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此工具可对用户输入的变异位点进行功能注释,显示变异位点所在基因、密码中和氨基酸的改变,以及对基因功能影响的程度。目前仅支持ON563414.3或NC_003310.1作为reference的在线注释。支持vcf格式的输入文件。
#CHROM | POS | ID | REF | ALT | QUAL | FILTER | INFO | FORMAT | ON609725.2 |
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ON563414.3 | 55150 | . | G | A | . | . | . | GT | 1 |
ON563414.3 | 64443 | . | C | T | . | . | . | GT | 1 |
ON563414.3 | 133119 | . | TTT | - | . | . | . | GT | 1 |
ON563414.3 | 167510 | . | G | A | . | . | . | GT | 1 |
ON563414.3 | 173312 | . | TA | - | . | . | . | GT | 1 |
ON563414.3 | 190639 | . | G | A | . | . | . | GT | 1 |
ON563414.3 | 192381 | . | A | AA | . | . | . | GT | 1 |
*输入文件以tab隔开,第一列是reference的染色体,即ON563414.3或NC_003310.1;第二列是reference的位置;第三列是ID;第四列是reference上的碱基,第五列是各毒株在该位置的突变碱基。