木薯是大戟科木薯属植物,热带、亚热带的重要粮食作物。它与甘薯、马铃薯并称为世界三大薯类,同时也是仅次于甘蔗、玉米、水稻、小麦和马铃薯的世界第六大作物,有着“地下粮仓”、“淀粉之王”等誉称。它具有抗干旱、耐贫瘠、抗病虫能力强、生长周期灵活的特点,田间管理简便,这是其它作物所不能比拟的。
木薯起源于南美洲地区,自从它在巴西被驯化种植,已经有4000多年的栽培历史。我国木薯引种可追溯到1820年,至今已有200多年的历史。目前木薯主要分布在尼日利亚、玻利维亚、刚果共和国、巴西、墨西哥、泰国、印度尼西亚等国家。木薯种植面积以非洲最多,占世界60%以上。
我国以广东、广西、海南种植木薯最多,福建、云南、江西、湖南等省次之,四川、贵州和重庆等地区亦有少量试种。
美国能源部联合基因组研究所,联合亚利桑那大学等组织,于2012年完成了近交木薯品系AM560-2参考基因组的组装。该研究采用454全基因组鸟枪法对基因组进行测序,共产生原始序列数据224亿碱基对,足以覆盖基因组约29倍,组装获得12,977个scaffold序列,注释蛋白编码基因30,666个,可变剪接位点3,485个。
木薯野生亚种W14和栽培种KU50的基因组由中国热带农业科学院于2014年牵头完成,并与之前报道的AM560基因组序列进行了比较分析。该研究利用Illumina HiSeq2000和Roche 454 GSFLX测序技术,分别获得W14和KU50测序数据量76.32 Gb、34.43 Gb。W14和KU50基因组大小分别为742 Mb、495Mb,测序覆盖度分别为58.2%、66.7%,N50值分别为43kb、19kb,获得蛋白编码基因数量分别为34,483和38,845。
木薯品种SC205在中国被广泛被用于木薯育种,其参考基因组由中国热带农业科学院牵头完成。研究采用Pacific Biosciences long reads(覆盖度98.5×)和Hi-C图谱(覆盖度35.0×)技术,获得了参考基因组序列710.1Mb,共鉴定了37,923个蛋白编码基因和50,046个转录本。新组装的木薯SC205基因组比以前发表的AM560基因组连续性增加了41倍,gap数减少了38倍。
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Data Statistics | |
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Taxonomy ID | 3983 |
Projects | 22 |
Samples | 929 |
Genomes | 5 |
Variations | 57,005,050 |
Expressions | 13 |
Reference | cassava_AM560_JGI_v8 |
Refgenes | 32,805 |
Cultivars | 10,433 |