文件上传。
    2. 对于复杂注释, 准备五列制表符分隔的特征注释文件上传(TBL格式)。
    3. 根据您提交的序列提供特征区间。对于蛋白质编码序列，请注释序列上的编码区 (CDS)，无论它们是部分的还是完整的。
    请注意！如果不提供完整的特征注释，可能会导致收录编号的延期分配和处理。