Basic information   
Locus name LOC_Os12g37890
OrganismRice (Oryza sativa)
Taxonomic identifier[NCBI]
Function categoryOthers:Unknown
Effect for SenescenceUnclear
Gene DescriptionExpressed protein
EvidenceMolecular evidence:SSH [Ref 1]
References
1: Liu L, Zhou Y, Zhou G, Ye R, Zhao L, Li X, Lin Y
Identification of early senescence-associated genes in rice flag leaves.
Plant Mol. Biol. 2008 May;67(1-2):37-55

SequenceLOC_Os12g37890.1 | Genomic | mRNA | CDS | Protein
miRNA Interaction      
Details
target: LOC_Os12g37890 
miRNA: osa-miR1429-3p
miRNA: osa-miR1429-3p
mfe: -24.4 kcal/mol 
p-value: 0.416445 

position:  221 
target 5' A              C     G 3' 
           CGACG ACGAGCCU UGCGG  
           GUUGU UGUUUGGG ACGUU  
miRNA  3'       A        C     G 5' 

target: LOC_Os12g37890 
miRNA: osa-miR1852
miRNA: osa-miR1852
mfe: -29.1 kcal/mol 
p-value: 0.011393 

position:  5534 
target 5' G                   G 3' 
           UUUGCA UCUGAAUCCAUA  
           GGACGU AGACUUAGGUAU  
miRNA  3' U      A            A 5' 

target: LOC_Os12g37890 
miRNA: osa-miR2864
miRNA: osa-miR2864
mfe: -24.1 kcal/mol 
p-value: 0.412711 

position:  5048 
target 5' C        A C      U    C 3' 
           UGCGAGGC A GGGGCA CGAG  
           ACGUUUUG U UCCCGU GUUU  
miRNA  3'                   C    U 5' 

target: LOC_Os12g37890 
miRNA: osa-miR444a
miRNA: osa-miR444a
mfe: -27.4 kcal/mol 
p-value: 0.147114 

position:  161 
target 5' C      C         G  G 3' 
           GGC UG GGCGGCGGC GU  
           UCG AC CCGUCGUUG CG  
miRNA  3' U   A  U         A  U 5' 

target: LOC_Os12g37890 
miRNA: osa-miR444d
miRNA: osa-miR444d
mfe: -27.4 kcal/mol 
p-value: 0.147536 

position:  161 
target 5' C      C         G  G 3' 
           GGC UG GGCGGCGGC GU  
           UCG AC CCGUCGUUG CG  
miRNA  3' U   A  U         A  U 5' 

target: LOC_Os12g37890 
miRNA: osa-miR444e
miRNA: osa-miR444e
mfe: -27.4 kcal/mol 
p-value: 0.154603 

position:  161 
target 5' C      C         G  G 3' 
           GGC UG GGCGGCGGC GU  
           UCG AC CCGUCGUUG CG  
miRNA  3' U   A  U         A  U 5' 
Cross Link      
DatabaseEntry IDE-valueStartEndInterPro IDDescription
SUPERFAMILYSSF1014472.2E-53342IPR015425Actin-binding FH2
SUPERFAMILYSSF1014472.2E-5146151IPR015425Actin-binding FH2
CoilsCoilNA529578No hitNA
PfamPF106502.2E-11893913IPR019607Putative zinc-finger domain
CoilsCoilNA14391460No hitNA