芒果学名杧果,漆树科杧果属常绿大乔木,是国内外广为种植的热带水果,其栽培品种丰富,营养价值高,有“热带水果之王”的美称。
芒果栽培历史悠久,4000年前印度已有栽培。我国引种芒果的历史可追溯到唐玄奘法师所著的《大唐西域记》中“庵波罗果,见珍于世”的记载,这是有据可考的最早的记录。普遍认为芒果是由玄奘法师归国后传入中国,随后迅速传入了泰国、马来西亚、菲律宾和印度尼西亚等东南亚国家。
国外芒果栽培90%集中在亚洲的印度、巴基斯坦、孟加拉、缅甸、马来西亚等国,此外非洲的东部和西部,坦桑尼亚、扎伊尔,美洲的巴西、墨西哥,美国的佛罗里达州和夏威夷州等均有栽培。我国芒果主产地在云南、广西、广东、福建、台湾等省份,且各产区间种植搭配合理,基本实现了全年供应。其中广西的百色田东、田阳还获得了国家颁发的“芒果之乡”称号。
芒果品种Alphonso是印度传统品种。中国科学院北京基因组研究所和中国热带农业科学院热带作物遗传资源研究所合作完成了该品种的参考基因组组装。基于PacBio Sequel II平台生成的单分子读长,通过配对末端和配对短读长的组合进行改进,并结合Hi-C测序进行支架构建,组装好的支架进一步锚定到具有20个连锁群的遗传图谱上。最终的组装结果包含252个支架,总长度为392.9 Mb,scaffold N50大小为17.6 Mb,contig N50 大小为 3.5 Mb,共注释了41,251个蛋白编码基因。
汤米·阿特金斯(Tommy Atkins)芒果品种属于一个相对较新的品种群,起源于美国佛罗里达州。该参考基因组由佛罗里达大学园艺科学系热带研究和教育中心领导完成。参考基因组采用了从头组装的方法,结合了短读取、NRGene De-Novo Magic、10X Genomics长读取测序和定相SNP图谱,生成了单倍体序列TA4,总序列长度为377 Mb,包含571个支架,支架N50大小为7,734,592 bp。在TA4上预测了26,616个基因模型和30,344个转录本。
芒果优良培种“红象牙”生长在中国云南省西双版纳市。中国华南农业大学基因组与生物信息学中心和中国科学院昆明植物研究所西南野生动植物种质资源库的一个联合研究团队完成了它的参考基因组组装。通过单分子实时测序、Illumina测序和遗传图谱技术,最终获得组装序列长度为367.06 Mb,并将其锚定到20条染色体上,Scaffold N50高达18.77 Mb,预测得到了34,529个蛋白编码基因。
1.中国科学院中国植物志委员会. 中国植物志.第45卷[M]. 科学出版社, 1980.
2.Wang P, Luo Y, Huang J, et al. The genome evolution and domestication of tropical fruit mango. Genome Biol. 2020;21(1):60. [OpenLBID: OLB-PM-32143734]
3.Mango Genome Consortium, Bally ISE, Bombarely A, et al. The 'Tommy Atkins' mango genome reveals candidate genes for fruit quality. BMC Plant Biol. 2021;21(1):108. [OpenLBID: OLB-PM-33618672]
4.Wei Li, et al. SMRT sequencing generates the chromosome-scale reference genome of tropical fruit mango, Mangifera indica. bioRxiv. 2020.
Data Statistics | |
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Taxonomy ID | 29780 |
Projects | 5 |
Samples | 97 |
Genomes | 3 |
Variations | 26,852,606 |
Expressions | 4 |
Reference | mango_Alphonso |
Refgenes | 38,372 |
Cultivars | 310 |