Basic information
Locus name	LOC_Os03g53230
Organism	Rice (Oryza sativa)
Taxonomic identifier	[NCBI]
Function category	Others:Energe
Effect for Senescence	Unclear
Gene Description	Bifunctional 3′-phosphoadenosine 5′-phosphosulfate synthethase, putative
Evidence	Molecular evidence: SSH, Northern blot and RT-PCR [Ref 1]
References	1: Liu L, Zhou Y, Zhou G, Ye R, Zhao L, Li X, Lin Y Identification of early senescence-associated genes in rice flag leaves. Plant Mol. Biol. 2008 May;67(1-2):37-55
Gene Ontology	biological process sulfate assimilation molecular function sulfate adenylyltransferase (ATP) activity
Pathway	KEGG map00230 (EC 2.7.7.4) map00450 (EC 2.7.7.4) map00920 (EC 2.7.7.4) MetaCyc PWY-5278 Reactome REACT_13433
Sequence	LOC_Os03g53230.1 | Genomic | mRNA | CDS | Protein
miRNA Interaction
Details	target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR1848 miRNA: osa-miR1848 mfe: -41.6 kcal/mol  p-value: 0.001728  position:  324  target 5' G                    G 3'             GCGC CG GCGCCGGUGAGG              CGUG GC CGCGGCCGCUCC   miRNA  3' A    C  G              5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2096-5p miRNA: osa-miR2096-5p mfe: -35.8 kcal/mol  p-value: 0.004182  position:  413  target 5' A      C        G U   G 3'             GCCCGA GGGGGGAG C GGU              CGGGCU CCCCCUUU G CCG   miRNA  3' G               A     U 5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2096-5p miRNA: osa-miR2096-5p mfe: -37.7 kcal/mol  p-value: 0.002152  position:  446  target 5' U   G    A      G     G 3'             GCC GAGG GGGAGG CGGCG              CGG CUCC CCCUUU GCCGU   miRNA  3' G   G           A       5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2118a miRNA: osa-miR2118a mfe: -28.9 kcal/mol  p-value: 0.023841  position:  451  target 5' G        A     G      G 3'             AGGAG GG GGGCG CGGGAG              UCCUU CC UCCGU GCUCUU   miRNA  3' A     A  C     A        5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2118b miRNA: osa-miR2118b mfe: -31.9 kcal/mol  p-value: 0.010837  position:  451  target 5' G        A     G      G 3'             AGGAG GG GGGCG CGGGAG              UCCUU CC UCCGU GCCCUU   miRNA  3' A     A  C     A        5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2118c miRNA: osa-miR2118c mfe: -29.1 kcal/mol  p-value: 0.020725  position:  451  target 5' G        A     G      G 3'             AGGAG GG GGGCG CGGGAG              UCCUU UC UCCGU GCCCUU   miRNA  3' A     A  C     A        5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2118f miRNA: osa-miR2118f mfe: -29.7 kcal/mol  p-value: 0.020804  position:  451  target 5' G        A     G      G 3'             AGGAG GG GGGCG CGGGAG              UCCUU CC UCCGU GUCCUU   miRNA  3' A     A  C     A        5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2118h miRNA: osa-miR2118h mfe: -27.3 kcal/mol  p-value: 0.038561  position:  451  target 5' G        A     G      G 3'             AGGAG GG GGGCG CGGGAG              UCCUU CU UCCGU GUCCUU   miRNA  3' A     A  C     A        5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2118j miRNA: osa-miR2118j mfe: -29.7 kcal/mol  p-value: 0.018652  position:  451  target 5' G        A     G      G 3'             AGGAG GG GGGCG CGGGAG              UCCUU CC UCCGU GUCCUU   miRNA  3' A     A  C     A        5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2118k miRNA: osa-miR2118k mfe: -27.3 kcal/mol  p-value: 0.043958  position:  451  target 5' G        A     G      G 3'             AGGAG GG GGGCG CGGGAG              UCCUU CU UCCGU GUCCUU   miRNA  3' A     A  C     A        5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2118m miRNA: osa-miR2118m mfe: -29.7 kcal/mol  p-value: 0.019090  position:  451  target 5' G        A     G      G 3'             AGGAG GG GGGCG CGGGAG              UCCUU CC UCCGU GUCCUU   miRNA  3' A     A  C     A        5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2118n miRNA: osa-miR2118n mfe: -31.9 kcal/mol  p-value: 0.007768  position:  451  target 5' G        A     G      G 3'             AGGAG GG GGGCG CGGGAG              UCCUU CC UCCGU GCCCUU   miRNA  3' A     A  C     A        5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2118q miRNA: osa-miR2118q mfe: -29.1 kcal/mol  p-value: 0.017643  position:  451  target 5' G        A     G      G 3'             AGGAG GG GGGCG CGGGAG              UCCUU UC UCCGU GCCCUU   miRNA  3' A     A  C     A        5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2864 miRNA: osa-miR2864 mfe: -24.8 kcal/mol  p-value: 0.159038  position:  544  target 5' G   U    G       G     C 3'             UGC GAGC AAGGGUG GCGAG              ACG UUUG UUCCCGU CGUUU   miRNA  3'     U                  U 5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2864 miRNA: osa-miR2864 mfe: -24.9 kcal/mol  p-value: 0.153355  position:  507  target 5' G       U     G       A 3'             GUGAGGC GGGGC GGUGGAG              CGUUUUG UCCCG UCGUUUU   miRNA  3' A       U               5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR2864 miRNA: osa-miR2864 mfe: -23.4 kcal/mol  p-value: 0.037919  position:  1360  target 5' G             U  U  U 3'             ACCUGUAUGAUGC GA CA              UGGAUAUGUUACG UU GU   miRNA  3' A             U  U  U 5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395a miRNA: osa-miR395a mfe: -42.3 kcal/mol  p-value: 0.000108  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUCGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395b miRNA: osa-miR395b mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000113  