变异注释

功能描述

此工具可对用户输入的变异位点进行功能注释,显示变异位点所在基因、密码中和氨基酸的改变,以及对基因功能影响的程度。目前仅支持ON563414.3或NC_003310.1作为reference的在线注释。支持vcf格式的输入文件。

运行
输入文件格式
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT ON609725.2
ON563414.3 55150 . G A . . . GT 1
ON563414.3 64443 . C T . . . GT 1
ON563414.3 133119 . TTT - . . . GT 1
ON563414.3 167510 . G A . . . GT 1
ON563414.3 173312 . TA - . . . GT 1
ON563414.3 190639 . G A . . . GT 1
ON563414.3 192381 . A AA . . . GT 1

*输入文件以tab隔开,第一列是reference的染色体,即ON563414.3或NC_003310.1;第二列是reference的位置;第三列是ID;第四列是reference上的碱基,第五列是各毒株在该位置的突变碱基。