Basic information
Locus name	LOC_Os02g07890
Organism	Rice (Oryza sativa)
Taxonomic identifier	[NCBI]
Function category	Environmental factors:Protein biosynthesis
Effect for Senescence	Unclear
Gene Description	Expressed protein, structural constituent of ribosome
Evidence	Molecular evidence: SSH, Northern blot and RT-PCR [Ref 1]
References	1: Liu L, Zhou Y, Zhou G, Ye R, Zhao L, Li X, Lin Y Identification of early senescence-associated genes in rice flag leaves. Plant Mol. Biol. 2008 May;67(1-2):37-55
Gene Ontology	biological process translation cellular component intracellular molecular function structural constituent of ribosome
Sequence	LOC_Os02g07890.1 | Genomic | mRNA | CDS | Protein
miRNA Interaction
Details	target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR1848 miRNA: osa-miR1848 mfe: -34.9 kcal/mol  p-value: 0.005404  position:  88  target 5' C   G  A         C   C 3'             GCG GC CGUGUCGGC GGG              CGU CG GCGCGGCCG UCC   miRNA  3' A   G  C         C     5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR1848 miRNA: osa-miR1848 mfe: -36.7 kcal/mol  p-value: 0.002724  position:  313  target 5' G                A   C 3'             GCGC CG GCGCCGGC AGG              CGUG GC CGCGGCCG UCC   miRNA  3' A    C  G        C     5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395a miRNA: osa-miR395a mfe: -28.7 kcal/mol  p-value: 0.013396  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUCG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395b miRNA: osa-miR395b mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.020097  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395d miRNA: osa-miR395d mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.025037  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395e miRNA: osa-miR395e mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.024083  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395g miRNA: osa-miR395g mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.025059  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395h miRNA: osa-miR395h mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.022722  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395i miRNA: osa-miR395i mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.022998  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395j miRNA: osa-miR395j mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.020256  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395k miRNA: osa-miR395k mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.025171  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395l miRNA: osa-miR395l mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.026858  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395m miRNA: osa-miR395m mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.026113  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395n miRNA: osa-miR395n mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.023321  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395p miRNA: osa-miR395p mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.025832  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395q miRNA: osa-miR395q mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.022315  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395r miRNA: osa-miR395r mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.022228  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'  target: LOC_Os02g07890  miRNA: osa-miR395s miRNA: osa-miR395s mfe: -26.2 kcal/mol  p-value: 0.024156  position:  193  target 5' A   A  A       U      G 3'             AGU CC CCCGGGC ACUUCG              UCA GG GGGUUUG UGAAGU   miRNA  3' C   A                 G 5'
Ortholog Group
Ortholog Groups: OG5_127016	Accession Taxon NP_173743 Arabidopsis thaliana NP_177217 Arabidopsis thaliana CMD140C Cyanidioschyzon merolae strain 10D 155455 Chlamydomonas reinhardtii NP_113500 Guillardia theta ACO62793 Micromonas sp. RCC299 NP_001046056 ( LOC_Os02g07890 ) Oryza sativa Japonica Group NP_001050337 Oryza sativa Japonica Group NP_001060254 Oryza sativa Japonica Group estExt_fgenesh1_pg.C_Chr_15.00010087 Ostreococcus tauri e_gw1.4.174.1 Physcomitrella patens subsp. patens estExt_Genewise1.C_1540071 Physcomitrella patens subsp. patens estExt_Genewise1.C_80010 Physcomitrella patens subsp. patens estExt_fgenesh1_kg.C_570003 Physcomitrella patens subsp. patens estExt_fgenesh1_pg.C_4000015 Physcomitrella patens subsp. patens estExt_gwp_gw1.C_770106 Physcomitrella patens subsp. patens 27504.m000641 Ricinus communis 30147.m013882 Ricinus communis estExt_gwp_gw1.C_chr_20774 Thalassiosira pseudonana CCMP1335 XP_002956593 Volvox carteri f. nagariensis
Cross Link
Database Entry ID E-value Start End InterPro ID Description PANTHER PTHR11721 8.1E-97 2 144 No hit NA SUPERFAMILY SSF52080 1.2E-35 6 143 IPR021131 Ribosomal protein L18e/L15P Pfam PF00828 2.0E-33 20 142 IPR021131 Ribosomal protein L18e/L15P ProSitePatterns PS00475 NA 105 137 IPR001196 Ribosomal protein L15, conserved site