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395c miRNA: osa-miR395c mfe: -40.8 kcal/mol  p-value: 0.000028  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGAGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395d miRNA: osa-miR395d mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000193  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395e miRNA: osa-miR395e mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000234  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395f miRNA: osa-miR395f mfe: -33.9 kcal/mol  p-value: 0.001407  position:  594  target 5' C               C     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCA UUCAU              CUCAAGGGGGUUUGU AAGUG   miRNA  3'                 U       5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395g miRNA: osa-miR395g mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000142  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395h miRNA: osa-miR395h mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000142  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395i miRNA: osa-miR395i mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000133  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395j miRNA: osa-miR395j mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000073  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395k miRNA: osa-miR395k mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000173  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395l miRNA: osa-miR395l mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000206  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395m miRNA: osa-miR395m mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000294  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395n miRNA: osa-miR395n mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000133  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395o miRNA: osa-miR395o mfe: -40.5 kcal/mol  p-value: 0.000004  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGAGGUUUGUGAAGUA   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395p miRNA: osa-miR395p mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000146  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395q miRNA: osa-miR395q mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000288  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395r miRNA: osa-miR395r mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000153  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395s miRNA: osa-miR395s mfe: -39.9 kcal/mol  p-value: 0.000133  position:  594  target 5' C                     U 3'             GAGUUCCUCCAAGCACUUCAU              CUCAAGGGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'                         5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395t miRNA: osa-miR395t mfe: -33.1 kcal/mol  p-value: 0.001009  position:  594  target 5' C     C               U 3'             GAGUU CUCCAAGCACUUCAU              CUCAA GGGGUUUGUGAAGUG   miRNA  3'       A                 5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR395u miRNA: osa-miR395u mfe: -29.2 kcal/mol  p-value: 0.024401  position:  594  target 5' C  G           A      U 3'             GA UUCCUCCAAGC CUUCAU              CU AAGGGGGUUUG GAAGUG   miRNA  3'    A           C        5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR530-5p miRNA: osa-miR530-5p mfe: -29.6 kcal/mol  p-value: 0.010243  position:  385  target 5' G                   A 3'             GGGUG AGGUGCAGG GCG              UCCAC UCCACGUUU CGU   miRNA  3' A     G         A     5'  target: LOC_Os03g53230  miRNA: osa-miR531b miRNA: osa-miR531b mfe: -33.1 kcal/mol  p-value: 0.048611  position:  556  target 5' G    G  G     G U     G 3'             GGUG GC AGCCC C GCGAG              CCGU CG UCGGG G CGCUC   miRNA  3' G    G          C       5'
Ortholog Group
Ortholog Groups: OG5_127271	Accession Taxon NP_179082 Arabidopsis thaliana NP_187040 Arabidopsis thaliana NP_188929 Arabidopsis thaliana NP_193204 Arabidopsis thaliana NP_195704 Arabidopsis thaliana NP_199191 Arabidopsis thaliana NP_564099 Arabidopsis thaliana NP_569050 Arabidopsis thaliana CMB151C Cyanidioschyzon merolae strain 10D CMS096C Cyanidioschyzon merolae strain 10D 184419 Chlamydomonas reinhardtii ACO68301 Micromonas sp. RCC299 NP_001051234 ( LOC_Os03g53230 ) Oryza sativa Japonica Group NP_001060064 Oryza sativa Japonica Group NP_001068326 Oryza sativa Japonica Group estExt_genewise1.C_Chr_09.00010262 Ostreococcus tauri e_gw1.166.13.1 Physcomitrella patens subsp. patens e_gw1.245.42.1 Physcomitrella patens subsp. patens e_gw1.3146.1.1 Physcomitrella patens subsp. patens e_gw1.331.11.1 Physcomitrella patens subsp. patens e_gw1.49.181.1 Physcomitrella patens subsp. patens estExt_Genewise1.C_3360018 Physcomitrella patens subsp. patens estExt_gwp_gw1.C_160165 Physcomitrella patens subsp. patens 29661.m000920 Ricinus communis 29812.m000192 Ricinus communis 29844.m003210 Ricinus communis 29950.m001128 Ricinus communis 30170.m014166 Ricinus communis e_gw1.6.527.1 Thalassiosira pseudonana CCMP1335 estExt_thaps1_ua_kg.C_chr_130130 Thalassiosira pseudonana CCMP1335
Cross Link
Database Entry ID E-value Start End InterPro ID Description PANTHER PTHR24799 0.0 2 477 No hit NA SUPERFAMILY SSF88697 2.5E-41 58 232 IPR015947 PUA-like domain Pfam PF14306 6.4E-37 59 226 IPR025980 ATP-sulfurylase PUA-like domain TIGRFAM TIGR00339 7.5E-126 61 457 IPR002650 Sulphate adenylyltransferase Pfam PF01747 2.4E-66 235 459 IPR024951 Sulphate adenylyltransferase catalytic domain SUPERFAMILY SSF52374 1.5E-72 236 459 No hit NA