简介

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可可，锦葵科可可属的常绿乔木植物。核果椭圆形或长椭圆形，初为淡绿色，后变为深黄色或近于红色，干燥后为褐色，果皮厚。烘烤和磨碎的可可籽仁可以制成食品，作为液体、固体或糊状物使用，如巧克力和可可饮品。可可是世界三大饮料作物之一，在全球范围内被广泛种植。

地理分布

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可可原产于美洲热带地区，16世纪以后传入亚洲和非洲。1674年，制造固体巧克力的方法被发明出来。18世纪后，巧克力的价格始降，巧克力渐渐普及。

可可树生长在赤道南北约20°的有限地理区域内。在中国主要分布在台湾、广东、海南和云南南部等地区。

应用

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• 食用：可可是制作高级饮品、巧克力、糖果、糕点和冰淇淋等的主要原料。
• 经济：可可是食品工业的重要原材料，有极高的经济价值，营养丰富，味醇且香。目前在我国的海南省被广泛种植，是当地的一种重要的经济作物。
• 保健：可可种子富黄酮类化合物、脂肪、蛋白质和膳食纤维等活性成分，具有改善心脏、肾脏、肠道功能、缓解心绞痛、促进消化、治疗贫血等保健作用。
• 药用：从可可中分离出来的黄烷醇和原花青素在心血管保护的同时，还对调控血压、增加一氧化氮的产生、氧化防御以及免疫系统等方面都有积极的推动作用。

基因组测序

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Criollo可可品种具有几乎独特的纯合基因型，是最早种植的品种之一。Criollo 现在是提供优质巧克力的两个可可品种之一。其基因组由国际农学研究促进发展合作中心（CIRAD）领导完成。该参考基因组使用了Roche/454、Illumina和Sanger测序技术结合的全基因组鸟枪法策略，获得了25,912个contig和 4,792个scaffold，scaffold N50值为0.47 Mb，基因组总长度为326.9 Mb，占估计的76%可可基因型B97-61/B2的基因组大小（430 Mb）。同时鉴定了28,798个蛋白编码基因，其中23,529个锚定在10条染色体上。

2017年，研究人员使用基于NGS的方法显着改进了这个基因组的组装。他们利用四个具有大插入尺寸的Illumina文库结合52x Pacific Biosciences长读长数据，来纠正错误组装的区域并减少生成scaffold的数量。此外，采用测序基因分型（GBS）方法来提高锚定在染色体上的组装结果比例。由于这些改进，与第一次组装结果相比，新组装的基因组大小减少了2.2 Mb。scaffold数量从4,792个减少到554个，而scaffold N50大小从0.47 Mb增加到6.5 Mb。总共有96.7%的组装结果锚定在10条染色体上，而之前的版本只有66.8%。

Matina 1-6克隆是一个传统品种，表现出Amelonado表型，属于Amelonado遗传组。该组显示出很少的遗传多样性，而且至关重要的是，它是全世界最常见的可可栽培类型。Mars公司采用Sanger测序和Roche 454焦磷酸测序技术，拼接得到基因组大小为445 Mbp。染色体规模的组装包含711个scaffold，contig N50为84.4 kbp，scaffold N50为34.4 Mb。

参考文献

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