简介

椰子是棕榈科椰子属乔木，是一种重要的热带水果和油料作物。已知最古老的椰子化石可追溯至古新世时期（约 56-66 百万年前），发现于印度。椰子的果实广受人们喜爱。目前，椰子树在93个国家种植，包括中美洲和南美洲、东非和西非、东南亚和太平洋岛屿，总生长面积超过1200万公顷。

地理分布

椰子主要分布在南纬23°至北纬23°之间，主要分布在非洲、拉丁美洲、亚洲和赤道沿海地区。椰子主要产区包括斯里兰卡、马来西亚、印度和菲律宾。

在中国，海南省、台湾省、云南南部、广东南部岛屿、雷州半岛等热带地区有少量椰子种植。其中，海南省栽培总面积占全国椰子种植面积的99%。

应用

• 食用：椰子未熟胚乳可作为水果食用。成熟椰肉可榨油、加工糖果、糕点。
• 燃料：椰子内果皮以木炭的形式用作替代燃料来源。
• 保健：椰子还有使人放松，利尿和补益脾胃，缓解肠道病痛的功效。
• 其他工业原料：椰子的中果皮是工业用纤维或椰壳纤维的来源。

基因组测序

"Hainan Tal"是中国海南广泛种植的椰子品种。中国热带农业科学院椰子研究所（CATAS）、华大基因和法国农业国际合作研究中心（CIRAD）等单位共同合作完成了该椰子品种的基因组测序和序列分析。利用Illumina HiSeq 2000平台对该物种进行基因组测序，产生了419.67 Gb的原始测序数据，预测的椰子基因组长度约为2.42 Gb，所以基因组测序深度约173.32×。组装生成了一个总长度为2.20 Gb的基因组草图，占基因组区间的90.91%。其中，scaffold N50为418 Kb。在基因注释过程中，鉴定出了280,039个蛋白编码基因。

2021年，来自中国热带农业科学院的Yang等研究人员使用基于回交作图群体的基因分型测序（GBS）技术生成了一个连锁图谱。该密集连锁图包含8,402个单核苷酸多态性（SNP），能将椰子的大基因组（2.42 Gbp，2n=32）组装成16个拟染色体。

2022年中国热带农业科学院椰子研究所与海南大学、广西大学和华北理工大学的科研团队合作，绘制了两个椰子参考基因组。研究人员利用纳米孔测序、Hi-C和Illumina技术，对两个高质量的椰子参考基因组进行了测序和组装。对于Cn.tall样本，产生了227 Gb的纳米孔测序读长（~114×），124 Gb的Illumina读长用于基因组校正，以及213 Gb的Hi-C读长用于基因组组装。对于Cn.dwarf，获得了相应的249 Gb纳米孔测序读长（~102×），126 Gb的Illumina读长和270 Gb的Hi-C读长。重新组装后，Cn.tall基因组大小为2.40 Gb，Cn.dwarf基因组大小为2.39 Gb，与基于k-mer分布分析估计的基因组大小（约2.42 Gb和2.44 Gb）非常接近。其中，Cn.tall和Cn.dwarf的contig N50值分别为2.9 Mb和14.3 Mb。研究人员利用Hi-C数据对生成的等位基因组进行了排序和定向，实现了染色体水平的基因组组装。最终，他们预测Cn.tall含有29,897个蛋白编码基因，Cn.dwarf含有28,111个蛋白编码基因。

参考文献

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