Basic information
Locus name	LOC_Os05g02500
Organism	Rice (Oryza sativa)
Taxonomic identifier	[NCBI]
Function category	Transcription regulation:MKP
Effect for Senescence	Unclear
Gene Description	MAP kinase phosphatase, putative, expressed
Evidence	Molecular evidence: SSH/Northern blot/RT-PCR [Ref 1]
References	1: Liu L, Zhou Y, Zhou G, Ye R, Zhao L, Li X, Lin Y Identification of early senescence-associated genes in rice flag leaves. Plant Mol. Biol. 2008 May;67(1-2):37-55
Gene Ontology	biological process dephosphorylation protein dephosphorylation molecular function protein tyrosine phosphatase activity protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity
Sequence	LOC_Os05g02500.1 | Genomic | mRNA | CDS | Protein
miRNA Interaction
Details	target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR1318 miRNA: osa-miR1318 mfe: -26.4 kcal/mol  p-value: 0.022316  position:  692  target 5' U     C        G      G 3'             GUCGG U UCGUUU UCCUGA              CAGCC A AGUAGA AGGACU   miRNA  3'         C      G        5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR160a miRNA: osa-miR160a mfe: -32.6 kcal/mol  p-value: 0.029373  position:  811  target 5' A  A            A    G 3'             GG CGU CAGGGAGC GGGU              CC GUA GUCCCUCG UCCG   miRNA  3' A      U        G    U 5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR160a miRNA: osa-miR160a mfe: -33.2 kcal/mol  p-value: 0.024291  position:  293  target 5' C        C      A     G 3'             GGCG GCG GGGGGC GGGCA              CCGU UGU CCCUCG UCCGU   miRNA  3' A    A          G       5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR160b miRNA: osa-miR160b mfe: -32.6 kcal/mol  p-value: 0.030058  position:  811  target 5' A  A            A    G 3'             GG CGU CAGGGAGC GGGU              CC GUA GUCCCUCG UCCG   miRNA  3' A      U        G    U 5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR160b miRNA: osa-miR160b mfe: -33.2 kcal/mol  p-value: 0.024907  position:  293  target 5' C        C      A     G 3'             GGCG GCG GGGGGC GGGCA              CCGU UGU CCCUCG UCCGU   miRNA  3' A    A          G       5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR160c miRNA: osa-miR160c mfe: -32.6 kcal/mol  p-value: 0.025961  position:  811  target 5' A  A            A    G 3'             GG CGU CAGGGAGC GGGU              CC GUA GUCCCUCG UCCG   miRNA  3' A      U        G    U 5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR160c miRNA: osa-miR160c mfe: -33.2 kcal/mol  p-value: 0.021224  position:  293  target 5' C        C      A     G 3'             GGCG GCG GGGGGC GGGCA              CCGU UGU CCCUCG UCCGU   miRNA  3' A    A          G       5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR160d miRNA: osa-miR160d mfe: -32.6 kcal/mol  p-value: 0.028990  position:  811  target 5' A  A            A    G 3'             GG CGU CAGGGAGC GGGU              CC GUA GUCCCUCG UCCG   miRNA  3' A      U        G    U 5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR160d miRNA: osa-miR160d mfe: -33.2 kcal/mol  p-value: 0.023842  position:  293  target 5' C        C      A     G 3'             GGCG GCG GGGGGC GGGCA              CCGU UGU CCCUCG UCCGU   miRNA  3' A    A          G       5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR160e miRNA: osa-miR160e mfe: -32.6 kcal/mol  p-value: 0.030763  position:  811  target 5' A  A            A    G 3'             GG CGU CAGGGAGC GGGU              CC GUA GUCCCUCG UCCG   miRNA  3' G      U        G    U 5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR160e miRNA: osa-miR160e mfe: -33.8 kcal/mol  p-value: 0.021384  position:  292  target 5' G         C      A     G 3'             CGGCG GCG GGGGGC GGGCA              GCCGU UGU CCCUCG UCCGU   miRNA  3'       A          G       5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR160f miRNA: osa-miR160f mfe: -32.6 kcal/mol  p-value: 0.018849  position:  811  target 5' A  A            A    G 3'             GG CG UCAGGGAGC GGGU              CC GU AGUCCCUCG UCCG   miRNA  3' A     A         G    U 5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR1884a miRNA: osa-miR1884a mfe: -28.7 kcal/mol  p-value: 0.021772  position:  1218  target 5' G   C                C  G 3'             AUG AAGAG CAGCGGCGUU CA              UAC UUUUC GUUGCCGCAG GU   miRNA  3'           A          U    5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR2095-3p miRNA: osa-miR2095-3p mfe: -20.3 kcal/mol  p-value: 0.085364  position:  889  target 5' C       A      G     G 3'             GUACUUG UGUGGA GGAAG              UAUGAAU GUAUUU CCUUC   miRNA  3'         A      A       5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR2118h miRNA: osa-miR2118h mfe: -28.1 kcal/mol  p-value: 0.042217  position:  1247  target 5' G   U     A           G 3'             AGG AUGAG AGGUG CAGGG              UCC UACUC UCCGU GUCCU   miRNA  3' A   U           A     U 5'  target: LOC_Os05g02500  miRNA: osa-miR2118k miRNA: osa-miR2118k mfe: -28.1 kcal/mol  p-value: 0.049258  position:  1247  target 5' G   U     A           G 3'             AGG AUGAG AGGUG CAGGG              UCC UACUC UCCGU GUCCU   miRNA  3' A   U           A     U 5'
Cross Link
Database Entry ID E-value Start End InterPro ID Description SUPERFAMILY SSF52799 1.2E-36 139 285 No hit NA ProSiteProfiles PS50054 34.4 144 285 IPR020422 Dual specificity phosphatase, subgroup, catalytic domain SMART SM00195 2.2E-35 144 283 IPR020422 Dual specificity phosphatase, subgroup, catalytic domain Pfam PF00782 3.2E-28 152 282 IPR000340 Dual specificity phosphatase, catalytic domain PANTHER PTHR10159 1.5E-259 184 745 IPR024950 Dual specificity phosphatase ProSiteProfiles PS50056 12.9 203 264 IPR000387 Protein-tyrosine/Dual specificity phosphatase ProSitePatterns PS00383 NA 228 238 IPR016130 Protein-tyrosine phosphatase, active site SUPERFAMILY SSF55753 8.5E-15 292 393 No hit NA