简介

菠萝学名凤梨，凤梨科凤梨属草本植物，为著名热带水果之一，在热带地区广泛种植。菠萝是我国“岭南四大名果”之一，其植株适应性强，耐瘠、耐旱，病虫害较少，是新垦山地的重要先锋作物，易栽培，产量高，还可间作，是东南丘陵开发、发展农村经济和使农民致富的好树种。

地理分布

菠萝原产于南美洲巴西、巴拉圭的亚马逊河流域一带，约在公元1600年以前传至中美和南美北部栽培。由于菠萝的芽苗较耐贮运，因而在短期内即迅速传入世界各热带和亚热带地区，16世纪末至17世纪之间传入中国南部。

世界约有61个国家和地区有栽培芒果，除中国外，以泰国、美国、巴西、墨西哥、菲律宾和马来西亚等栽培较多。我国菠萝栽培主要集中在台湾、广东、广西、福建、海南等省，云南、贵州南部也有少量栽培，已有400多年的历史。

应用

• 食用：菠萝可食部分主要由肉质增大之花序轴、螺旋状排列于外周的花组成，香味浓郁，甜酸适口，清脆多汁。菠萝果实除鲜食外，多用以制罐头，因其能保持原来风味而受到广泛喜爱。
• 保健：菠萝性平，味甘、微酸、微涩、性微寒，具有清暑解渴、消食止泻、补脾胃、固元气、益气血、消食、祛湿、养颜瘦身等功效。菠萝含有一种叫“菠萝朊酶”的物质，它能分解蛋白质，帮助消化。此外，菠萝中所含的糖、酶有一定的利尿作用，对肾炎和高血压者有益，对支气管炎也有辅助疗效。
• 工业原料：叶的纤维甚坚韧，可供织物、制绳、结网和造纸。

基因组测序

菠萝品种F153是Del Monte培育了80年的品种，由福建农林大学使用400× Illumina读取、2× Moleculo合成长读长、1× 454读长、5× PacBio单分子长读长和9,400个BACs进行了测序和组装。最终获得组装的基因组长度为382 Mb，占估计的526 Mb菠萝基因组的72.6%。Contig N50为126.5 kb，scaffold N50为11.8 Mb。基因注释识别出27,024个基因模型，其中89%被分类为完整。

菠萝CB5参考基因组由福建农林大学领导完成。该参考基因组使用了PacBio RSII平台产生的26.9 Gb的读长和大约100×的Illumina短读长数据。使用CANU进行初步组装，得到了809.6 Mb的组装序列。流式细胞仪估计CB5的基因组大小约为591Mb。研究人员开发了一种名为Pseudohaploid的新算法，基于全基因组比对识别来识别和过滤杂合体。最终获得组装结果为513 Mb，其中contig N50为427 kb，完整性达到92.6%。通过Hi-C技术对contig进行了校正和组装，形成了25个伪染色体，固定了456 Mb（88.8%）的基因组。共注释了29,412个推测的蛋白编码基因。

与此同时，在改进的F153基因组结果中（称为F153 v.7），对错误拼接的连锁群进行了修正。具体而言，LG01被分割为AccChr1和AccChr24，而LG24和LG25被连接在一起形成AccChr25。

Reference

1.中国科学院中国植物志委员会. 中国植物志.第13卷[M]. 科学出版社, 1980.

2.Ming R, VanBuren R, Wai CM, et al. The pineapple genome and the evolution of CAM photosynthesis. Nat Genet. 2015;47(12):1435-1442. [OpenLBID: OLB-PM-26523774]

3.Chen LY, VanBuren R, Paris M, et al. The bracteatus pineapple genome and domestication of clonally propagated crops. Nat Genet. 2019;51(10):1549-1558. [OpenLBID: OLB-PM-31570895]